Localizada no sopé da Serra do Mar, de onde jesuítas, comerciantes, tropeiros, autoridades do reino tomavam fôlego para atingir o Planalto, Cubatão tornou-se essencialmente um lugar de passagem, obtendo assim um papel de destaque no cenário da Baixada Santista, do Estado de São Paulo e do Brasil.
Tudo começou pelo caminho das águas, partindo do Porto das Naus, em São Vicente, seguindo pelo Mar Pequeno, Canal dos Barreiros, Largo do Pompeba, Rio Casqueiro, Largo do Caneú, Rio Cubatão, Rio Mogi e Rio Perequê.
Para alcançar o Planalto, seguia-se no início a trilha dos índios Tupiniquins. Depois, através do Vale do Rio Perequê, o chamado Caminho do Padre José. Mais tarde, a Calçada do Lorena, mais à esquerda, a partir do Rio Cubatão, tornou-se o principal caminho entre o litoral e o planalto.
O Porto Geral de Cubatão teve a sua origem na primeira metade do século XVIII. Ao seu lado, desenvolveu-se um povoado, por muito tempo conhecido por essa denominação. Era ali que as cargas e mercadorias trocavam as balsas que vinham do porto pelo lombo das mulas que formavam as tropas que subiam a Serra do Mar.
Por pouco tempo (1833-1841) o povoado esteve elevado à categoria de município, período após o qual foi anexado a Santos, mantendo-se praticamente estagnado até a década de 1920, quando surgiram as obras da Usina da Light e da Companhia Santista de Papel. Após 1940, houve um novo surto com a construção da Via Anchieta, culminando com a implantação da Refinaria Presidente Bernardes, inaugurada em 1955, e da Companhia Siderúrgica Paulista, a Cosipa (autal Usiminas), em 1959.
O crescimento de Cubatão levou a que em 1º de janeiro de 1949 a cidade obtivessa a emancipação político-administrativa em relação a Santos. O primeiro prefeito da cidade assume em 9 de abril, tornando-se esta data o dia em que se comemora o aniversário da Cidade.
Com a Via Anchieta, o transporte rodoviário foi dinamizado entre São Paulo e a Baixada Santista, tornando Cubatão um grande centro de tráfego de veículos de passeio e de carga, fortalecendo ainda mais sua vocação de caminho do desenvolvimento de São Paulo e do Btrasil.
Com o passar dos anos, a Cubatão foi se transformando, ganhando indústrias, fruto do desenvolvimento industrial paulistano e paulista, bem como dos investimentos federais. Nenhum plano orientou a instalação do parque industrial cubatense, porém. As fábricas foram se localizando ao sabor das vantagens imobiliárias ou pré-requisitos necessários às suas operações (perto ou longe de um núcleo urbano, a favor ou contra as correntes de vento, perto ou longe de cursos d'água, etc) e, no decorrer dos anos, começaram a surgir sérios problemas ambientais, com a poluição do ar, água e solo do Município.
Dezoito das atuais 24 indústrias que formam o Pólo de Cubatão foram implantadas no período de 1955 a 1975. Duas dessas indústrias, Ultrafértil e Cosipa, possuem terminais portuários, onde recebem matérias-primas e embarcam seus produtos acabados.
Além da geração de empregos, a concentração industrial de Cubatão trouxe resultados importantes do ponto de vista financeiro e do fortalecimento da capacidade tributária municipal. A base de sustentação do Município é, portanto, a arrecadação do ICMS, ficando o IPTU, o ISS e outros tributos diretos em segundo plano, se comparado com o quadro dos demais municípios da Baixada Santista.

Distrito criado com a denominação de Cubatão, pela Lei Estadual n.º 1.871, de 26-10-1922, subordinado ao município de Santos.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de Cubatão figura no município de Santos.
Assim permanecendo no quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943.
Elevado à categoria de município com a denominação de Cubatão, pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, desmembrado do município de Santos. Sede no antigo distrito de Cubatão. Constituído do distrito sede. Instalado em 09-04-1949.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.