O território onde está situado o Município de Eldorado do Sul foi inicialmente ocupado por estancieiros açorianos pertencentes ao grupo pioneiro de Jerônimo de Ornellas, na metade do século XVIII.
A partir de 1930, a região à margem direita do Rio Guaíba passou a servir de balneário turístico à população de Porto Alegre e de porto para os barcos que iam para a capital, como meio de transporte. Por volta de 1960, a área passou a ser habitada por colonizadores de origem alemã, que deram à localidade o nome de Balneário Sans Souci.
A região era composta de propriedades particulares que se dedicavam integralmente à pecuária e à cultura do arroz até a década de 1960. Nesse período as áreas passaram a ser fracionadas em chácaras e lotes menores e vendidas para fins de moradia. Devido à proximidade da Capital a ao seu fácil acesso através da BR 116, que há pouco tempo havia sido construída, na década de 70 houve um incremento na procura por terrenos para residência nesta localidade, dando origem à “Vila Medianeira”.
O crescimento populacional nestas regiões foi intenso na década de 70 e início da década de 80. Após anos de reivindicações, em 1985 começaram os trabalhos oficiais de emancipação da cidade, que buscavam a melhoria das condições e o desenvolvimento urbano para os bairros Medianeira, Itaí, Bom Retiro, Sans Souci, Picada e Guaíba Contry Club. Após anos de mobilização, o trabalho de conquista da emancipação foi recompensado com o desmembramento destas áreas do Município de Guaíba. Em 08 de junho de 1988 é criado o Município de Eldorado do Sul.
O nome escolhido para a região emancipada, “Eldorado”, é de origem espanhola e significa “Terra do Ouro”, país imaginário que se dizia existir na América Meridional, lugar pródigo em delícias e riquezas.

Distrito criado com a denominação de Eldorado, pela Lei Municipal n.º 475, de 28-12-1978 e anexado ao município de Guaíba.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o distrito de Eldorado, figura no município de Guaíba.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1983.
Elevado à categoria de município com a denominação de Eldorado do Sul, pela Lei Estadual n.º 8.649, de 08-06-1988, alterada em seus limites pela Lei Estadual n.º 9.003, de 11-01-1990, desmembrado de Guaíba. Sede no antigo distrito de Eldorado. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1989.
Em divisão territorial datada de 2001, o município de Eldorado do Sul (ex-Eldorado) é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.

Alteração toponímica distrital
Eldorado para Eldorado do Sul, alterado pela Lei Estadual n.º 8.649, de 08-06-1988.