O nome Eldorado foi escolhido por representar a explosão mineral que a região vivenciava nos primeiros anos de sua formação; se relaciona com a antiga lenda narrada pelos índios aos espanhóis na época da colonização das Américas, que falava de uma cidade cujas construções seriam todas feitas de ouro maciço e cujos tesouros existiriam em quantidades inimagináveis. O imaginário popular dos primeiros habitantes de Eldorado do Carajás refletia a busca pela 'cidade perdida', pelas 'montanhas de ouro'. O termo Eldorado, El Dorado em castelhano, significa 'o homem dourado'. O complemento ao primeiro nome, Carajás, se deve à proximidade do município com o grande complexo geológico regional: a Serra dos Carajás. A influência dos projetos mineralógicos desenvolvidos no maciço da Serra dos Carajás acabou se encerrando no próprio nome do município. O termo Carajás significa, basicamente, 'estrela'.
Eldorado do Carajás, assim com praticamente toda a região sul do Pará teve sua origem ligada aos grandes projetos minerários locais. Desde o início da década de 1970, a região de Eldorado faz parte do projeto Grande Carajás, que previa desde a instalação de uma infraestrutura para extração do minério da Província Mineral do Carajás, até alojamento do pessoal, condições logísticas, indústrias de beneficiamento mineral, matriz energética, infraestrutura urbana e comercial, e cadeia produtiva local para abastecimento do projeto. Eldorado portanto, se inseria nesta última categoria do projeto, pois além de cumprir com um dos grandes objetivos do governo militar que era 'promover a ocupação de vazios demográficos', também permitia a instalação de uma colonização de caráter agrícola, que viria a resolver dois problemas cruciais: migração da mão-de-obra e a produção local. Portanto, a colonização da gleba Abaeté oferecia todas as condições para que pudesse ser realizada com êxito.
Eldorado do Carajás originou-se de um empreendimento particular, a fazenda/ gleba Abaeté, tendo como proprietário Geraldo Mendonça e sendo implantada dentro das terras do município de Marabá. Os primeiros colonos da gleba Abaeté foram Manoel Alves da Costa, que se instalou no local em 2 de maio de 1980, José Leandro e Cícero Tiago da Silva, todos com suas famílias. Outros colonos chegaram ao local atraídos pela implantação do projeto Grande Carajás e, posteriormente, pelo advento do garimpo de Serra Pelada. O somatório desses fatores e o conseqüente desenvolvimento que eles trouxeram para o empreendimento contribuíram para que ele se transformasse numa das localidades mais importantes do município de Marabá, passando a ser conhecida já com o nome de Eldorado do Carajás.
Conforme novos colonos chegavam, a importância da localidade de Eldorado do Carajás crescia. Em 1987, Eldorado foi elevado à categoria de distrito do município de Marabá, o que permitiu a instalação de uma subprefeitura em 1989, já como município de Curionópolis. Neste período também ocorreu a primeira grande explosão populacional local, graças principalmente ao florescer das atividades de extração madeireira e à criação de bovinos para corte e leite. Em 1991, foi criado o município de Eldorado do Carajás, com área desmembrada do município de Curionópolis.

Elevado à categoria de município e distrito, com a denominação de Eldorado do Carajás, pela Lei Estadual n.º 5.687, de 13-12-1991, sendo desmembrado de Curionópolis. Com sede no atual distrito Eldorado do Carajás, foi constituído do distrito sede e instalado em 01-01-1993.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.