O território onde surgiria mais tarde o município de Encantado era originalmente coberto por extensas matas e habitado por índios do tronco jê guarani. Embora não se saiba precisamente as tribos às quais pertenciam, tudo faz crer que fossem os charruas ou tapes. A primeira exploração do território deu-se em 1635, com os padres jesuítas, que percorreram os rios Mbocarirói (Guaporé) e Tebiquary (Taquari), iniciando pelo Rio Boapari (Rio das Antas) e pelo Taiaçuapé (margem esquerda do Rio Taquari).
Nos primórdios, antes que a terra tivesse esse nome, Encantado pertenceu a um dos quatro municípios primitivos do Rio Grande do Sul, o da capital do estado, Porto Alegre. Com a criação do município de Triunfo, em 25 de outubro 1831, toda a região do nordeste de Porto Alegre passou a compor o novo município, e com ele o território inexplorado de Encantado. De Triunfo passou para Taquari, território criado em 4 de julho de 1849, pela Lei nº 160.
Em 1878, o coronel José Francisco dos Santos Pinto mapeou suas terras a fim de vendê-las aos imigrantes. A colonização e o povoamento do território começaram oficialmente em 1882, quando aqui se estabeleceram as primeiras famílias, vindas da Itália. O novo povoado surgiu no vasto território quase virgem, tendo a sul a colônia alemã de Arroio do Meio e a norte e oeste, os povoamentos já florescentes de Soledade e Passo Fundo.
Em 1887, graças à religiosidade do povo e à iniciativa do padre Eugênio Steinnert, de Estrela, teve início um movimento para a construção do primeiro templo católico. Em terreno doado, sob a invocação de São Pedro Apóstolo, foi concluída a primeira igrejinha de madeira, localizada onde hoje se assenta o salão paroquial, uma quadra abaixo da igreja atual.
Segundo o livro dos historiadores Ferri e Thomé, o cacique indígena Maná navegava pelo Rio Taquari com sua canoa, acompanhado por outros dois componentes de sua tribo, quando eles avistaram um vulto branco, nas proximidades da foz de um riacho. Ao pressentir a aproximação, o vulto jogou-se nas águas profundas do rio, desaparecendo como que por encanto. Surpresos com aquela visão, os indígenas só foram pronunciar algumas palavras após se refazerem do susto. Segundo a lenda, foi assim que o arroio foi denominado Encantado. O primeiro registro conhecido do topônimo Encantado apareceria em 1856, no livro de registros paroquiais de Santo Amaro. Os primeiros imigrantes, que fundaram o vilarejo, também chamaram o lugar de “São Pedro de Encantado” e “São Pedro de Valdástico”, fazendo referência ao seu local de origem na Itália. O nome Encantado, porém, foi o que predominou.

Distrito criado com a denominação Encantado pelo Ato Municipal nº 6, de 05/01/1892, e pelo Ato Municipal nº 1, de 1º/05/1915, subordinado ao município de Lajeado.
Desmembrado de Lajeado e Soledade, Encantado é elevado à categoria de município pelo Decreto Estadual nº 2.133, de 31/03/1915. O município foi instalado em 1º/05/1915, constituído de dois distritos: Encantado e Anta Gorda.
Pelo Ato Municipal nº 1, de 1º/05/1915, é criado o distrito de Itapuca e anexado ao município de Encantado.
Pelo Ato Municipal nº 5, de 08/11/1920, é criado o distrito de Putinga e anexado ao município de Encantado.
Pelo Ato Municipal nº 2, de 06/02/1922, é criado o distrito de Nova Bréscia e anexado ao município de Encantado.
Pelo Ato Municipal nº 13, de 1º/08/1922, é criado o distrito de Alto Figueira e anexado ao município de Encantado.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de seis distritos: Encantado, Alto Figueira, Anta Gorda, Itapuca, Nova Bréscia e Putinga.
Pelo Decreto nº 5.759 de 28/11/1934, o distrito de Nova Bréscia é desmembrado de Encantado para constituir o novo município de Arroio do Meio.
Em divisões territoriais datadas de 31/12/1936 e 31/12/1937, o município aparece constituído de seis distritos: Encantado, Anta Gorda, Figueira (Alto Figueira), Gramado, Itapuca e Putinga.
Pelo Decreto Estadual nº 7.199, 31/03/1938, o município sofre as seguintes modificações: o distrito de Gramado passa a denominar-se Relvado, Figueira passa a chamar-se Arvorezinha e Itapuca toma o nome de Ilópolis.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o município é constituído de seis distritos: Encantado, Anta Gorda, Arvorezinha (ex-Figueira), Ilópolis (ex-Itapuca), Putinga e Relvado (ex-Gramado).
Pela Lei Municipal nº 1, de 13/10/1950, é criado o distrito de Itapuca, com território desmembrado do distrito de Ilópolis, e anexado ao município de Encantado.
Em divisão territorial datada de 1º/07/1955, o município é constituído de sete distritos: Encantado, Anta Gorda, Arvorezinha, Ilópolis, Itapuca, Putinga e Relvado.
Pela Lei Estadual nº 3.717, de 16/02/1959, o distrito de Arvorezinha é desmembrado de Encantado e elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual nº 4.686, de 26/12/1963, o distrito de Anta Gorda é desmembrado de Encantado e elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual nº 4.687, de 26/12/1963, o distrito de Ilópolis é desmembrado de Encantado e elevado à categoria de município, com território do extinto distrito de Itapuca.
Pela Lei Estadual nº 4.689, de 26/12/1963, o distrito de Putinga é desmembrado de Encantado e elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual nº 2.764, de 30/12/1962, é criado o distrito de Ricardo e anexado ao município de Encantado.
Pela Lei Estadual nº 8.604, de 09/05/1988, o distrito de Relvado é desmembrado de Encantado e elevado à categoria de município.
Pela Lei nº 1.725, de 20/10/1994, é criado o distrito de Valdástico e anexado ao município de Encantado.
Pela Lei Estadual nº 10.639, de 28/12/1995, o distrito de Ricardo é desmembrado de Encantado e elevado à categoria de município com a denominação de Doutor Ricardo.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de dois distritos: Encantado e Valdástico.
Assim permanece em divisão territorial datada de 2020.