O território que pertence ao município de Extrema foi constituído a partir do desmembramento, em 1901, de terras pertencentes a Camanducaia, uma das mais antigas freguesias instituídas pela administração colonial na região que atualmente corresponde ao sul do Estado de Minas Gerais.
Em 1764, o então governador da Capitania de Minas Gerais, Luís Diogo Lobo da Silva, determinou a implantação de um registro fiscal às margens do Rio Jaguari. Tal iniciativa teve por objetivos impor a jurisdição de Minas Gerais a norte do Morro do Lopo, (região ambicionada por autoridades das capitanias de Minas Gerais e de São Paulo nesse período) e tentar evitar os descaminhos do ouro. Somente na década de 1930 a questão da fronteira, no referido trecho entre Minas e São Paulo, foi resolvida.
No que se refere à existência de um núcleo populacional na região de Extrema, a primeira referência encontrada até o momento data de 26 de dezembro de 1788, quando foi registrado, junto à matriz de Nossa Senhora da Conceição de Camanducaia, o batismo de um menino cujos pais eram moradores no “Bairro da Extrema”.
Em agosto de 1832 foi deferida pela autoridade diocesana do Bispado de São Paulo, uma petição pela qual o fazendeiro José Alves requereu permissão para construir uma capela nesse local. Este templo foi consagrado a Santa Rita de Cássia.
Movimentos separatistas foram verificados na zona que corresponde ao sul do Estado de Minas Gerais ao longo do período imperial e envolveram também moradores do distrito de Santa Rita da Extrema.
Nas últimas décadas do século XIX, registrou-se a chegada, a Extrema, de imigrantes europeus, principalmente italianos e portugueses. Esses, aos poucos foram se inserindo na vida política e social local. Posteriormente, imigrantes japoneses instalaram-se no município.

Distrito criado com a denominação de Santa Rita da Extrema, Pela Lei Provincial n.º 1.858, de 12-10-1871, e Lei n.º 2, de 14-09-1891, subordinado ao município de Jaguari (atual Camanducaia).
Elevado à categoria de vila com a denominação de Santa Rita da Extrema, pela Lei Estadual n.º 319, de 16-09-1901, desmembrado de Jaguari. Sede na antiga vila de Santa Rita da Extrema. Constituído do distrito sede. Instalada em 01-01-1902.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, a vila é constituída do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 663, de 18-09-1915, a vila de Santa Rita da Extrema passou a denominar-se simplesmente Extrema.
Nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920, a vila de Extrema (ex-Santa Rita da Extrema) é constituída do distrito sede.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Extrema, pela Lei Estadual n.º 893, de 10-09-1925.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisões territoriais datada de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pela Lei Estadual n.º 88, de 30-03-1938, Extrema adquiriu do município de Camanducaia o distrito de São José do Toledo.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-943, município é constituído de 2 distritos: Extrema e São José do Toledo.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 148, de 17-12-1938, o distrito de São José do Toledo teve sua denominação simplificada para Toledo.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 2 distritos: Extrema e Toledo (ex-São José do Toledo).
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.
Pela Lei 1.039, de 12-12-1953, é desmembrado do município de Extrema o distrito de Toledo. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Em divisão territorial datada de 2015, o município é constituído de 2 distritos: Extrema e Juncal.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2022.