Os sertões da Alta Araraquarense (Sertão de Rio Preto) permaneciam ocultos até o final do século XIX, por falta de vias de comunicação. A estrada Boiadeira ou Estrada do Taboado, aberta pela iniciativa privada, na década de 1890, atravessou o sertão e ficou sendo a única via de acesso à região. Foi por ela que entraram e ali se fixaram os precursores da massa de cafeicultores que iriam mudar o panorama do crescimento e do progresso das “terras novas”.
Nas duas primeiras décadas do século XX, desbravadores, entre eles: Joaquim Antonio Pereira, Afonso Cáfaro, Francisco Arnaldo da Silva, Quirino Luiz Pereira, João Biroli, todos assentados na Gleba Santa Rita, e Luiz Armando Barozzi e posteriormente Carlos Barozzi, pai e filho, e muitas outras famílias principalmente de italianos, na gleba Marinheiro, dão início à abertura desta região pioneira.
Os Barozzi, em 1938, fundaram o patrimônio de Brasilândia que, em agosto de 1943, se tornou Distrito de Paz de Monteiro (hoje Álvares Florence).
Em 22 de maio de 1939, Joaquim Antonio Pereira, fundou o patrimônio de Pereira, localizado aproximadamente a três quilômetros de Brasilândia.
As vilas pertenciam ao imenso município de Tanabi, na época, o maior do estado de São Paulo. As rivalidades logo surgiram tentando uma vila suplantar a outra.
O grupo político de Pereira era mais atuante e, mesmo sentindo o golpe da implantação da 3ª Zona Distrital em Brasilândia, iniciou um movimento para conseguir a elevação a município, tendo Pereira como sede.
Em 1945 haveria uma nova divisão territorial e administrativa do Estado de São Paulo e nenhuma das duas vilas tinha condição de, separadamente, ser elevada a município. Em 1943, o interventor Fernando Costa, em visita à região, sugere a unificação para alcançar tal objetivo. Portanto, Fernandópolis (Terra de Fernando), é o produto da união dos dois patrimônios primitivamente rivais, Brasilândia e Pereira, fundados na região pioneira do Sertão de Rio Preto.
O novo município foi instalado em 1945.
O café foi, durante muitos anos, a principal fonte de renda, mas devido aos diferentes tipos de solo e a necessidade do próprio abastecimento, foram sendo introduzidas novas culturas, destacando-se o algodão, milho, amendoim e arroz.

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Fernandópolis, pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, sendo desmembrado dos municípios de Tanabi e Pereira Barreto. Sede no atual distrito de Fernandópolis (ex-povoado de Pereira). Constituído de 3 distritos: Fernandópolis, Pedranópolis (ex-Brasilândia) e Jales, todos distritos criados pela mesma Lei de criação do município. Instalado em 01-01-1945.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948, o município é constituído de 3 distritos: Fernandópolis, Jales e Pedranópolis.
Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, foram criados os distritos de Indiaporã, Macedônia e Meridiano e anexados ao município de Fernandópolis A mesma Lei desmembra do município de Fernandópolis o distrito de Jale, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada 1-VII-1950 o município é constituído de 5 distritos: distritos de Fernandópolis, Indiaporã, Macedônia, Meridiano e Pedranópolis.
Pela Lei Estadual n.º 2.456, de 30-12-1953, é criado o distrito de Guarani d’Oeste e anexado ao município de Fernandópolis. A mesma Lei desmembra do município de Fernandópolis o distrito de Indiaporã, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955 o município é constituído de 5 distritos: de Fernandópolis, Guarani d’Oeste, Macedônia, Meridiano e Pedranópolis.
Pela Lei Estadual nº 5.285, de 18-02-1959, é criado o distrito de Brasitânia e anexado ao município de Fernandópolis. A mesma Lei desmembra do município de Fernandópolis o distrito de Guarani d’Oeste e Meridiano, elevando-os à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído de 4 distritos: Fernandópolis, Brasitânia, Macedônia e Pedranópolis.
A Lei Estadual n.º 8.092, de 28-02-1964, desmembra do município de Fernandópolis os distritos de Macedônia e Pedranópolis, elevando-os à categoria de município.
Em divisão territorial de 31-XII-1968 o município é constituído de 2 distritos: Fernandópolis e Brasitânia.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.