Os primeiros habitantes da região de Florianópolis foram os índios tupis-guaranis. Praticavam a agricultura, mas tinham na pesca e coleta de moluscos as atividades básicas para sua subsistência.
Os indícios de sua presença encontram-se nos sambaquis e sítios arqueológicos cujos registros mais antigos datam de 4.800 A.C.
Já no início do século XVI, embarcações que demandavam à Bacia do Prata aportavam na Ilha de Santa Catarina para abastecerem-se de água e víveres. Entretanto, somente por volta de 1675 é que Francisco Dias Velho, junto com sua família e agregados, dá início a povoação da ilha com a fundação de Nossa Senhora do Desterro (atual Florianópolis) - segundo núcleo de povoamento mais antigo do Estado, ainda fazendo parte da vila de Laguna - desempenhando importante papel político na colonização da região.
A partir desta data intensifica-se o fluxo de paulistas e vicentistas que ocupam vários outros pontos do litoral. Em 1726, Nossa Senhora do Desterro é elevada à categoria de vila, a partir de seu desmembramento de Laguna.
A ilha de Santa Catarina, por sua invejável posição estratégica como vanguarda dos domínios portugueses no Brasil meridional, passa a ser ocupada militarmente a partir de 1737, quando começam a ser erguidas as fortalezas necessárias à defesa do seu território. Esse fato resultou num importante passo na ocupação da ilha.
Com a ocupação, tiveram prosperidade a agricultura e a indústria manufatureira de algodão e linho, permanecendo  resquícios desse passado no que se refere à confecção artesanal da farinha de mandioca e das rendas de bilro.
Nesta época, meados do século XVIII, verifica-se a implantação das 'armações' para pesca da baleia, em Armação da Piedade (Governador Celso Ramos) e Armação do Pântano do Sul (Florianópolis), cujo óleo era comercializado pela Coroa fora de Santa Catarina, não trazendo benefício econômico à região.
No século XIX, Desterro foi elevada à categoria de cidade; tornou-se Capital da Província de Santa Catarina em 1823 e inaugurou um período de prosperidade, com o investimento de recursos federais. Projetou-se a melhoria do porto e a construção de edifícios públicos, entre outras obras urbanas. A modernização política e a organização de atividades culturais também se destacaram, marcando inclusive os preparativos para a recepção ao Imperador D. Pedro II (1845).
Com o advento da República (1889), as resistências locais ao novo governo provocaram um distanciamento do governo central e a diminuição dos seus investimentos. A vitória das forças comandadas pelo Marechal Floriano Peixoto determinaram em 1894 a mudança do nome da cidade para Florianópolis, em homenagem a este oficial.

Freguesia criada com a denominação de Nossa Senhora do Destêrro, por Alvará de 05-03-1792.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Nossa Senhora do Destêrro, por Carta de Lei de 26-03-1726. Sede na vila de Nossa Senhora do Destêrro. Instalado em 10-04-1728.
Pela Provisão Régia de 07-06-1750, é criado o distrito de Lagoa e anexado a vila Nossa Senhora do Destêrro.
Por Decisão de 26-10-1751 e Provisão Régia de 19-01-1809, é criado o distrito de Santo Antônio e anexado à vila de Nossa Senhora do Destêrro.
Por Alvará de 11-07-1809 é criado o distrito de Ribeirão e anexado à vila de Nossa Senhora do Destêrro.
Elevado à condição de cidade, por Carta Imperial ou Carta de Lei de 20-03-1823.
Pelo Decreto de 11-08-1831, é criado o distrito de Rio Vermelho e anexado ao município de Nossa Senhora do Destêrro.
Pela Lei Provincial n.º 8, de 15-04-1835, é criado o distrito de Canasvieiras e anexado ao município de Nossa Senhora do Destêrro.
Pela Lei Provincial n.º 352, de 23-03-1853, é criado o distrito de Santíssima Trindade e anexado ao município de Nossa Senhora do Destêrro.
Pelo Decreto Estadual n.º 158, de 03-06-1892, é criado o distrito de Saco dos Limões e anexado ao município de Nossa Senhora do Destêrro.
Pela Lei Estadual n.º 111, de 01-10-1894, o município de Nossa Senhora do Destêrro passou a denominar-se Florianópolis.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 8 distritos: Florianópolis, Canasvieiras, Lagoa, Ribeirão, Rio Vermelho, Saco dos Limões, Santo Antonio e Santissíma Trindade.
Pela Lei Municipal n.º 394, de 19-02-1916, é criado o distrito de Cachoeira e anexado ao município de Florianópolis.
Pela Lei Estadual n.º 1.697, de 03-10-1930, é criado o distrito de Pântano do Sul e anexado ao município de Florianópolis.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 10 distritos: Florianópolis, Cachoeira, Canasvieiras, Lagoa, Ribeirão, Rio Vermelho, Saco dos Limões, Santíssima Trindade, Pântano do Sul e Santo Antônio.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 10 distritos: Florianópolis, Cachoeira, Canasvieira, Lagoa, Ribeirão, Rio Vermelho, Saco dos Limões, Santíssima Trindade e Santo Antônio. Aparece o distrito de Ratones e some Pantano do Sul.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 86, de 31-03-1938, o distrito de Santíssima Trindade passou a denominar-se Trindade.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 10 distritos: Florianóplois, Cachoeira, Canasvieira, Lagoa, Ratones, Ribeirão, Rio Vermelho, Saco dos Limões, Santo Antônio e Trindade (ex-Santíssima Trindade).
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 941, de 31-12-1943, o distrito de Santo Antônio passou a denominar-se Rerituba, o distrito de Ribeirão a denominar-se Caicanga, Rio Vermelho a denominar-se Praia dos Ingleses, Cachoeira a denominar-se Recanto. O mesmo decreto extinguiu o distrito de Trindade e Saco dos Limões.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 8 distritos: Florianópolis, Caiacanga, Canasvieira, Lagoa, Praia dos Ingleses (ex-Rio Vermelho), Recanto (ex-Cachoeira), Ratones e Rerituba (ex-Santo Antônio).
Pela Lei Estadual n.º 247, de 30-12-1948, o distrito de Cachoeira passou a denominar-se Cachoeira do Bom Jesus, distrito de Ingleses a denominar-se Ingleses do Rio Vermelho, Rerituba a denominar-se Santo Antônio de Lisboa e o distrito de Caiacanga a denominar-se Ribeirão da Ilha.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 8 distritos: Florianópolis, Cachoeira de Bom Jesus ex-Recanto, Canasvieira, Ingleses do Rio Vermelho ex-Ingleses, Lagoa, Ratones, Ribeirão da Ilha (ex-Caiacanga), Rerituba (ex-Santo Antônio de Lisboa).
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Municipal n.º 531, de 04-12-1962, é criado o distrito de Pântano do Sul e anexado ao município de Florianóplois.
Pela Lei Municipal n.º 927, de 04-12-1963, é criado o distrito de São João do Rio Vermelho e anexado ao município de Florianópolis.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 10 distritos: Florianópolis, Cachoeira de Bom Jesus, Canasvieira, Ingleses do Rio Vermelho, Lagoa, Pântano do Sul, Ratones, Ribeirão da Ilha, Santo Antônio de Lisboa, São João do Rio Vermelho.
Pela Lei Municipal n.º 4806, de 21-12-1995, criado o distrito de Barra da Lagoa e anexado ao município de Florianópolis.
Em divisão territorial datada de 15-VII-1997, o município é constituído de 12 distritos: Florianópolis, Barra da Lagoa, Cachoeira de Bom Jesus, Campeche, Canasvieira, Ingleses do Rio Vermelho, Lagoa, Pântano do Sul, Ratones, Ribeirão da Ilha, Santo Antônio de Lisboa, São João do Rio Vermelho.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2003.