Em 1704, o capitão Antônio Gonçalves Figueiras organizou uma expedição desejando ligar uma de suas fazendas ao Gorotuba e dali aos currais da Bahia. Eles chegaram a um lugar próximo da serra Catuni ou Decamão, na cabeceira de uma lagoa que deságua em um ribeirão com nascentes naquela serra, que passou a ser denominado Lagão das Pedras. Acamparam por lá, dando ao local o nome de Cruz das Almas das Caatingas do Rio Verde.
Figueiras mandou erigir um cruzeiro, lançando os fundamentos do futuro município. Algum tempo depois, os habitantes edificaram uma capela, escolhendo São Gonçalo como patrono.
O local tornou-se distrito de Montes Claros em 1867, com o nome São Gonçalo do Brejo das Almas. Em 1923, foi elevado à categoria de município com o nome Brejo das Almas. A cidade foi renomeada em 1938 como Francisco de Sá, uma homenagem ao engenheiro local que foi ministro da Viação e Obras Públicas.

Distrito criado com a denominação de São Gonçalo do Brejo das Almas, pela Lei Provincial n.º 1.398, de 27-11-1867, e por Lei Estadual n.º 2, de 14-09-1891, subordinado ao município de Montes Claros.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito, já denominado Brejo das Almas, figura no município de Montes Claros.
Elevado à categoria de município com a denominação de Brejo das Almas, pela Lei Estadual n.º 843, de 07-09-1923, desmembrado de Montes Claros e Grão Mogol. Sede no antigo distrito de Brejo das Almas. Constituído do distrito sede. Instalado em 07-09-1924.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído do distrito sede.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 148, de 17-12-1938, o município de Brejo das Almas passou a denominar-se Francisco Sá.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.058, de 31-12-1943, é criado o distrito de Janaúba e anexado ao município de Francisco Sá.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 2 distritos: Francisco Sá e Janaúba.
Pela Lei Municipal n.º 336, de 27-12-1948, é criado o distrito de Canabrava e anexado ao município de Francisco Sá. Sob a mesma Lei acima citada é desmembrado do município de Francisco de Sá o distrito de Janaúba. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de I-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos. Francisco Sá e Canabrava.
Pela Resolução n.º 04, de 25-02-1964, Francisco Sá adquiriu do município de Grão-Mogol o distrito de Catuni.
Em divisão territorial datada de I-I-1979, o município é constituído de 3 distritos: Francisco Sá, Canabrava e Catuni.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.