Em 1569, o Padre José de Anchieta percorreu as terras do Espírito Santo como visitador dos jesuítas, encarregado de estabelecer novas aldeias para a catequese dos índios. Nesta ocasião ficou determinado que fosse fundado numa dessas povoações Guarapari. A localização era totalmente favorável, pois julgavam por bem fundar aldeias e residências sempre às margens dos rios ou embocaduras, facilitando assim as entradas que necessitavam fazer a procura de novas levas selvagens.
No alto de uma colina levantou-se um convento para os missionários e uma igreja devotada a Sant’Ana, recebendo este lugarejo o nome de Aldeia do Rio Verde ou Aldeia de Santa Maria de Guaraparim.
Para a inauguração da aldeia e da igreja, o padre José de Anchieta compôs a mais expressiva de suas obras literárias, o “Auto Tupi”, escrito em língua tupi, que reverenciava Maria Imaculada, tendo como personagem a alma de Pirataraka, índio falecido. O Padre José de Anchieta foi evangelizador, músico, poeta e primeiro teatrólogo do Brasil, muito popular entre os índios, tendo falecido no dia 9 de junho de 1597. O padre Antonio Dias, missionário sertanista, e outros trouxeram para Guarapari índios do interior das tribos termiminós e tupiniquins, tornando a aldeia uma das mais prósperas.
Em 1° de janeiro de 1679, por mercê de D. Pedro, o donatário Francisco Gil de Araújo eleva a aldeia de Guaraparim à categoria de vila. Com o crescimento da vila os jesuítas abandonaram em definitivo a aldeia, permanecendo fixado ao sul da Capitania em Reritiba, hoje a cidade de Anchieta.
Em 1835, foi criada a comarca de Guarapari pela Lei Provincial de 1835, compreendendo o Rio Itapemirim, Beneventes e Guarapary. A administração da vila era feita pelo presidente da Câmara, cargo que hoje corresponde ao de prefeito. O primeiro presidente da Câmara Municipal de Guarapari foi o comendador Sr. Ismael de Paula Loureiro, nomeado pela Princesa Isabel.
Em 24 de dezembro de 1878, Guarapari passou de vila a município, mas durante alguns anos ainda pertenceu à cidade de Anchieta. O serviço telegráfico foi inaugurado em 1888.

Elevada à categoria de freguesia (ou paróquia) com a denominação de Aldeia dos Índios pelo Alvará de 11 de janeiro de 1655.
Elevada à categoria de vila, com a denominação de Vila de Guarapari, pela Provisão de 01-01-1679, instalada em 01-03-1679.
Pela Lei Estadual n.° 26, de 24-12-1878, foi delimitada a área municipal.
Elevada à categoria de cidade com a denominação de Guarapari, pela Lei n.° 28 de 19-09-1891.
Pela Lei Estadual n.º 578, de 05-12-1908, é criado o distrito de Todos os Santos e anexado ao município de Guarapari.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o municípío é constituído de 2 distritos: Guarapari e Todos os Santos.
Pela Lei Estadual n.º 973, de 26-11-1914, é criado o distrito de Sagrada Família e anexado ao município.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 3 distritos: Guarapari, Sagrada Família e Todos os Santos.
Pelo Decreto-lei Estadual n.° 15.177, de 31-12-1943, o distrito de Sagrada Família foi transferido do município de Guarapari, passando a pertencer ao município de Alfredo Chaves.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 2 distritos: Guarapari e Todos os Santos.
Pela Lei Estadual n.º 776, de 29-12-1953, é criado o distrito de Rio Calçado e anexado ao município de Guarapari.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: Guarapari, Rio Calçado e Todos os Santos.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.