Em 1628, conforme consta do primeiro Livro-Tombo da Catedral de Santo Antônio, dava-se a conhecer o povoamento destas terras por Jacques Félix e filhos.
Dia 13 de junho de 1630, data dedicada ao Santo Padroeiro, marca a fundação de Guaratinguetá, pela construção da capela 'erguida em palha e parede de mão'.
Em 13 de fevereiro de 1651, com a abertura da 'estrada', o povoado é elevado a Vila e é erigido o pelourinho.
Guaratinguetá destaca-se como uma das principais vilas da Capitania no Vale do Paraíba, no século XVIII, que reserva à cidade, além dos períodos do ouro e do açúcar, fatos de especial significância religiosa.
Em 1717, a imagem enegrecida de Nossa Senhora da Conceição foi encontrada por pescadores nas águas do Rio Paraíba, dando origem à cidade de Aparecida.
Em 1739, nasce aquele que, em 25 de outubro de 1998 torna-se o primeiro brasileiro nato beatificado pelo Vaticano: Frei Antônio de Sant’Anna Galvão, canonizado em 11 de maio de 2007 pelo Papa Bento XVI.
Em 1757, foi fundada a Irmandade de São Benedito junto à Capela de São Gonçalo e, a partir daí, provavelmente, inicia-se a Festa em louvor a este Santo que perdura até a atualidade.
No século XIX, Guaratinguetá atinge o apogeu do período do café.
Em 18 de agosto de 1822, Guaratinguetá foi escolhida por D. Pedro I para pernoite, quando fazia a 'trilha da Independência'. Em 23 de dezembro do mesmo ano, morria Frei Galvão.
Em 1844, Guaratinguetá é elevada à categoria de cidade.
Em 7 de julho de 1848, nasce Francisco de Paula Rodrigues Alves, futuro Conselheiro e Presidente da República (eleito duas vezes).
O ano 1885 marca o auge da produção cafeeira e 1877 torna-se marco divisor da história com a chegada da Estrada de Ferro que liga São Paulo ao Rio de Janeiro.
Ainda no século XIX, Guaratinguetá registra seu pioneirismo regional na imprensa com o jornal “O Mosaico” (de 1858), o desenvolvimento educacional, os clubes, a Banda, o 'Theatro' e o Mercado. Nesse período instalam-se a Escola Complementar, o Ginásio Nogueira da Gama, a Escola de Comércio e a Escola de Pharmácia.
O século XX, que presencia o esgotamento das terras, enxerga também os novos focos econômicos: pecuária extensiva, industrialização e fomento comercial. Emerge uma 'nova' comunidade, com a Escola de Especialistas de Aeronáutica, depois o campus da Unesp – Faculdade de Engenharia de Guaratinguetá, o Senac e, mais recentemente, a FATEC – Faculdade de Tecnologia.
O topônimo Guaratinguetá é uma palavra de origem tupi-guarani e significa guará=garça, tinga=branca, eta=muito, que significa muitas garças brancas.

Freguesia criada com a denominação de Santo Antonio de Guaratinguetá, em 1630, no município de Taubaté.
Pela Lei Provincial n.º 19, de 04-03-1842, e Decreto Estadual n.º 147, de 04-04-1891, é criado o distrito de Aparecida e anexado a vila de Santo Antonio de Guaratinguetá.
Elevado à categoria de vila e cidade com a denominação de Guaratinguetá, pela Lei n.º 2, ou 219, de 23-01-1844, desmembrado do município de Taubaté. Sede na antiga vila Santo Antonio de Guaratinguetá. Constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 2.312, de 17-12-1928, desmembra do município de Guaratinguetá o distrito de Aparecida. Elevado à categoria de município.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 2 distritos: Guaratinguetá e Aparecida.
Pela Lei Estadual n.º 2.312, de 17-12-1928, desmembra do município de Guaratinguetá o distrito de Aparecida. Elevado à categoria de município.
Em divisão administrativa referente a 1933, o município é constituído do distrito sede.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município permanece constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-19179.
Pela Lei Estadual n.º 3.198, de 23-12-1981, é criado o distrito de Potim e anexado ao município de Guaratinguetá.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 2 distritos: Guaratinguetá e Potim.
Pela Lei Estadual n.º 7.644, de 30-12-1991, desmembra do município de Guaratinguetá o distrito de Potim. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.