Segundo relatos, o município surgiu por volta da metade do século XVIII. A região foi descoberta pelos bandeirantes, onde foi encontrado grande abundância de ouro.
O povoado foi fundada em 1729 e de início o povoado chamava Gorino, devido ao morador do povoado “João Gorino”.
No início, contava com aproximadamente 3500 escravos (devido ao ciclo aurífero), com o fim deste, na segunda metade do século XIX, Guarinos se reduziu a apenas uma família com 29 pessoas.
Após o ciclo de ouro, acontece o achado da imagem de Nossa Senhora da Penha na Serra da Lapinha, sendo assim, a partir desse achado e da grande devoção dos fiéis nessa santa, começou a ser realizada a romaria em devoção a santa.
Na década de 1980, Guarinos teve sua maior prosperidade devido à exploração de ouro. Devido a não legalização e a falta de controle ambiental pela ejeção de mercúrio na água, este foi impedido de funcionar em 1988.

Elevado à categoria de município com a denominação de Guarinos, pela Lei Estadual n.º 1.059, de 11-05-1988, desmembrado de Pires de Goiás. Sede no atual distrito de Guarinos (ex-povoado). Constituído do distrito sede. Instalado em 01-06-1989. Teve a execução desta Lei suspensa pela Medida Cautelar n.º 1.548, de 15-07-1988, até o definitivo julgamento da representação.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2018.