Os mais antigos registros de colonização de Ilhota datam de 31 de março de 1842, quando iniciaram, uma viagem de reconhecimento dos rios Itajaí - Açu e Itajaí Mirim, o engenheiro e pesquisador Charles Maximiliano Luiz Van Lede, Joseph Philippe Fontaine, geólogo Guilherme Bouliech e como guia o escrivão policial José Alves de Almeida.
Van Lede havia fundado a Companhia Belga - Brasileira de Colonização em 1841, com a intenção de trazer os colonos belgas para trabalhar na exploração das jazidas de minérios na bacia Hidrográfica do Itajaí - Açu.
Em 6 de julho de 1844, Charles Maximiliano Luiz Van Lede e os irmãos Lebon, adquiriram de uma área de 2150 ha. do Cura Padre Rodrigues, no local chamado Prainha; em 21 de novembro de 1844 adquiriram uma área de 1200 ha. de Dona Rita Luisa Aranha e em 2 de janeiro de 1845 compraram as terras do tenente coronel Henrique Flores uma área de 2150 ha.
Em 27 de novembro de 1844 os primeiros 90 colonos belgas desembarcaram numa pequena ilha, que se hoje existisse ficaria no meio do rio Itajaí - Açu exatamente defronte à igreja Matriz São Pio X. A ilha que originou o nome da cidade desapareceu depois da elevação do nível do rio, causando por duas grandes enchentes, em 1880 e 1911. Algumas árvores foram derrubadas para que fosse construído um enorme barracão onde as famílias passaram os primeiros dias na nova terra.
Dentre vários problemas de adaptação, houve problemas com a divisão dos lotes; de acordo com registros, Joseph Philip Fontaine, nomeado por Van Lede, administrador da colônia, não teria feito as demarcações dos terrenos para cada família, o que gerou muitos problemas e desavenças entre colonos e Fontaine que, por sua vez, acabou se desentendendo com Van Lede. Sem comida, dinheiro, ou qualquer tipo de auxilio de Van Lede ou de seu secretario, os belgas sobreviveram aos primeiros seis meses em condições precárias. Uma quase volta ao primitivismo, onde a caça e a pesca eram os únicos alimentos. Mesmo diante de tanta dificuldade, as famílias belgas foram se estabelecendo, principalmente na margem direita do rio onde hoje é o centro da cidade de Ilhota.
A colonização do Braço do Baú, na margem esquerda, começou em 1886 com as famílias Nunes, Reichert e Zabel, segundo escreve a escritora Edltraud Zimmermann Fonseca, no livro Localidade do Braço do Baú.
Em janeiro de 1845 já havia uma segunda colônia, dissidente da primeira em função das promessas não cumpridas e de outras 60 famílias belgas e francesas trazidas por Van Lede em segunda viagem a Europa. Em setembro do mesmo ano, decepcionadas com os rumos da colônia e engenheiro belga retornou definitivo à terra natal, encerrando as atividades da Companhia e deixando a administração da colônia nas mãos de Fontaine. Revoltados com a situação de miséria, os colonos pediram insistentemente a saída de Fontaine, o que viria a ocorrer somente dois anos depois. A historia que ex - administrador da colônia foi embora levando consigo documentos importante, assinados pelos colonos declarando recebido vários gêneros alimentícios, e até o sino da igreja trazido pelos belgas. A direção da colônia foi então entregue para Gustave Lebon. A partir daí, passou a ser considerada uma simples povoação. Van Lede responsável pela colonização de Ilhota morreu em 19 de julho de 1875 deixando o título da propriedade como legado ao hospital de Bruges, na Bélgica. Começava ai mais uma luta dos colonos pela legalização de suas terras.
O hospital enviou então Van Dye com a procuração de vender terras, o que acabou não acontecendo em função da violente reação dos colonos. A partir daí, a colônia começou a entrar em decadência e os colonos belgas espalharam %u2013 se por toda Ilhota. Não se sabia mais quais eram os limites de das terras de Van Lede. A população havia crescido e faltavam terras para a agricultura. Nesta época viviam em Ilhota cerca de 400 famílias, a grande maioria de brasileiros vindos de outras regiões dos pais.
Muitas famílias belgas haviam ido embora para outras localidades ou retornando para a terra natal. Ficaram apenas os Maba, Brockveld, Maes e Castellain, que trabalhavam na agricultura. No inicio do século XX, a maioria das famílias que viviam em Ilhota eram arrendatários. Os mais ricos abriram os primeiros armazéns onde eram comercializados carne, café, arroz, açúcar e etc. também construíram os primeiros engenhos de cachaça e as primeiras lojas de secos e molhados. Outros produtos eram comprados em Itajaí. O vapor Blumenau e a carroça eram os únicos meios de transporte, pois não havia estradas, só picadas. A energia elétrica chegou na década de trinta (30). As primeiras residências com água encanada surgiram em 1970.

A criação de distrito de Ilhota aconteceu em 26 de agosto de 1930, por intermédio do requerimento apresentado pelo deputado Marcos Konder. A instalação ocorreu em 14 de fevereiro de 1931. O primeiro Intendente foi Pedro Faustino Nunes. O distrito pertenceu ao município de Ilhota até 21 de julho de 1958, quando por força de lei estadual 348 foi levada a categoria de município. O primeiro prefeito (provisório) foi Guilherme Alípio Nunes, tendo sido sucedido por Teodoro Zimmermann. O primeiro prefeito eleito foi José Köehler, que ficou no poder de 31 de janeiro de 1959 a 31 de janeiro de 1964.