A província de São Paulo quase não tinha núcleos urbanos até o século XVIII, e em nossa região existiam apenas as Vilas de Itu e Jundiaí. Então, o governo português implementou uma vigorosa política de incentivo à produção de açúcar na província, na segunda metade do século XVIII. Essa iniciativa, deslanchada pelo governador Morgado de Mateus, visava estimular o povoamento do interior de São Paulo. Seu objetivo era incentivar o surgimento e crescimento de novas Vilas, criando núcleos de população para enfrentar um possível avanço dos espanhóis no sul do país.
Em seu início, o povoado de Indaiatuba foi um dos bairros rurais da Vila de Itu, no caminho que era passagem de tropas para o sul do Brasil, passando por Sorocaba, e do sul para as vilas mineradoras de Mato Grosso e Goiás, passando pelo mesmo caminho. No século XVIII os caminhos para o interior eram estreitos, sendo percorridos com o auxílio de mulas, burros e cavalos, que transportavam todo o comércio regional e de exportação. O arraial aparece como Indayatiba já nos registros do censo de 1768. Com uma pequena população que vivia, sobretudo, de suas roças de milho e feijão, esse arraial também é chamado de Cocaes, por causa dos seus campos de palmeiras Indaiá.
Encontramos, nos séculos XVIII e XIX, referência aos bairros de Piraí, Itaici, Mato Dentro, Buru e Indaiatuba. Como aconteceu também com outros povoados próximos, a dinâmica econômica trazida pela produção de açúcar e aguardente mudou a vida dos pequenos bairros rurais que formaram Indaiatuba: em cem anos cresceu o número de engenhos de tal modo que, por volta de 1850, já não havia aqui um só córrego com queda suficiente para mover uma roda d'água que não tivesse já a sua 'fábrica de fazer açúcar'.
Em torno dessas fazendas de açúcar foram se fixando, desde o final do século XVIII, pessoas que viviam do comércio e da fabricação artesanal de produtos para os habitantes próximos.
O núcleo urbano de Indaiatuba se fixou em torno do Largo da Igreja, como era costume. A história política de Indaiatuba inicia-se com a ereção de sua capela curada, através da doação de alguns imóveis feita à capela, por Pedro Gonçalves Meira, em 1813. Por esse gesto Pedro é considerado o fundador de nossa cidade.
Ter sua capela curada possibilitou ao pequeno bairro ser o centro civil local, uma vez que, a partir daí, puderam ser feitos nessa igreja os batismos, casamentos e sepultamentos, tanto da população próxima como dos habitantes dos bairros rurais vizinhos. Um fato curioso é de que a primeira padroeira dessa capela foi Nossa Senhora da Conceição. Após a morte de Pedro, seu irmão Joaquim passou a cuidar dessa capela e, devoto de Nossa Senhora da Candelária, transformou-a em sua padroeira. Essa capela, ampliada e reformada, é a Igreja Matriz de Nossa Senhora da Candelária.
Na segunda metade do século XIX, o café substituiu aos poucos o açúcar como principal produto de nossa agricultura de exportação. Sabemos que Joaquim Emígdio de Campos Bicudo, cafeicultor dono da Fazenda Pau Preto, comprou a propriedade do espólio do padre Roriz, agrupando então a antiga fazenda Pau Preto a uma chácara vizinha que já possuía e à chácara onde estava o Casarão. Transferiu para lá a sede da fazenda e construiu uma nova área, feita conforme o padrão das indústrias inglesas do século XIX, de tijolo à vista. Lá instalou a primeira máquina de beneficiar café da cidade, movida a vapor.
Em nove de dezembro de 1830 Indaiatuba tornou-se, por decreto do Imperador, sede de uma das Freguesias da Vila de Itu, englobando também os bairros de Itaici, Piraí, Mato Dentro e Buru. Sua elevação à condição de Vila ocorreu em 24 de março de 1859. Com esse novo estatuto Indaiatuba ganha autonomia política em relação a Itu, passando a ter sua própria Câmara de Vereadores.
Na frente da Igreja, havia uma área aberta, o Largo da Matriz, centro da vida local, onde aconteciam os eventos civis e religiosos, como a Festa da Padroeira e a saída da romaria para Pirapora. Em torno da Matriz foram sendo construídas as residências urbanas dos fazendeiros da Freguesia, hoje quase todas demolidas, e em redor as casas de comerciantes, artesãos e trabalhadores livres.
O projeto urbano da cidade inicia-se no século XIX, com um traçado quadriculado, feito 'a cordel', conforme a tradição racionalista já implantada nas cidades portuguesas e em algumas Vilas brasileiras desde o século XVIII. Esse traçado mantém-se no centro histórico da cidade até hoje, sendo parte de nosso mais antigo patrimônio urbano.
No final do século XIX um acontecimento veio mudar a vida urbana de Indaiatuba: a estrada de ferro. O primeiro trecho da Estrada de Ferro Ituana foi feito entre Jundiaí e o nosso bairro rural de Pimenta, na fazenda do mesmo nome, inaugurado em 1872. Em 1873 iniciou-se o trecho Itaici-Piracicaba, passando por Indaiatuba.
A estação primitiva de Indaiatuba não foi erguida pela Ytuana. A Câmara Municipal de Indaiatuba fez uma arrecadação publica de fundos e construiu por conta própria a primeira Estação, doando-a para a Ytuana. Essa primeira estação, inaugurada em 1880, fica à esquerda da Estação principal, funcionando hoje como uma oficina-escola de liuteria. A “nova” Estação, onde hoje está o Museu Ferroviário, foi construída em 1911.
Com a Estação de trem Indaiatuba viveu muitas mudanças. A ferrovia ligou a cidadezinha a São Paulo, possibilitou a ida e vinda cotidiana de pessoas e de mercadorias, o telégrafo, a chegada diária do correio.... Por ela chegaram os imigrantes, e por ela saíram as batatas, a madeira, todo comércio, enfim. Nela embarcaram nossos soldados na Revolução de 32.

Freguesia criada com a denominação de Indaiatuba, pelo Decreto de 09-12-1830, no município de Itú.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Indaiatuba, pela Lei Provincial n.º 12, de 24-03-1859, desmembrado do município de Itú. Sede na antiga povoação de Indaiatuba Constituído do distrito sede. Instalado em 31-07-1859.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Indaiatuba, pela Lei Estadual n.º 1.038, de 19-12-1906.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município permanece constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.