O atual município de Itajuípe tem suas origens na região do Sequeiro do Espinho, que pertencia a Ilhéus e se estendia até o município de Iguaí. O povoamento do território iniciou-se no final do século XIX, com a chegada dos primeiros pioneiros, que iniciaram o desmatamento e a formação de fazendas de cacau. Por volta de 1918, outras famílias se estabeleceram à margem direita do Rio Almada, iniciando o povoado Pirangi.
Em 1930, instalou-se uma subprefeitura no arraial de Pirangi, subordinada ao município de Ilhéus. O nome foi alterado em 1943 para Itajuípe, vocábulo tupi que significa rio das pedras. O município foi desmembrado em 1962 para formar o a cidade de Barro Preto.

Distrito criado com a denominação de Pirangi, pelo Decreto Estadual n.º 8678, de 13-10-1933, subordinado ao município de Ilhéus.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de Pirangi, figura no município de Ilhéus.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 31-12-1943, confirmado pelo Decreto Estadual n.º 12978, de 01-06-1944, o distrito de Pirangi tomou a denominação de Itajuípe.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Itajuípe (ex-Pirangi), figura no município de Ilhéus.
Elevado à categoria de município com a denominação de Itajuípe, pela Lei Estadual n.º 507, de 12-12-1952, desmembrado de Ilhéus. Sede no antigo distrito de Itajuípe. Constituído de 3 distritos: Itajuípe e Barro Preto, ambos desmembrados de Ilhéus.
Pela Lei Estadual n.º 628, de 30-12-1953, o município de Itajuípe adquiriu do município de Ilhéus o distrito de Bandeira do Almada (ex-União Queimada), alterado pela mesma lei acima citada.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 3 distritos: Itajuípe, Bandeira do Almada e Barro Preto.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 1678, de 17-04-1962, desmembra do município de Itajuípe o distrito de Barro Preto. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 2 distritos: Itajuípe e Bandeira do Almada.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.