As terras de Itapagé localizam-se no centro da Serra de Uruburetama, onde habitavam os índios Anacé, Apuiaré e outras etnias de línguas Tupi e Tapuia.
A região já era descrita pelos padres Francisco Pinto e Pereira Figueira, quando estes passaram pela Serra de Uruburetama em 1607, na sua missão de contactar os indígenas na Chapada da Ibiapaba.
No final do século XVIII, o Frei Vidal da Penha, em uma das suas visitas de desobriga (visita de um padre a um local que não tem padres), plantou, no reduto, o seu tradicional cruzeiro.
O núcleo urbano surgiu com a chegada de portugueses que vieram implantar a pecuária na região.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Vila da Constituinte, pela Lei Provincial n.º 502, de 22-12-1849, desmembrado do município de Fortaleza, Canindé e Itapipoca. Sede no núcleo de Santa Cruz da Serra da Uruburetama. Instalado em 10-12-1850.
Pela Lei Provincial n.º 534, de 10-12-1850, a vila da Constituinte passou a denominar-se Santa Cruz da Uruburetama.
Pela Lei Provincial n.º 88, de 20-07-1859, transfere a sede da povoação núcleo de Santa Cruz da Serra da Uruburetama para a povoação de São Francisco da Uruburetama.
Distrito criado com a denominação de São Francisco da Uruburetama, pela Lei Provincial n.º 1.131, de 21-11-1864.
Por Ato Estadual de 15-07-1871, é criado o distrito de Retiro e anexado ao município de São Francisco da Uruburetama.
Pela Lei Provincial n.º 107, de 20-09-1893, a vila de São Francisco da Uruburetama passou a denominar-se simplesmente São Francisco.
Por Ato Estadual de 11-03-1905, é criado o distrito de Irauçuba e anexado ao município de São Francisco.
Pelo Ato Estadual de 25-01-1911, é criado de São Miguel e anexado ao município de São Francisco.
Pelo Ato Estadual de 13-07-1911, é criado de Juá e anexado ao município de São Francisco.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, a vila é constituída de 6 distritos: São Francisco, Irauçuba, Juá, São Miguel e Tejessuoca.
Elevado à condição de cidade com a denominação de São Francisco, pela Lei Estadual n.º 2.358, de 16-07-1926.
Pelo Decreto Estadual n.º 193, de 20-05-1931, é extinto o município, sendo seu território rebaixado à condição de povoado e anexado ao município de Arraial.
Elevado novamente à categoria de município com a denominação de São Francisco, pelo Decreto Estadual n.º 1.156, de 04-12-1933, desmembrado de Arraial. Sob a mesma Lei são criados os distritos de Jacu, Pão de Açúcar e Santa Cruz e anexados ao município de São Francisco.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 9 distritos: São Francisco, Irauçuba, Jacu, Juá, Pão de Açúcar, Retiro, Santa Cruz, São Miguel e Tejessuoca.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 8 distritos: São Francisco, Irauçuba, Juá, Pão de Açúcar, Retiro, Santa Cruz, São Miguel e Tejessuoca..
Elevado definitivamente à condição de cidade com a denominação de São Francisco, pelo Decreto Estadual n.º 448, de 20-12-1938, sob o mesmo Decreto o distrito de Pão de Açúcar passou a denominar-se Missi e o distrito de Santa Cruz a denominar simplesmente Cruz.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 9 distritos: São Francisco, Irauçuba, Juá, Missi (ex-Pão de Açúcar), Retiro, Cruz (ex-Santa Cruz), São Miguel e Tejussuoca.
Pelo Decreto Estadual n.º 1.114, de 30-12-1943, o município de São Francisco passou a denominar-se Itapagé, o distrito de São Miguel a denominar-se Iratinga e o distrito de Retiro a denominar-se Caxitoré.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município de Itapagé (ex-São Francisco) é constituído de 8 distritos: Itapagé, Caxitoré ex-Retiro, Cruz, Iratinga (ex-São Miguel), Irauçuba, Juá, Missi,e Tejussuoca.
Pela Lei Estadual n.º 1.153, de 1951, é criado o município de Itapagé.
Pela Lei Estadual n.º 3.598, de 20-05-1957, desmembra do município de Itapagé os distritos de Irauçuba, Juá e Missi. Para constituir o novo município de Irauçuba.
Pela Lei Estadual n.º 3.895, de 10-11-1957, é criado o distrito de Pitombeiras com terras desmembra do distrito de Iratinga e anexado ao município de Ipapagé.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 6 distritos: Itapagé, Caxitoré, Cruz, Iratinga, Pitombeira e Tejussuoca.
Pela Lei Estadual n.º 6.392, de 03-07-1963, desmembra do município de Itapagé o distrito de Tejussuoca. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 6.426, de 15-03-1963, desmembra do município de Itapagé o distrito de Caxitoré. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 6.435, de 17-07-1963, desmembra do município de Itapagé o distrito de Pitombeira. Elevado à categoria de município com a denominação Pitombeira.
Pela Lei Estadual n.º 6.701, de 21-10-1963, desmembra do município de Itapagé o distrito de Iratinga. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 6.602, de 26-09-1963, são criados os distritos de Baixa Grande e Soledade e anexados ao município de Itapagé.
Pela Lei Estadual n.º 6.734, de 08-11-1963, desmembra do município de Itapagé o distrito de Cruz. Elevado à categoria de município com a denominação de Santa Cruz de Uruburetama.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 3 distritos: Itapagé, Baixa Grande e Soledade.
Pela Lei Estadual n.º 8.339, de 14-12-1965, o município de Itapagé adquiriu os extintos municípios de Caxitoré, Iratinga, Pitombeira, Santa Cruz de Uruberetama e Tejussuoca, pois foram criados e não instalados, como simples distrito.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 8 distritos: Itapagé, Baixa Grande, Caxitoré, Cruz (ex-Santa Cruz de Uruberetama), Iratinga, Pitombeira, Soledade, e Tejussuoca.
Pela Lei Estadual n.º 11.414, de 28-12-1987, é desmembrado do município de Itapagé os distritos de Tejuçuoca e Caxitoré, para formar o novo município com a denominação de Tejussuoca.
Na Lei Orgânica Municipal de 1989, o município aparece grafado com J: Itapajé. E de acordo com parecer da Assembleia Legislativa do Estado do Ceará, essa é a grafia correta.
Em divisão territorial datada de 17-I-1991, o município é constituído de 7 distritos: Itapajé, Aguaí, Baixa Grande, Cruz, Iratinga, Pitombeira e Soledade.
Pela Lei Estadual n.º 11.458, de 02-06-1988, é criado o distrito de Aguaí ao município de Itapajé.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2003.
Pela Lei Municipal n.º 1.372, de 21-09-1998, é criado o distrito de São Tomé e anexado ao município de Itapajé.
Em divisão territorial datada de 2014, o município é constituído de 9 distritos: Itapajé, Aguaí, Baixa Grande, Cruz, Iratinga, Pitombeira, São Tomé, Serrote do Meio e Soledade.