Inicialmente a região era habitada por indígenas, constituindo o que os arqueólogos chamam de Tradição Umbu. Pela ação de bandeirantes paulistas surgiram estradas embrenhadas na mata e a região passou a ser percorrida no séc. XVIII por tropeiros, passando a fazer parte da rota do gado nos estados do sul.
Inserida dentro do processo de colonização do país, Ivoti recebeu em torno de 1826 diversas famílias de origem germânica, vindas em maioria da região do Hunsruck, na atual Alemanha, que instalaram-se nos 48 lotes de terra distribuídos ao longo do Arroio Feitoria.
Na época, a região era conhecida como Berghanschneiss, Picada dos Berghan, pois essa foi uma das famílias que primeiro veio morar aqui.
Aos poucos, a colônia foi crescendo e o entroncamento das Picadas com a estrada passou a servir como entreposto comercial, onde os agricultores podiam trocar seus sacos de milho, feijão e aipim por produtos que não dispunham nas casas como tecidos, tamancos de madeira, louças, entre outros, além de poder negociar com tropeiros.
Rapidamente se percebeu a necessidade da construção de uma ponte sobre o Arroio Feitoria, pois o fluxo de pessoas na área já era grande. Em 1855 essa ponte foi construída com verba enviada por Dom Pedro II, daí seu nome ponte do Imperador.
Mas na medida que a região prosperava, identificava-se um problema que afetava a economia local: o Arroio Feitoria, fonte de vida para as famílias, transformava-se em transtorno com as chuvas de inverno, arrastando consigo boa parte do que as famílias haviam conquistado. Aos poucos, os moradores ribeirinhos foram morar nas áreas mais altas da cidade, dando origem ao atual Centro do município.
Em 1867, Berghanscheiss passou a chamar-se Bom Jardim e era, ainda distrito de São Leopoldo. Mais tarde, em 1938, finalmente surgia Ivoti, remetendo ao tupi-guarani “ipoti-catu”, que significa flor, identificando a cidade com uma de suas tradições: o plantio de flores em frente às casas, formando jardins multicoloridos.

Distrito criado com a denominação de Bom Jardim, pela Lei Provincial n.º 635, de 04-11-1867, subordinado ao município de São Leopoldo.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito de Bom Jardim, figura no município de São Leopoldo.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Ivoti (ex-Bom Jardim), figura no município de São Leopoldo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.
Pela Lei Estadual n.º 3.818, de 08-09-1959, o distrito de Ivoti foi transferido do município de São Leopoldo para o novo município de Estância Velha.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito de Ivoti figura no município de Estância Velha.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1963.
Elevado à categoria de município com a denominação de Ivoti, pela Lei Estadual n.º 4.798, 19-10-1964, desmembrado de Estância Velha e Dois Irmãos. Sede no antigo distrito de Ivoti. Constituído do distrito sede. Instalado em 26-01-1965.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.