Para desenvolver a produtividade das terras, os donatários de capitanias concediam, em regime de sesmarias, lotes para o plantio. E foi neste regime que, em 1566, Duarte Coelho concedeu uma légua de terra a Gaspar Alves Purga e Dona Isabel Ferreira, para o cultivo de cana de açúcar e instalação de um engenho, o São João Batista (hoje, Usina Bulhões). Em 1573, as terras foram desmembradas e parte delas vendida a Fernão Soares, que teve como herdeira Maria Feijó, casada com o português Antônio Bulhões.
Jaboatão teve o seu povoado fundado a partir de 4 de Maio de 1593, por Bento Luiz Figueira, terceiro proprietário do Engenho São João Batista. Foi palco de duas grandes batalhas contra os Holandeses em Pernambuco, travadas nos anos de 1648 e 1649. Tem como seus principais vultos o general Francisco Barreto de Menezes, André Vidal de Negreiros, João Fernandes Vieira, Felipe Camarão, Henrique Dias, Antônio Dias e Antônio Silva.
O primeiro nome da cidade foi Jaboatão, que vem do indígena 'Yapoatan', numa lembrança à árvore comum na região, usada para fabricar mastros e embarcações. A partir de 1989, passou a ser chamada de Jaboatão dos Guararapes, em homenagem ao local das batalhas históricas - os Montes Guararapes. É lá que está localizada uma das mais belas igrejas de Pernambuco, a de Nossa Senhora dos Prazeres, construída em 1565, e é a única igreja de Pernambuco, cuja fachada é revestida em azulejo - primeira igreja da América a ser dedicada ao culto de Nossa Senhora - onde todos os anos é realizada uma das festas mais famosas, a Festa da Pitomba (fruta regional).

Distrito criado com a denominação de Jaboatão, pelo Alvará, de 20-03-1764.
Elevado à categoria de vila com denominação de Jaboatão, pela Lei Provincial n.º 1.093, de 24-05-1873, desmembrado de Recife. Sede na antiga vila de Jaboatão. Constituído do distrito sede. Instalado em 13-11-1873.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Jaboatão, pela Lei Provincial n.º 1.811, de 27-06-1884.
Pela Lei Municipal n.º 7, de 1-06-1905, foram criados os distritos de Tigipió e Nossa Senhora dos Prazeres e anexados ao município de Jaboatão.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 3 distritos: Jaboatão, Nossa Senhora dos Prazeres e Tigipió.
Nos quadros de apuração do recenseamento geral de I-IX-1920, o município aparece com 4 distritos: Jaboatão, Morenos, Nossa Senhora dos Prazeres e Tigipió.
Pela Lei Estadual n.º 1.931, de 11-09-1928, desmembra do município de Jaboatão o distrito de Morenos. Elevado à categoria de município. Sob a mesma lei acima citada, transfere o distrito de Tigipió do município de Jaboatão para o de Recife.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 2 distritos: Jaboatão e Nossa Senhora dos Prazeres.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 235, de 09-12-1938, o distrito de Nossa Senhora dos Prazeres passou a denominar-se Muribeca.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 952, de 31-12-1943, o distrito de Muribeca teve sua denominação alterada para Muribeca dos Guararapes.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 2 distritos: Jaboatão e Muribeca dos Guararapes.
Pela Lei Municipal n.º 50, de 16-12-1948, é criado o distrito de Cavaleiro e anexado ao município de Jaboatão.
Em divisão territorial datada de I-VII-1950, o município é constituído de 3 distritos: Jaboatão, Cavaleiro e Muribeca dos Guararapes.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de I-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 4.992, de 20-12-1962, desmembra do município de Jaboatão o distrito de Cavaleiro. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 4.964, de 20-12-1963, desmembra do município de Jaboatão o distrito Muribeca dos Guararapes. Elevado à categoria de município com a denominação de Guararapes.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído do distrito sede.
Pelo Acórdão do Tribunal de Justiça mandado de segurança n.º 57.072, de 31-08-1964, é extinto o município de Cavaleiro, voltando seu território a pertencer ao município de Jaboatão.
Pelo Acórdão do Tribunal de Justiça mandado de segurança n.º 56.898, de 20-07-1964, é extinto o município de Guararapes, voltando o seu território a pertencer ao município de Jaboatão com a denominação de Muribeca de Guararapes.
Em divisão territorial datada de 1-I-1980, o município é constituído de 3 distritos: Jaboatão, Cavaleiro e Muribeca dos Guararapes.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Pela Lei Estadual n.º 4, de 05-05-1989, o município de Jaboatão passou a denominar-se Jaboatão dos Guararapes. Sob a mesma lei acima citada, é criado o distrito de Jaboatão e anexado ao município de Jaboatão dos Guararapes. Ainda extingue o distrito de Muribeca dos Guararapes, passando o seu território a pertencer o distrito sede do município de Jaboatão dos Guararapes.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído de 3 distritos: Jaboatão dos Guararapes, Cavaleiro e Jaboatão.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.