O povoamento de Jacareí começou, em 1652, com o nome de Nossa Senhora da Conceição da Parayba, pela iniciativa de Antônio Afonso e seus três filhos. Foi elevada a vila em 22 de novembro de 1653 e tornou-se cidade em 3 de abril de 1849. Antigo caminho para as 'minas gerais', usando o rio Paraíba, Jacareí passou de humilde pousada colonial de tropeiros, ao longo dos anos, para cidade progressista, a partir de 1790, com o café no Vale do Paraíba.
O núcleo inicial 'parece ter sido' a Capela do Avareí (1728) e depois o Largo da Matriz (século XIX), que foi urbanizado na década de 1930. Atualmente, o largo da Matriz é palco das festas em homenagem à padroeira da cidade, Imaculada Conceição, que são realizadas há mais de 100 anos. O dia da padroeira é 8 de dezembro, feriado municipal. Em 1920, a igreja passou por uma reforma, na qual foram imprimidos os traços atuais.
Já a Santa Casa de Misericórdia, teve a sua instalação oficializada em 1850. A edificação do hospital foi feita graças a donativos arrecadados e pelo trabalho gratuito dos negros escravos, cedidos pelos senhores abastados. Em 1854, terminada a primeira parte da construção e feitas as instalações preliminares, a Santa Casa começou a funcionar. O Brasão, a Bandeira e o Hino Oficial da cidade foram instituídos por lei municipal em 1952, 1961 e 1969, respectivamente.
Existem duas hipóteses diferentes para a origem do nome 'Jacareí'. Segundo uma delas, há muito tempo havia um grande número de jacarés nas lagoas e no Rio Paraíba do Sul. Durante a realização de reunião social, à margem do rio próximo à lagoa, uma das pessoas que ali se divertia, olhando a grande quantidade de jacarés, fez uma observação sobre a cena. Foi esta simples interjeição, que ligada a jacaré, deu como resultado: Jacareí. A outra hipótese é a palavra vir do tupi-guarani - icare-ig - que significa 'Rio dos Jacarés'.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Jacareí, em 1653, desmembrado da antiga vila de Mogi das Cruzes.
Elevado à condição de cidade e sede do município com a denominação de Jacareí, pela Lei Estadual n.º 17, de 03-04-1849.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.
Pela Lei Estadual n.º 2.343, de 14-05-1980, é criado o distrito de São Silvestre de Jacareí e anexado ao município de Jacareí.
Pela Lei Estadual n.º 3.191, de 23-12-1981, é criado o distrito de Parque Meia Lua e anexado ao município de Jacareí.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: Jacareí, São Silvestre de Jacareí e Parque Meia Lua.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.