Em princípios do século XVII, a corrida de bandeirantes e portugueses às minas de ouro descobertas em terras do atual município (ao que se sabe, por Roberto Dias) foi a origem da corrente inicial do devassamento e povoação de Jacobina. A notícia de exploração de minérios fez fluir ao lugar numerosos contigentes humanos..
Iniciaram-se, também, por essa época, as atividades suplementares de criação de gado e de culturas agrícolas essenciais. À proporção que novas levas de braço chegavam para o garimpo, o arruado a margem do Itapicuru Mirim ia crescendo rapidamente, reunindo população inicial bastante densa e heterogênea.
A exploração aurífera prosseguia fora do controle oficial e em escala tão crescente que o governo da metrópole, para melhor garantir a arrecadação do seu dízimo, por Provisão do Conselho Ultramarino de 13 de maio de 1726, determinou que o Governador da Província criasse duas casas de fundição, sendo que uma devia instalar-se em Jacobina em 5 de janeiro de 1727 e outra em Rio de Contas. O resultado foi surpreendente e auspicioso, arrecadando-se, na mina de Jacobina, em apenas dois anos, cerca de 3.841 libras de ouro, não obstante a difícil fiscalização sobre atividade de tal natureza.
A Coroa promoveu o arraial à categoria de vila mediante Carta Régia de D. João V, datada de 5 de agosto de 1720. Com o nome de Vila Santo Antônio de Jacobina, a nova povoação integrava as freguesias de Santo Antônio de Pambu e Santo Antônio do Urubu. O lugar escolhido para ser sede foi a chamada Missão de Nossa Senhora das Neves do Say, aldeia indígena fundada por padres franciscanos em 1697. A instalação deu-se em 2 de junho de 1722, em solenidade presidida pelo coronel Pedro Barbosa Leal, na qualidade de representante do Vice-Rei e do Governador da Província, Vasco Fernandes César. Por estar situada em lugar distante das minas, a sede da vila foi mudada, em 15 de fevereiro de 1724, da Missão do Say (atualmente pertencente ao município de Senhor do Bonfim) para a Missão do Bom Jesus da Glória, outra aldeia de índios, fundada em 1706 também por missionários franciscanos, que tentaram promover a catequese dos paiaiás. Nesse local, edificaram-se a Igreja e o Convento de Bom Jesus da Glória.
A vila de Jacobina estendia-se por cerca de 300 léguas, em terras de propriedade da Casa da Ponte, dos Guedes de Brito, abrangendo desde o Rio de Contas e indo até os limites de Sergipe, incluindo a Cachoeira de Paulo Afonso. As terras onde se encontra atualmente a cidade pertenceram a Antônio Guedes de Brito, Antônio da Silva Pimentel, João Peixoto Veigas e Romão Gramacho Falcão.
A partir de 1848, a notícia da descoberta de diamantes na Chapada Diamantina determinou o êxodo de grande número de mineiros, sempre ávidos por novas aventuras. Seguiu-se então prolongada fase de paradeiro, que provocou o declínio das atividades locais, causa da demora para a elevação da vila à categoria de cidade, o que só ocorreu em 1880.

Distrito criado, com a denominação de Jacobina, em 1677.
Elevado à categoria de vila, com a denominação de Jacobina, em 1722. Sede na antiga povoação de Jacobina. Constituído do distrito sede. Instalado em 24-06-1722.
Pela Lei Provincial n.º 67, de 01-06-1838, foram criados os distritos de Riachão e Saúde e anexados à vila de Jacobina.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Jacobina, pela Lei Provincial n.º 2.049, de 28-07-1880.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído de 3 distritos: Jacobina, Riachão e Saúde.
Pela Lei Estadual n.º 1.024, de 06-07-1914, é desmembrado do município de Jacobina o distrito de Saúde, elevado à categoria de município.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920, o município é constituído de 2 distritos: Jacobina e Riachão.
Pela Lei Estadual n.º 2.063, de 11-05-1928, é criado o distrito de Itapeipú e anexado ao município de Jacobina.
Pelo Decreto n.º 7.479, de 08-07-1931, Jacobina adquiriu o município de Saúde e o distrito de Riachuelo como distritos.
O Decreto n.º 8.463, 01-06-1933, desmembra do município de Jacobina os distritos de Saúde e Riachuelo, para constituírem o novo município de Saúde.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o município aparece constituído de 4 distritos: Jacobina, Caém, Itapeipú e Riachão.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937 o município aparece constituído de 4 distritos: Jacobina, Caém, Itageigú e Riachão.
Pelo Decreto Estadual n.º 11.089, de 30-11-1938, o distrito de Riachão tomou o nome de Serra Azul.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943 o município é constituído de 4 distritos: Jacobina, Caém, Itapeipú e Serra Azul.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 31-12-1943, confirmado pelo Decreto Estadual n.º 12.978, de 01-06-1944, é criado o distrito de Catinga do Moura e anexado ao município Jacobina. O distrito de Serra Azul tomou a denominação de Itaitu.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído de 5 distritos: Jacobina, Caém, Catinga do Moura, Itaitu e Itapeipú
Pela Lei Estadual n.º 628, de 30-12-1953, foram criados os distritos de São José do Jacuípe, Serrolândia e Várzea Nova e anexados ao município de Jacobina.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955 o município é constituído de 8 distritos: Jacobina, Caém, Catinga do Moura, Itaitu, Itapeipú, São José do Jacuípe, Serrolândia e Várzea Nova. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960
A Lei Estadual n.º 1.709, de 12-107-1962, desmembra do município de Jacobina o distrito de Caem, elevado à categoria de município.
A Lei Estadual n.º 1.746, de 27-07-1962, desmembra do município de Jacobina o distrito de Serrolândia, elevado á categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963 o município é constituído de 6 distritos: Jacobina, Catinga do Moura, Itaitu, Itapeipú, São José do Jacuípe e Várzea Nova. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.
Pela Lei Estadual n.º 4.020, de 13-05-1982, é criado o distrito de Ouro Branco e anexado ao município de Jacobina.
Pela Lei Estadual n.º 4.025, de 13-05-1982, é criado o distrito de Junco e anexado ao município de Jacobina.
Pela Lei Estadual n.º 4.406, de 25-02-1985, é desmembrado do município de Jacobina o distrito de Várzea Nova, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1988 o município é constituído de 7 distritos: Jacobina, Catinga do Moura, Itaitu, Itapeipú, Junco, Ouro Branco e São José do Jacuípe.
A Lei Estadual n.º 5.017, de 13-08-1989, desmembra do município de Jacobina o distrito de Ouro Branco, elevado à categoria de município com a denominação de Ourolândia.
A Lei Estadual n.º 5024, de 13-06-1989, desmembra do município de Jacobina o distrito de São José do Jacuípe, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1993, o município é constituído de 5 distritos: Jacobina, Catinga do Moura, Itaitu, Itapeipu e Junco. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.