Jaraguá nasceu da busca das riquezas minerais do rico solo goiano em tempos que ainda se usava a mão-de-obra escrava. Vindos de diversas regiões, mineradores e catadores de ouro traziam consigo os chamados “pretos faiscadores”, escravos astutos, geralmente da “Nação Mina”, acostumados à cata do rico minério.
O bandeirante Bartolomeu Bueno da Silva veio com sua bandeira rumo a Goiás mais ou menos no ano de 1726 e fundou Vila Boa (cidade de Goiás) às margens do Rio Vermelho, ao sopé da Serra Dourada. Não levou muito tempo e logo descobriram ouro em Meia Ponte (Pirenópolis), e por consequência, descobriram mais uma região aurífera, que por sua imponente serra garantiria a prosperidade do ciclo do ouro, impulsionando a criação de acampamentos às margens dos rios e córregos que nasciam dali. Assim surge o Arraial denominado Córrego do Jaraguá.
Com a exploração das jazidas auríferas iniciou-se o povoamento e com o passar dos anos iam surgindo as primeiras habitações, definindo-se as ruas. Em 1748, já estava pronta a primeira capela sob a evocação de São José e Nossa Senhora da Penha. A segunda igreja a ser construída foi a igreja de Nª Sª do Rosário e São Benedito, em 1776 e no ano de 1828 deu–se início à terceira igreja, a de Nª Sª da Conceição.
Ao lado da exploração do ouro houve a formação de sítios e fazendas para a produção de alimentos a fim de atender a população daquelas minas. No final do século XVIII, já havia no Arraial do Córrego do Jaraguá engenhos que produziam aguardentes para a comercialização. Nesta época, o Arraial possuiu um considerado crescimento agrícola.
Pela localização próxima à estrada que conduzia ao Rio de Janeiro e a Capital da Província, Vila Boa, a localidade era um ponto de passagem para várias direções e, este fator, também colaborou para sua prosperidade, pois recebeu imigrantes de outras regiões da província de Goiás, principalmente antigos centros mineradores que entraram em decadência.
O topônimo Jaraguá deriva da língua Tupi-Guarani – Yara – Guá – e significa Senhor do Vale.

Distrito criado com a denominação de Jaraguá, pelo Decreto de 17-10-1833.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Jaraguá, pelo Decreto n.º 8, de 01-07-1833, desmembrado de Meia Ponte (atual Pirenópolis). Sede no atual distrito de Jaraguá (ex-povoado). Instalado em 29-07-1833.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Jaraguá, pela Lei Provincial n.º 666, de 29-07-1882.
Pela Lei Provincial n.º 781, de 18-11-1886, é criado o distrito de Francisco das Chagas e anexado ao município de Jaraguá.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município aparece constituído de 2 distritos: Jaraguá e São Francisco das Chagas.
Assim permanecendo nos quadros Recenseamento Geral 1-IX-1920.
Pelo Decreto Municipal n.º 59, de 08-06-1932, é criado o distrito de Petrolina e anexado ao município de Jaraguá.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município aparece constituído de 3 distritos: Jaraguá, Petrolina e São Francisco das Chagas.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-Lei Estadual n.º 8.305, de 31-12-1943, é criado o distrito de Uruana (ex-povoado) e anexado ao município de Jaraguá. Sob a mesma Lei acima citada, o distrito de Petrolina passou a denominar-se Goialina e o distrito de São Francisco de Chagas a chamar-se simplesmente Chagas.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 4 distritos: Jaraguá, Chagas (ex-São Francisco das Chagas), Goialina (ex-Petrolina) e Uruana.
Pela Lei Municipal n.º 10, de 21-08-1948, é criado o distrito de Goianésia (ex-povoado) e anexado ao município de Jaraguá.
Pela Lei Municipal n.º 11, de 21-08-1948, é criado o distrito de Rialma (ex-povoado) e anexado ao município de Jaraguá.
Pela Lei Estadual n.º 153, de 05-10-1948, é desmembrado do município de Jaraguá o distrito de Goialina. Elevado à categoria de município com a denominação de Petrolina de Goiás.
Pela Lei Municipal n.º 19, de 24-10-1948, é criado o distrito de Castrinópolis (ex-povoado) e anexado ao município de Jaraguá.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 6 distritos: Jaraguá, Chagas, Castrinópolis, Goianésia, Rialma e Uruana.
Pela Lei Estadual n.º 31, de 1952, é criado o distrito de Itaguaru (ex-povoado) e anexado ao município de Jaraguá.
Pela Lei Estadual n.º 132, 14-09-1948, é desmembrado do município de Jaraguá o distrito de Uruana. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 747, de 24-06-1953, é desmembrado do município de Jaraguá o distrito de Goianésia. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 753, de 16-07-1953, é desmembrado do município de Jaraguá o distrito de Rialma. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 768, de 08-09-1953, é desmembrado do município de Jaraguá o distrito de Chagas. Elevado à categoria de município com a denominação de São Francisco de Goiás.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 3 distritos: Jaraguá, Castrinópolis e Itaguaru.
Pela Lei Estadual n.º 2.101, de 14-11-1958, é desmembrado do município de Jaraguá o distrito de Itaguaru. Elevado à categoria de município.
Em divisões territoriais datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: Jaraguá e Castrinópolis.
Pela Lei Municipal n.º 21, de16-11-1960, é criado o distrito de Santa Isabel e anexado ao município de Jaraguá.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 3 distritos: Jaraguá, Castrinópolis e Santa Isabel.
Pela Lei Estadual n.º 8.031, de 01-12-1975, ratificado pela Lei Estadual n.º 8.111, de 14-05-1976, é desmembrado do município de Jaraguá o distrito de Castrinópolis. Elevado à categoria de município. Teve sua execução suspensa pelo Decreto federal n.º 82.852, de 18-12-1978, sendo seu território anexado ao município de Rialma, como simples distrito.
Pela Lei Estadual n.º 8.087, de 14-05-1976, é criado o distrito de Cirilândia e anexado ao município de Jaraguá.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 3 distritos: Jaraguá, Cirilândia e Santa Isabel.
Pela Lei Estadual n.º 9.187, de 14-05-1982, são desmembrados do município de Jaraguá os distritos de Santa Isabel e Cirilândia, para formar o novo município de Santa Isabel.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1983, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisões territoriais datada de 2018.