Há longos anos existia à margem esquerda do Rio Setúbal, um cemitério onde eram sepultados os mortos daquela circunvizinhança, inclusive um escravo por nome Joaquim cuja alma virtuosa concede graças a muitas pessoas que a ele recorrem.
Vinham pessoas de lugares distantes fazendo romarias para cumprirem suas promessas e veneraram sua imagem. Devido as muitas graças recebidas deram-lhe o nome de 'Pai Joaquim', que era escravo, e muito sofreu sob o domínio do seu senhor. Foi construída no local onde ele foi sepultado uma 'Gruta' denominada 'Gruta de Pai Joaquim', que se tornou um grande Patrimônio histórico do município.
O povo começou a aglomerar-se mensalmente neste cemitério para a reza do terço e também mesas de leilões, que aconteciam debaixo de uma árvore. Daí surgiu a necessidade de construir uma Capelinha. Foi então que em 1931, um dos moradores da vizinhança, o senhor Manoel Rodrigues dos Santos teve a idéia de construir uma Capelinha próxima ao cemitério e com a ajuda do carpinteiro, o senhor David Lisboa, vindo de uma comunidade vizinha, juntamente com os amigos conseguiram construir a primeira Capelinha de Jenipapo.
Daí em diante, o senhor Manoel Rodrigues dos Santos e sua esposa dona Ana Alves do Nascimento e toda a comunidade começaram a fazer em sua fazenda, várias mesas de leilões, a fim de arrecadar dinheiro para a compra de imagens, sino para colocar na capela e materiais de construção para a mesma. Aos poucos conseguiram construir também uma casa paroquial ao lado da Capelinha para receber os padres.
No dia oito de maio de 1947, organizaram na fazenda do senhor Manoel Rodrigues dos Santos uma bonita festa com nove dias de terços e leilões. Finalizaram a festa com uma enorme procissão da fazenda até a capela trazendo em belos andores as imagens de São Sebastião (o padroeiro), São Joaquim e Nossa Senhora das Graças para serem colocados na capela.
A festa foi coroada com a Santa Missa celebrada pelo Monsenhor Bernardino de Sousa, então vigário, filho do município de Francisco Badaró. Devido a idade avançada e problemas de saúde o Monsenhor Bernardino veio de Francisco Badaró nos braços de alguns homens e para facilitar, na volta o colocaram em uma canoa para descer o rio, mas a canoa virou e o padre caiu na água, sendo logo socorrido pelos companheiros. A partir daí, a paróquia de Araçuaí começou a enviar padres para celebrarem mensalmente na capela. Ela foi restaurada por voluntários em 1983. Hoje é também um Patrimônio Histórico do Município.
Próximo à Capela, existiam vários moradores como, o senhor Bernardino Pinheiro dos Santos, Santos de Caldas, Joaquim da Costa, que a partir de 1954 iniciaram o povoamento daquele local com a construção da casa do senhor Manoel Rodrigues dos Santos, Manoel Pórfiro dos Santos, João Vieira Neiva, Generoso Lemes Nascimento, Antônio da Costa Ramalho, Bitenil da Costa Ramalho e Manoel Rodrigues de Miranda.
A partir de 1954, o padre Willy, holandês, vigário de Berilo naquela época, começou a celebrar na Vila de Jenipapo todos os meses e ajudou muitíssimo o senhor Manoel Rodrigues dos Santos a dar continuidade ao serviço de fundação e povoamento da Vila, adquirindo áreas para construção de praças, igrejas, escolas e doando lotes para aqueles que sonhavam em construir sua casinha e não tinham terreno. Pela lei nº 2764 de 30/12/1962 o povoado foi elevado a distrito.
Devido a grande quantidade de Jenipapeiros existentes ao redor de uma lagoa, que dava ao local um aspecto pitoresco, recebeu o nome de Jenipapo, este nome permaneceu por muito tempo, porém, depois da sua emancipação político-administrativa pela lei Nº 12030 acrescentou-se 'de Minas' e a partir de 21/12/1995 recebeu o nome de 'Jenipapo de Minas'.
O gentílico é jenipapense.