A cidade se desenvolveu a partir de movimentada feira que atraía comerciantes de todos os cantos da região, no final do Século XIX. Pertenceu ao município de Maracás de 1860 a 1897. Jequié é originado da sesmaria do capitão-mor João Gonçalves da Costa, que sediava a Fazenda Borda da Mata. Esta mais tarde foi vendida a José de Sá Bittencourt, refugiado na Bahia após o fracasso da Inconfidência Mineira. Em 1789, com sua morte, a fazenda foi dividida entre os herdeiros em vários lotes. Um deles foi chamado Jequié e Barra de Jequié. Em pouco tempo, Jequié tornou-se distrito de Maracás, e dele se desmembrou, tendo como primeiro intendente (prefeito) Urbano Gondim.
A partir de 1910 é que se torna cidade e já se transforma em um dos maiores e mais ricos municípios baianos. Pelo curso navegável do Rio das Contas, pequenas embarcações desciam transportando hortifrutigranjeiros e outros produtos de subsistência. No povoado, os mascates iam de porta em porta vendendo toalhas, rendas, tecidos e outros artigos trazidos de cidades maiores. Tropeiros chegavam igualmente a Jequié carregando seus produtos em lombo de burro. O principal ponto de revenda das mercadorias de canoeiros, mascates e tropeiros deu origem à atual praça Luis Viana, que tem esse nome devido a uma homenagem ao governador que emancipou a cidade.
Ali veio a desenvolver-se a primeira feira livre da cidade que, a partir de 1885, ganhou mais organização com a decisão de José Rotondano, José Niella e Carlos Marotta, comerciantes e líderes da comunidade italiana, de comprarem todo o excedente dos canoeiros e de outros produtores. Depois da enchente de 1914, que destruiu quase tudo em Jequié, a feira, o comércio e a cidade passaram a desenvolver-se em direção às partes mais altas.
Em 1927, festejou a chegada da 'Estrada de Ferro de Nazareth'. Já nesse tempo, Jequié era uma das cidades mais importante do Estado e teve no comerciante Vicente Grillo seu grande benfeitor.
Importante episódio da história estadual foi a decisão inusitada tomada pelo então presidente da Assembléia Legislativa do Estado, Aurélio Rodrigues Viana, que, assumindo o governo em 1911, decretou a mudança da capital do estado, de Salvador para Jequié, ocasionando imediata reação do governo federal, que bombardeou Salvador e forçou a renúncia do político que adotara a medida.
Jamais tendo se constituído de fato, o gesto, entretanto, marcou a história da Bahia, como um dos mais tristes, sobretudo por ter o bombardeio da capital provocado o incêndio da biblioteca pública, onde estava guardada a maior parte dos documentos históricos de Salvador.

Distrito criado com a denominação de Jequié, pela Lei Provincial ou Resolução Provincial n.º 2.078, de 13-08-1880, subordinado ao município de Maracás.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Jequié, pela Lei Estadual n.º 180, de 10-07-1897, desmembrado do município de Maracás. Sede no antigo distrito de Jequié. Constituído do distrito sede.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Jequié, pela Lei Estadual n° 779, de 13-06-1910.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído do distrito sede.
Nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920, o município aparece constituído de 2 distritos: Jequié e Baeta.
Pelo Decreto Estadual n.º 8.143, de 08-09-1932, foram criados os distritos de Aiquara e Itagi e anexados ao município de Jequié.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município aparece constituído de 7 distritos: Jequié, Aiquara, Baixão, Boaçu, Itagi, Rio Branco e Jitaúna.
Pelo Decreto Estadual n.º 11.089, de 30-11-1938, o distrito de Rio Branco tomou a denominação de Itajuru.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 7 distritos: Jequié, Aiquara, Baixão, Boaçu, Itagi, Itajuru (ex-Rio Branco) e Jitaúna.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.
Pela Lei Estadual n.º 628, de 30-12-1953, foram criados os distritos de Itaibó e Oriente Novo e anexado ao município de Jequié.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município é constituído de 9 distritos: Jequié, Aiquara, Baixão, Boaçu, Itagi, Itaibó, Itajuru, Jitaúna e Oriente Novo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual 1.352, de 10-12-1960, desmembra do município de Jequié o distrito de Itagi. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 1.588, de 22-12-1961, desmembra do município de Jequié o distrito de Jitaúna. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 1671, de 12-04-1962, desmembra do município de Jequié o distrito Aiquara. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 6 distritos: Jequié, Baixão, Boaçu, Itaibó, Itajuru e Oriente Novo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2001.
Pela Lei Municipal n.º 1153, de 30-09-1990, é criado o distrito de Florestal (ex-povoado) e anexado ao município de Jequié.
Pela Lei Estadual n.º 4586, de 05-11-1985, é criado o distrito de Monte Branco (ex-povoado) e anexado ao município de Jequié.
Em divisão territorial datada de 2004, o município é constituído de 8 distritos: Jequié, Baixão, Boaçu, Florestal, Itaibó, Itajuru, Monte Branco e Oriente Novo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.