É controvertido o significado do topônimo dado ao rio Paraíba. Para Elias Erckman, Paraíba significa rio mau, porto ruim, ou mar corrompido. Varnhagen também indica a tradução de rio mau e Teodoro Sampaio, a de rio impraticável. Segundo Coriolano de Medeiros, porém, o significado exato seria braço de mar, pois os primeiros geógrafos que estudaram o rio tomaram-no por um braço de mar, sendo provável, assim, que o gentio da terra como tal o tivesse considerado, dando-lhe o nome com a precisão com que batizavam os acidentes do terreno.
Toda a região do São Domingos (primeiro nome dado ao Paraíba) era habitada por índios, estes influenciados pelos traficantes franceses de pau-brasil, interessados em conservá-los hostis a exploradores de outras nacionalidades. Assim é que, em 1574, foram os índios levados a tomar parte no ataque ao engenho de Diogo Dias, em terras da Capitania de Itamaracá no qual se verificou grande morticínio de brancos. Desde essa época, sucederam-se tentativas de colonização, pois o Rei de Portugal temia que os franceses ali se estabelecessem definitivamente. Foram construídos fortes na foz do rio e em terra travaram-se diversas batalhas, de resultados contrários aos portugueses.
Em março de 1585, chegava à Paraíba Martim Leitão, Ouvidor Geral da Bahia, chefiando uma expedição que deveria restaurar os fortins da barra e desalojar os franceses de diversas posições. Em 2 de agosto do mesmo ano, nova tentativa, chefiada pelo Capitão João Tavares, que se aproveitou das desinteligências surgidas entre as duas tribos que habitavam as margens do Paraíba e rios próximos, conseguindo insinuar-se entre os Tabajaras e firmar um pacto de amizade com o seu morubixaba o índio Piragibe. O acordo verificou-se no dia 5, numa colina à direita do rio Sanhauá, pequeno afluente do Paraíba. É nesse local que hoje se situa a cidade de João Pessoa.
Em homenagem ao santo do dia, o lugar tomou o nome de Nossa Senhora das Neves, até hoje padroeira da cidade. Em honra ao rei da Espanha, que dominava Portugal, a cidade recebeu o nome de Felipéia.
Em novembro do mesmo ano, chegavam várias famílias, levadas pelo Ouvidor-Geral Martim Leitão, que providenciou também a construção de fortes, igrejas e casas de moradia.
As lutas com os índios prosseguiram ainda durante anos, ora contra os Tapuias, que viviam no interior, ora contra os Potiguares, que habitavam o norte.
Desenvolveu-se lentamente a cidade, aonde depois veio a radicar-se Duarte Gomes da Silveira, companheiro de Martim Leitão, numa de suas expedições. A fim de estimular o progresso da cidade, instituiu prêmios para recompensar os habitantes que levantassem casas de moradia tendo fundado (a 6 de dezembro de 1639) o Morgado Salvador do Mundo, como patrimônio da Santa Casa de Misericórdia da Paraíba.
A 24 de dezembro de 1634 foi a cidade ocupada pelos holandeses, depois de ataques aos fortins da barra, defendidos pelas tropas aquarteladas em Cabedelo. Contava Felipéia 1.500 habitantes e em suas imediações funcionavam 18 engenhos de açúcar. Com a aproximação das forças batavas, o povo abandonou a cidade, depois de incendiar os prédios mais importantes. Comandados pelo Coronel Segismund Von Schkoppe, 2.500 homens invadiram a cidade, que tomou o nome de Frederikstadt.
O povo paraibano não se sujeitou ao jugo estrangeiro e seu espírito de resistência teve como símbolo a figura de André Vidal de Negreiros, organizador do movimento de reação. E em 1654, vencidos os invasores e obrigados a retirada para o seu país, tomou posse do cargo de governador João Fernandes Vieira.
A capital chamou-se Paraíba do Norte até 4 de setembro de 1930, quando teve seu nome mudado para João Pessoa, em homenagem ao Presidente do Estado, assassinado no Recife, em plena campanha política. Sua morte foi uma das causas imediatas da Revolução de 3 de outubro daquele ano.

Distrito criado com a denominação de Nossa Senhora das Neves, em 1586 por Alvará de 28-09-1813.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Felipea, em 05-08-1585.
Em 24-12-1634 a cidade Filipea passou a denominar-se Frederícia.
Tomou a denominação de Paraíba em 1654.
Em 1768 são criados os distritos de Conde e Pitimbú e anexados ao município de Paraíba.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município aparece constituído de 4 distritos: Paraíba, Conde, Alhandra e Pitimbú.
Pela Lei Estadual n.º 676, de 20-11-1928, o município de Paraíba adquiriu o município de Cabedelo, como distrito.
Pela Lei Estadual n.º 700, de 04-09-1930, o município de Paraíba passou a denominar-se João Pessoa.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 5 distritos: João Pessoa ex-Paraíba, Alhandra, Cabedelo, Conde e Pitimbú.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.164, de 15-11-1938, o município de João Pessoa adquiriu o território do extinto distrito de Taquara do município do Espírito Santo.
Pelo Ato Municipal anterior a 02-03-1938 e pela Lei Estadual n.º 424, de 28-10-1915, é criado o distrito de Tambaú e anexado ao município de João Pessoa.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município aparece constituído de 6 distritos: João Pessoa, Alhandra, Cabedelo, Conde, Pitimbú e Tambaú.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 520, de 31-12-1943, é extinto o distrito de Tambaú, sendo seu território anexado ao distrito sede do município de João Pessoa, como zona urbana. Sob o mesmo decreto o distrito de vila Conde passou a denominar-se Jacoca.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município aparece constituído de 5 distritos: João Pessoa, Alhandra, Cabedelo, Jacoca ex-Conde e Pitimbú.
Pela Lei Estadual n.º 318, de 07-01-1949, o distrito de Jacoca voltou a denominar-se Vila do Conde.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 5 distritos: João Pessoa, Alhandra, Cabedelo, Pitimbú e Vila do Conde ex-Jacoca.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.
Pela Lei Estadual n.º 1.631, de 12-12-1956, desmembra do município de João Pessoa o distrito de Cabedelo. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 2.063, de 24-04-1959, desmembra do município de João Pessoa o distrito de Alhandra. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: João Pessoa, Pitimbú e Vila do Conde.
Pela Lei Estadual n.º 2.638, de 20-12-1961, é criado o distrito de Timbaú e anexado ao município de João Pessoa.
Pela Lei Estadual n.º 2.671, de 22-12-1961, desmembra do município de João Pessoa o distrito de Pitumbú. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 3.107, de 18-11-1963, desmembra do município de João Pessoa o distrito de Vila do Conde. Elevado à categoria de município com a denominação de Conde.
Em divisão territorial datada de 3I-XII-1963, o município é constituído de 2 distritos: João Pessoa e Timbaú.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1968.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.