À margem esquerda do riacho Cerradão, na paragem usada para pouso de boiadas, foi onde tudo começou em 1906. No atual o cruzamento da avenida 9 de Julho com a rua 13 Maio, antiga rua do Comercio, popular e tradicionalmente conhecida por “rua do sapo” – por ser à beira do córrego, era povoada desse anfíbio - foi o lugar escolhido pelo fundador José Crescencio de Souza, para construir as três primeiras casas de pau-a-pique, marco inicial do futuro município.
Em 1908 chegaram os irmãos Manuel, Justino e Carlos Rodrigues de Sant’Anna, que em 1910 resolveram construir um patrimônio, doando treze alqueires de terra à Igreja. A primeira capela foi erguida em 1913 e o pequeno povoado que se formava recebeu o nome de Cerradão. No ano seguinte a vila foi elevada a Distrito de Paz, pela Lei Nº. 1.415 de 7 de julho de 1914.
Grandes mudanças passam a ocorrer a partir de 1918, depois de Antonio Gonçalves da Silva assumir o cargo de escrivão de paz, tornando-se um dos principais batalhadores pela emancipação política do distrito. Desse empenho, por força da Lei Nº. 2.007 de 23 de dezembro de 1924 o distrito de Cerradão é transferido do município de Rio Preto para o de Mirassol, passando a denominar-se José Bonifácio, em homenagem ao Patriarca da Independência do Brasil.
Segue-se então, um período de contínuo progresso. A antiga capela é substituída em 1919 por outra, com a frente voltada para a avenida Campos Sales. - Essa capela, na década de quarenta, é demolida para abrigar a atual igreja, construída sob o auspício do Cônego Maurício Caputo, pelo célebre edificador bonifaciano Manoel da Silva Oliveira, o Mané Pedreiro. Para concluir o templo o Monsenhor Ângelo Angioni faz, nos anos noventa, as ampliações laterais da matriz, em forma de cruz. - Constrói-se uma estrada interligando o distrito desde o Salto do Avanhandava até Rio Preto. Cria-se o Correio Federal, fundam-se as Escolas Reunidas, além de iniciar o arruamento da sede distrital.
Assim, pela Lei Nº. 2.177 de 28 de dezembro de 1926 é criado o Município de José Bonifácio, que é solenemente instalado em 6 de junho de 1927, tendo como primeiro prefeito Carlos Cassetari e primeiro vice-prefeito Saturnino da Silva Queiroz. Sendo também eleitos para Câmara Municipal João Domingues do Amaral, primeiro presidente e Pedro Brandão dos Reis, primeiro vice-presidente.
Por fim, a Comarca de José Bonifácio foi criada em 30 de novembro de 1938, pelo Decreto Nº. 9.775, desvinculando-se da Comarca de Rio Preto. Sendo o Dr. Euclides Custódio da Silva o primeiro juiz de direito e, o Dr. Joaquim Bandeira de Melo primeiro promotor público da Comarca de José Bonifácio.

Distrito criado com a denominação de Cerradão, pela Lei Estadual nº 1.415, de 07-07-1914, subordinado ao município de São José do Rio Preto.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920, o distrito de Cerradão figura no município de São José do Rio Preto.
Pela Lei Estadual n.º 1.982, de 22-10-1924 o distrito Cerradão tomou o nome de José Bonifácio.
Pela Lei n.º 2.007, de 23-12-1924, o distrito de José Bonifácio foi transferido do município de São José do Rio Preto para Mirassol.
Elevado à categoria de município com a denominação de José Bonifácio, pela Lei Estadual n.º 2.177, de 28-12-1926, desmembrado do município de Mirassol. Sede no atual distrito de José Bonifácio (ex-Cerradão). Constituído de 2 distritos: Mirassol e Ubarana. Instalado em 06-06-1927.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 2 distritos: José Bonifácio e Ubarana.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1955.
Pela Lei Estadual n.º 5.285, de 18-02-959, é criado o distrito de Salto do Avanhandava e anexado ao município de José Bonifácio.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído de 3 distritos: José Bonifácio, Salto do Avanhandava e Ubarana.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Pela Lei Estadual n.º 7.644, de 30-12-1991, é desmembrado do município de José Bonifácio o distrito de Ubarana. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2020.