No ano de 1596, o território era percorrido pelo bandeirante Belchior Dias Moréa, encontrando sob as frondosas árvores do Juazeiro, os mascates e tropeiros que descansavam e ouviam as histórias dos índios Tamoqueus, Guaisquais, Galache e outras tribos da nação Cariri, primeiros habitantes dessas paragens.
A pequena aglomeração iniciada como “Passagem do Juazeiro” povoava-se de casas de taipa e taperas, tendo suas terras incluídas nos domínios da casa da torre dos Garcias D’Ávilas, propiciando as condições de nascimento do primeiro povoado que deu origem à cidade, ainda no século XX.
Empenhados na catequese, chegaram em 1706 os Franciscanos, aldeando os índios Tamoquins, instalando assim a missão franciscana. Nessa consolidação, foi edificada uma capela e o convento onde hoje se situa a rua 15 de novembro, no centro da cidade.
Um índio vaqueiro à procura de tresmalhada, encontra nas grotas do rio (imediações da vila Amália) uma imagem de Nossa Senhora, talhada em madeira e a conduz à presença dos capuchinhos franciscanos. Colocada em nicho na primeira igreja construída em 1710, local da atual catedral de Nossa Senhora das Grotas, padroeira de Juazeiro (BA), o fato foi logo aceito como um milagre e motivo para as crentes romarias.
A missão de Juazeiro foi elevada à categoria de julgado, sob a jurisdição da Comarca de Jacobina no ano de 1766, quando já contava com 156 casas. Em 09 de maio de 1833, o povoado passou a vila, desmembrando-se do município de Sento-Sé.
Sua primeira Câmara Municipal foi instalada a 11 de junho de 1834, sendo o seu primeiro presidente Francisco de Paula Pita.
Durante 45 anos, Juazeiro viveu sua existência de vila com escola primária, agências de correios, coletoria, assistiu à descida do Vapor Saldanha Marinho (1871) pelas águas do São Francisco e vibrou com a promulgação da Lei que autorizava a construção da estrada de ferro do São Francisco.
Em 15 de julho de 1878, a vila de Juazeiro foi elevada à categoria de cidade por força de Lei n.º 1.814 e daí por diante o presidente da Câmara, Francisco Martins Duarte, assumiu função executiva como o primeiro prefeito de Juazeiro (BA).
Indicativos não faltam da grandeza dos fatores históricos, geográficos e econômicos que dimensionam em visão de futuro, o potencial e a perspectiva desenvolvimentista de Juazeiro: “Oásis do Sertão, “Califórnia Brasileira”, “Eldorado da Fruticultura Irrigada”, Capital da Irrigação”.

A comarca de Juazeiro foi criada pela Lei n.° 650, de 14 de dezembro de 1857. O Decreto Estadual n.° 175, de 2 de julho de 1949, elevou-a a terceira entrância.
Segundo o quadro administrativo do país, vigente em 1.° de julho de 1957, Juazeiro é constituído dos distritos de Juazeiro, Carnaíba do Sertão, Itamotinga, Junco, Juremal e Massaroca.
Distrito criado com a denominação de Juazeiro, pela Lei Provincial n.º 114, de 26-03-1840.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Juazeiro, entre os anos de 1766 e 1768 ou em 09-05-1833.
Pela Lei Provincial n.º 470, de 25-04-1853, foram criados os distritos de Caraibinhas, Curaçá Pequeno e Salitre e anexados ao município de Juazeiro.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Juazeiro, pela Lei Provincial n.º 1814, de 15-07-1878.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 4 distritos: Juazeiro, Caraibinha, Curaçá Pequeno e Salitre.
Pela Lei Municipal n.º 67, de 31-08-1920, aprovada pela Lei Estadual n.º 1717, de 31-07-1924 o distrito de Curaçá Pequeno tomou o nome de Pedra Branca.
Pela Lei Municipal n.º 9, de 31-08-1920, aprovada pela Lei Estadual n.º 1717, de 31-07-1924, é criado o distrito de Junco (ex-localidade de Arraial de Campo dos Cavalos). Mudou-se o nome do distrito de Curaçá Pequeno para Pedra Branca.
Nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920, o município aparece constituído de 6 distritos: Juazeiro, Caraibinha, Junco, Pedra Branca (ex-Curaçá Pequeno), Rancharia e Salitre.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 4 distritos: Juazeiro, Caraibinha, Junco e Pedra Branca.
Em divisões territoriais datadas de 3-1-XII-1936 e 31-XII-1937, o município aparece constituído de 5 distritos: Juazeiro, Caraibinha, Junco, Massaroca e Pedra Branca.
Pelo Decreto Estadual n.º 11.089, de 30-11-1938, o distrito de Caraibinhas tomou a denominação de Jurema.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 5 distritos: Juazeiro, Itamotinga, Junco, Jurema e Massaroca.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 31-12-1943, retificado pelo Decreto Estadual n.º 12.978, de 01-06-1944, o distrito de Jurema tomou a denominação de Juremal.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.
Pela Lei Estadual n.º 628, 30-12-1953, é criado o distrito de Carnaíba do Sertão (ex-povoado de Carnaiba) e anexado ao município de Juazeiro.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 6 distritos: Juazeiro, Carnaíba do Sertão, Itamotinga, Junco, Juremal e Massaroca.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.
Pela Lei Estadual n.º 4.038, de 14-05-1982, é criado o distrito de Abóbora (ex-povoado) e anexado ao município de Juazeiro.
Pela Lei Estadual n.º 4.046, de 14-05-1982, é criado o distrito de Pinhões (ex-povoado) e anexado ao município de Juazeiro.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 8 distritos: Juazeiro, Abóbora, Carnaíba do Sertão, Itamotinga, Junco, Juremal, Massaroca e Pinhões.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.