A região onde hoje se encontra o município foi habitada originalmente por índios Caingangues, Guaranis e Coroados. Estas etnias desapareceram logo após o início do processo de colonização, delas restando apenas uns poucos objetos líticos e pedaços de cerâmica em algumas coleções.
A população indígena era ainda numerosa quando Salvador Castilho e seus ajudantes chegaram, em 1917, instalando, no ano seguinte, o primeiro núcleo de brancos nas margens do Ribeirão Noite Negra. Já em 1919, foi construída uma estrada dando acesso ao local e instalado um cartório, que fomentou o início da regularização fundiária.
João Francisco da Veiga doou, em 1936, uma área para a construção da igreja matriz e abrigar as novas famílias que chegavam ao vilarejo, vindas principalmente do interior de São Paulo e Minas Gerais. Dois anos depois, a pequena Vila de São Francisco se torna distrito, passando a se chamar Jundiahy e vindo a figurar nos mapas oficiais do estado.
A abundância de madeira passou a atrair a região empresários do setor, que, em pouco tempo, transformaram Jundiaí do Sul no maior pólo madeireiro da região. A década de 50 iniciou com a indústria madeireira em seu apogeu. Três grandes serrarias e outras quatro menores, oficinas de marcenaria, e ainda uma fábrica de tacos e assoalhos geravam mais de uma centena de empregos diretos.
Com o recuo da floresta e o consequente avanço da agricultura; o café, o algodão e os cereais passaram a impulsionar a economia local. A cidade viveu então seus anos de prosperidade, cercada de fazendas com colônias cheias, grandes armazéns e um comércio plenamente ativo, no qual a comunidade libanesa teve papel de destaque. O assassinato do líder comunitário Nicolau Chamma e as grandes geadas de 1953 e 1955, com consequências nefastas para a economia brasileira, foram os únicos infortúnios que abalaram essa era de progresso.
Após o maior incêndio do Paraná, que atingiu o norte do estado, inicia-se então o período de decadência da região. A falta de política de apoio ao pequeno produtor e a introdução da pecuária de corte em grande escala, absorvendo os minifúndios e reduzindo a oferta de empregos, provocou o êxodo rural e o fechamento de várias firmas.
Uma eficiente parceria com a polícia florestal, sediada em Jacarezinho, resultou num grande número de autuações que repercutiram imediatamente entre a população. Também se iniciou aí a gradual substituição do uso de essências nativas pelo eucalipto. Tais exemplos foram adotados posteriormente por outros fazendeiros, na tentativa de minimizar os estragos realizados nos anos anteriores.
No ano de 1975, a “geada da neve” representou um duro golpe na cafeicultura e provocou o estabelecimento definitivo da pecuária de corte na maioria das propriedades rurais do município.

Distrito criado com a denominação de Jundiaí, pela Lei Estadual n.º 137, de 19-01-1937, subordinado ao município de Santo Antônio da Platina.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1937, o distrito de Jundiaí figura no município de Santo Antônio da Platina.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 199, de 30-12-1943, o distrito de Jundiaí passou a denominar-se Cinzas.
Elevado à categoria de município com a denominação de Cinzas, pela Lei Estadual n.º 2, de 10-10-1947, desmembrado de Santo Antônio da Platina. Sede no antigo distrito de Cinzas. Constituído do distrito sede. Instalado em 05-12-1947.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído do distrito sede. Pela Lei Estadual n.º 790, de 14-11-1951, o município de Cinzas passou a denominar-se Rio Cinzas.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município já denominado Rio Cinzas é constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 2.618, de 07-03-1956, o município de Rio Cinzas passou a denominar-se Jundiaí do Sul.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.