A região de Jundiaí era habitada por povos indígenas até o final do século 17. Eles se dedicavam à produção de milho e mandioca.
Os primeiros colonizadores chegaram à região em 1615. Apesar das controvérsias dos historiadores, a versão mais aceita sobre a fundação do município remete à vinda de Rafael de Oliveira e Petronilha Rodrigues Antunes que, por motivações políticas, fugiram de São Paulo e refugiaram-se nos arredores, fundando a Freguesia de Nossa Senhora do Desterro, posteriormente elevada à categoria de Vila em 14 de Dezembro de 1655. Os novos colonizadores afugentaram os grupos indígenas, que se embrenharam na mata. A origem de Jundiaí está ligada diretamente ao movimento bandeirante, principal responsável pela ocupação da antiga Capitania de São Vicente.
Ao longo dos séculos 17, 18 e início do 19, a economia da cidade se limitava a pequenas lavouras de subsistência, que abasteciam moradores da vila, tropeiros e bandeirantes. Na época, a região era formada por várias sesmarias pertencentes à Capitania de São Vicente, conhecida como 'Portão do Sertão'. Era o caminho de muitas entradas e bandeiras. Durante longo período, a escravidão indígena foi a base da mão-de-obra local, embora essa prática fosse proibida por lei.
A partir da segunda metade do século 19 a produção cafeeira ganhou força para o oeste e isso promoveu o crescimento da cidade. Jun com o café vieram a ferrovia e as indústrias. A Ferrovia Santos-Jundiaí foi inaugurada em 1867, época em que se observava a crise do escravismo e a consequente alta do preço do escravo. Neste contexto, os grandes produtores rurais passaram a buscar novos trabalhadores e teve início o amplo processo de imigração, com a participação direta do Governo Federal. Os primeiros foram os italianos, que se instalaram preferencialmente na região da Colônia, no Núcleo Barão de Jundiaí, implementado pelo então presidente da Província de São Paulo, Dr. Antônio de Queiroz Telles (Conde de Parnaíba), filho do Barão de Jundiaí. Depois, outros europeus foram instalados no comércio e na lavoura e alguns passaram rapidamente de colonos a proprietários, incrementando a atividade agrícola. A imigração estimulou o crescimento comercial e industrial e, ainda, do segmento de serviços e infra-estrutura urbana.
Enquanto isso, Jundiaí ia se destacava como uma cidade estratégica no setor ferroviário, com a instalação da Ferrovia Santos-Jundiaí (em 1867), a Cia. Paulista de Estradas de Ferro (em 1872), da Cia. Ituana (em 1873), da Cia. Itatibense (em 1890) e a Cia. Bragantina (em 1891).
O nome Jundiaí tem origem tupi e vem da palavra 'jundiá', que significa 'bagre' e 'y' significa 'rio'. Alguns estudiosos também consideram o termo 'yundiaí' como 'alagadiços de muita folhagem e galhos secos'.

Distrito criado com a denominação de Jundiahy, em 1651.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Jundiahy, pela Provisão de 14-12-1655.
Elevado à condição de cidade e sede do município com a denominação de Jundiahy, pela Lei Provincial n.º 24, de 28-03-1865.
Pela Lei Estadual n.º 1.138, de 31-10-1908, é criado o distrito de Rocinha e anexado ao município de Jundiaí.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município de já aparece grafado Jundiaí é constituído de 2 distritos: Jundiaí (Jundiahy) e Rocinha.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pela Lei Estadual no 233, de 24-12-1948, é desmembrado do município de Jundiaí o distrito de Rocinha. Elevado à categoria de município com a denominação de Vinhedo.
Em divisão territorial datada de I-VII-1950, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei n.º 2.456, de 30-12-1953, foram criados os distritos Campo Limpo e Itupeva e anexados ao município de Jundiaí.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950 o município é constituído de 3 distritos: Jundiaí, Campo Limpo, Itupeva.
Pela Lei Estadual n.º 5.285, de 18-02-1959, é criado o distrito de Secundino Veiga e anexado ao município de Jundiaí.
Em divisão territorial datada de I-VII-1960, o município é constituído de 4 distritos:
Jundiaí, Campo Limpo, Itupeva e Várzea Paulista.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1963.
Pela Lei Estadual n.º 8.092, de 28-02-1964, são desmembrados do município de Jundiaí os distritos de Itupeva, Campo Limpo e Várzea Paulista (ex-Secundino Veiga), elevando-os à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.