A região foi primitivamente habitada pelos índios massacarás. Seu povoamento teve início no final do século XIX, por aventureiros, que ali se estabeleceram e desenvolveram a agropecuária.
A fertilidade do solo atraiu novos colonos, que também ali se fixaram, formando então o povoado de Chapada.
O topônimo foi alterado para Jussara em 1962, em homenagem ao ex-presidente Juscelino Kubitschek e à sua esposa Sarah Kubitschek

Elevado à categoria de município e distrito com a denominação de Jussara, pela Lei Estadual n.º 1.760, de 27-07-1962, sendo desmembrado de Central e tendo como sede o atual distrito de Jussara. Constituído de 2 distritos: Jussara e Recife e enstalado em 07-04-1963.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 2 distritos: Jussara e Recife. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1999.
É criado o distrito de Queimada Nova e anexado ao município de Jussara.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 3 distritos: Jussara, Queimada Nova e Recife. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.