O município de Jussara surgiu em 1945 e foi fundada por Estevam Fernandes Rebouças, Limírio Neves da Mota, Dionísio Candido da Silva e Antônio Alves de Brito que vieram em busca de terras férteis. Em 1943, chegaram às margens do Rio Água Limpa, do então município de Cidade de Goiás, onde formaram um pequeno povoado, dando origem à Colônia Agrícola do Água Limpa.
A fertilidade do solo e as características climáticas da região favoreceram o surgimento de grandes fazendas agropecuárias, causando a expansão do povoado, motivo que fez com que a câmara municipal de Goiás elevar a Colônia do Água Limpa a distrito.
Em 1950, o local ganhou o nome de Jussara, em homenagem à Jussara Márquez, primeira goiana eleita Miss Brasil.
No dia 12 de novembro de 1953, o povoado foi elevado à condição de distrito. Nesse período, as boas notícias sobre a promissora Jussara começaram a ecoar pelos rincões brasileiros, atraindo migrantes de boa parte do país. Um deles foi Samuel Fleury de Passos, recém-formado pela Faculdade de Farmácia e Odontologia do Estado de Goiás, que chegou ao distrito em 1º de junho de 1958, procedente da Cidade de Goiás. “Tinho”, como ficou conhecido, montou a Farmácia Jussara.

Distrito criado com a denominação de Jussara (ex-povoado de Colônia do Água Limpa), criado com terras desmembradas do distrito de Aruanã, pela Lei Municipal n.º 138, de 12-09-1953, subordinado ao município de Goiás.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o distrito de Jussara, figura no município de Goiás.
Elevado à categoria de município com a denominação de Jussara, pela Lei Estadual n.º 2.116, de 14-11-1958, desmembrado de Goiás. Sede no atual distrito de Jussara. Constituído de 4 distritos: Jussara, Juscelândia, Santa Fé e São Sebastião do Rio Claro, todos desmembrados de Goiás. Instalado em 01-01-1959.
Pela Lei Municipal n.º 272, de 21-12-1958, é criado o distrito de Britãnia (ex-povoado) e anexado ao município de Jussara.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 5 distritos: Jussara, Britânia, Juscelândia, Santa Fé e São Sebastião do Rio Claro.
Pela Lei Municipal n.º 6, de 30-10-1963, é criado o distrito de Canadá e anexado ao município de Jussara.
Pela Lei Estadual n.º 4.806, de 08-11-1963, é desmembrado do município de Jussara, o distrito de Britânia. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 5 distritos: Jussara, Canadá, Juscelândia, Santa Fé e São Sebastião do Rio Claro.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1983.
Pela Lei Estadual n.º 10.417, de 01-01-1988, é desmembrado do município de Jussara o distrito de Santa Fé. Elevado à categoria de município com a denominação de Santa Fé de Goiás.
Em divisão territorial datada de 2003, o município é constituído de 4 distritos: Jussara, Canadá, Juscelândia e São Sebastião do Rio Claro.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2018.