A história de Laguna começou há seis mil anos com os primeiros registros de comunidades pré-históricas, os sambaquis. Eram hábeis pescadores e mergulhadores de águas profundas, navegavam de canoa e chegavam a capturar golfinhos e arraias. Gerações de famílias viveram nos sambaquis, que em tupi guarani quer dizer amontoado de conchas.
O povo dos sambaquis, de acordo com estudos, teve contato com os xoklengs e carijós vindos do oeste e absorveu a cultura de outras tribos. Os índios se adaptaram a região devido à proximidade com a lagoa, uma fonte de alimentos.
Laguna nasceu em terras de disputa colonial. Durante os séculos XVII e XVIII, entre as metrópoles portuguesa e espanhola resultaram no Tratado de Tordesilhas (1494). Desse conflito entre metrópoles, uma extensa colônia passava a se formar.
De 1500 a 1700, mas de 100 mil portugueses se deslocaram para o Brasil-Colônia. Portugal temia invasões espanholas no Sul do Brasil, principalmente, em Santa Catarina e Rio Grande do Sul, áreas estratégicas para se chegar ao Rio da Prata.
O litoral permitia o abastecimento de água e alimentos às embarcações. Na disputa, a necessidade de alargar as fronteiras da colônia Brasil. Contudo, somente no século XIX, foram dados os primeiros passos para uma ocupação mais efetiva do território, com políticas de povoamento para o Sul.
Foi no ano de 1676, em 29 de julho, que o bandeirante vicentista Domingos de Brito Peixoto chegou em Laguna. Por ser devoto ao Santo Antônio, o bandeirante batizou o lugar como Santo Antônio dos Anjos de Laguna. A primeira providencia foi a construção de uma capelinha, construída de pau a pique, mesmo local da atual. Poucos moradores fixaram residências na localidade neste período.
egundo o historiador Antônio Carlos Marega, Laguna foi colonizada em duas etapas: a primeira, no século XVIII, meados de 1740, desbravou a região costeira da Lagoa Santo Antônio dos Anjos, região que vai do Bananal até a Madre, passando por Ribeirão Pequeno. Esses primeiros colonizadores, conhecidos como portugueses dos açores, procuraram habitar o local em busca da pesca e do solo produtivo.
Já na segunda etapa da colonização, na primeira metade do século XIX, com o crescimento do porto, os chamados Portugueses do Continente, trouxeram o desenvolvimento econômico para a cidade. 'Foram eles que injetaram dinheiro no local, formando a cadeia genealógica (famílias tradicionais) e a cultura lagunense', acrescenta o historiador.

Freguesia criada com a denominação de Santo Antônio dos Anjos da Laguna pela Carta Régia de 11-11-1797.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Santo Antônio dos Anjos da Laguna, em 1714. Confirmado pela Provisão de 20-01-1720.
Elevado à condição de cidade, com denominação de Laguna, por Lei Provincial n.º 239, de 15-04-1847.
Pelas Leis Provinciais n.º 437, de 15-05-1857, e n.º 759, de 14-05-1875, é criado o distrito de Pescaria Brava e anexado ao município de Laguna.
Em 1811, é criado o distrito de Vila Nova de Santana e anexado ao município de Laguna.
Pela Lei Provincial n.º 413, de 28-04-1856, é criado o distrito de Mirim e anexado ao município de Laguna.
Pela Lei Municipal n.º 235, de 09-03-1911, é criado o distrito de São Brás e anexado ao município de Laguna.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 5 distritos: Laguna, Pescaria Brava, Vila Nova de Santana, Mirim e São Brás.
Pela Lei Municipal n.º 7, de 07-01-1927, o distrito de Vila Nova de Santana passou a denominar-se Imbituba.
Pelo Decreto Estadual n.º 25, de 11-12-1930, o distrito de Imbituba passou a denominar-se Vila Nova.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o município é constituído de 5 distritos: Laguna, Mirim, Pescaria Brava, São Brás e Vila Nova.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 238, de 01-12-1938, o distrito de Vila Nova passou a denominar-se Imbituba.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943 o município é constituído de 5 distritos: Laguna, Imbituba, Mirim, Pescaria Brava e São Brás.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 941, de 31-12-1943, o distrito de São Brás passou a denominar-se Ribeirão Pequeno.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948, o município é constituído de 5 distritos: Laguna, Imbituba, Mirim, Pescaria Brava e Ribeirão Pequeno.
Pela Lei Estadual n.º 328, de 09-11-1949, o distrito de Imbituba passou denominar-se Henrique Laje.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955, o município de Laguna é constituído de 5 distritos: Laguna, Henrique Lajes, Mirim, Pescaria Brava e Ribeirão Pequeno.
A Lei Estadual n.º 348, de 26-06-1958, desmembra os distritos de Henrique Lajes e Mirim para formarem o novo município de Henrique Lajes.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído de 3 distritos: Laguna, Pescaria Brava e Ribeirão Pequeno.
Em divisão territorial datada de 2014 o município é constituído de 2 distritos: Laguna e Ribeirão Pequeno.