As terras onde do atual município de Lapão, bem como de diversos outros da região, foram comercializadas, pela primeira vez, no ano de 1807. Na época, os herdeiros de Antonio Guedes de Brito retiraram do imenso latifúndio herdado uma porção de terras denominada Barra de São Rafael e venderam para Joaquim Alves Ferreira, Joaquim Gomes Pereira e Domiciano Barbosa Pereira.
Anos depois, a descoberta de ouro nas serras do Assuruá, atual município de Gentio do Ouro, no ano de 1836, atraiu centenas de garimpeiros e acelerou o processo de ocupação de terras. Assim, em 1840, o garimpeiro e fazendeiro João José da Silva Dourado comprou um latifúndio chamado Lagoa Grande retirado da Barra de São Rafael. Em 1870, seus herdeiros vieram de Brotas de Macaúbas para o lugar chamado Mundo Novo, atual América Dourada.
Por volta de 1895, Herculano Galvão Dourado, um dos herdeiros de João José, juntou-se com alguns familiares e ex-escravos, entre os quais Fernando Oliveira e sua esposa Sebastiana e se aventurou pela caatinga, em busca de um bom lugar para construir um povoado.
Herculano e os demais ocuparam uma área de terras chamada Fazenda Boi, dentro do atual município de Lapão. Este queria construir um povoado e para isso não se importava em repartir sua terra, dando um pedaço para quem quisesse construir uma casa, botar uma roça ou um criatório de gado. Pediu aos moradores de América Dourada que avisassem a todos os fazendeiros que moravam em outras regiões e que tinham gado que ele, Herculano, queria fundar um povoado. Estava dando terras para quem quisesse nas proximidades de um rio subterrâneo que ficava embaixo do Lapão.
Com o passar do tempo, a fonte do Lapão começou a atrair dezenas de pessoas. Elas iam se aglomerando no lugar que ainda não tinha capela, nem cemitério, nem higiene, nem estradas. Havia apenas picada ou carreiros por onde transitavam as boiadas, jumentos, cavalos e pessoas, embaixo de uma grande poeira avermelhada.
O gesto benemérito de Herculano, que tinha visão futurista, possibilitou o surgimento e desenvolvimento do núcleo habitacional chamado Lapão.

Distrito criado com a denominação de Lapão (ex-povoado), pela Lei Estadual n.º 628, de 30-12-1953, subordinado ao município de Irecê.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, distrito de Lapão, figura no município de Irecê.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.
Elevado à categoria de município com a denominação de Lapão, pela Lei Estadual n.º 4.445, de 09-05-1985, desmembrado do município de Irecê. Sede no antigo distrito de Lapão. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1986.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.