No século XIX, não podendo ser precisada a data, o desbravador e aventureiro Francisco Alves Pereira, subindo o Rio Tietê, encontrou a desembocadura de um rio, e entrando por ele, localizou esta região, denominando-a de Lençóis, em virtude do vasto lençol de espuma branca que encontrara nas pequenas cachoeiras.
Naquela época era parte integrante do território de Botucatu e, pelo seu rápido desenvolvimento, foi elevado à categoria de freguesia, em 1958, sob a jurisdição da Comarca de ltapetininga até o ano de 1866.
Foi elevado à categoria de município em 1865. Pertenceu à Comarca de Botucatu de 1866 até 1877.

Distrito criado com a denominação de Lençóis pela Lei Provincial n.º 36, de 28-04-1858, subordinado ao município de Botucatu.
Elevado à categoria de vila, com a denominação de Lençóis, pela Lei Provincial n.º 90, de 25-04-1865, sendo desmembrado de Botucatu. Constituído do distrito sede.
Elevado à categoria de cidade e sede do município, com a denominação de Lençóis, pela Lei Municipal de 31-12-1895.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído do distrito Sede.
Pelo Decreto-Lei n.º 1.897, de 22-12-1922, é criado o distrito de Boreri e anexado ao município de Lençóis.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o município é constituído de 2 distritos: Lençóis e Borebi.
Pelo Decreto n.º 6.753, de 06-10-1934, é criado o distrito de Alfredo Guedes e anexado ao município de Lençóis.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1956 e 31-XII-1937 o município é constituído de 3 distritos: Lençóis, Alfredo Guedes e Borebi.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, o município de Lençóis tomou o nome de Ubirama.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948, o município é constituído de Ubirama.
Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, o município de Ubirama passou a denominar-se Lençóis Paulista.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: Lençóis Paulista, Alfredo Guedes e Borebi.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
A Lei Estadual n.º 6.445, de 09-01-1990, desmembra do município de Lençóis Paulista o distrito de Borebi.
Em divisão territorial datada de 1995 o município é constituído de 2 distritos: Lençóis Paulista e Alfredo Guedes. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.