As origens de Limeira remontam à abertura do caminho para Goiás que foi aberto pela primeira vez em 1682 por Bartolomeu Bueno da Silva -o Anhangüera- e reaberto em 1.722 por seu filho e que ia de São Paulo às minas de Goiás. Como não haviam estradas e as tropas se locomoviam a pé ou usando burros e mulas, um problema sério era a alimentação que em parte era fornecida pela própria mata, como caça e algumas frutas, mas para sanar essa questão geralmente um pequeno grupo partia antes, levando ramas de mandioca e grãos de milho, alimentos nativos já cultivados há séculos pelos índios, abriam uma clareira na mata em algumas paragens e plantavam uma pequena roça que forneceria o alimento para quando o grupo maior ali chegasse.
Esses locais de roça, ao longo deste caminho, foram chamados de ranchos ou pousos. Um desses pousos era o “Rancho do Morro Azul”, no sertão do Tathuiby, junto ao Ribeirão Tatu,que era um local perfeito para isso por possuir terras férteis ao seu redor e água, além de servir também de ponto de referência pois era avistado de grandes distâncias. Essas terras já eram conhecidas de tribos indígenas e de grupos caboclos que a exploravam cultivando pequenas roças, não permanecendo no mesmo local por um período maior que 6 ou 7 anos.
Essa população cabocla era fruto da mistura de homens que haviam adentrado o sertão e acabaram vivendo junto aos indígenas, tendo filhos e formando pequenos grupos. Alguns deles haviam partido para o interior em busca de riquezas e escravos indígenas sem a permissão da Coroa e acabaram ficando; outros, como em casos registrados em Itu, haviam sido condenados por crimes e sua pena era “serem soltos na cabeceira do Rio Piracicaba e entrarem na mata”. Provavelmente os juízes acreditavam que esses homens não iriam sobreviver,porém muitos o fizeram.
Em fins do século 18 e início do século 19, as terras do Tathuiby foram sendo ocupadas por posseiros vindos de povoados da região, que diferentemente dos caboclos e indígenas, tinham a idéia de se fixarem nesse local. Nessa mesma época o governo passa a doar sesmarias e com a vinda dos agora “donos legais” das terras, muitos desses grupos acabaram sendo empurrados mais para o interior, após Rio Claro , onde era o limite entre o “civilizado” e o “selvagem”.
As sesmarias acabaram sendo divididas e dando origem a várias fazendas e os primeiros fazendeiros, Capitão Luis Manoel da Cunha Bastos, Bento Manoel de Barros, José Ferraz de Campos, Nicolau de Campos Vergueiro e Manoel Rodrigues Jordão, entre outros, começaram já ao redor de 1815 a plantar cana-de-açúcar para comercialização que precisava ser escoada, portanto, em 1.823 o governo provincial autorizou a abertura de uma estrada ligando o Morro Azul a Campinas. Junto à estrada foram sendo construídas estalagens para os tropeiros, casas e vendas e com a construção das pontes, em 1.826 ela foi aberta, o Capitão Luiz Manoel da Cunha Bastos doou 112,5 alqueires para que fosse formado um povoado e que fosse construída alí uma capela para que seus moradores pudessem se reunir, rezar e ouvirem missa. A capela então marca o ano de fundação da cidade.
Quanto à origem do nome Limeira, não se pode precisar com certeza. Mas nas correspondências da época o que se percebe é que os nomes de Tathuiby e Limeira eram ambos usados para se referir à povoação. As laranjas, limões e limas foram introduzidas em São Paulo pelos portugueses já em 1540, sendo que documentos e livros que retratam o Brasil do início da colonização citam a excelente adaptação climática das árvores cítricas na costa brasileira. Na primeira metade do século XIX o Brasil foi alvo de grande interesse dos pesquisadores europeus, surgindo na época muitos estudos e livros sobre a flora brasileira. Não foram poucos os viajantes que mencionaram a existência de laranjeiras selvagens no interior do Brasil, levando muitos a acreditar que a laranja era uma fruta nativa. Portanto, é possível dizer que na região do Morro Azul haviam árvores cítricas cujas sementes haviam sido transportadas pelo homem ou por pássaros e outros animais e dado origem à um ou mais pés de lima, que por serem frutas conhecidas dos europeus há muitos séculos chamaram a atenção o suficiente a ponto de serem usadas para dar nome ao local.

Distrito criado com a denominação de Nossa Senhora das Dores de Tatuibi, pelo Decreto de 09-12-1830, subordinado ao município de Piracicaba.
Elevado à categoria de município com a denominação de Nossa Senhora das Dores de Tatuibi, pela Lei Provincial n.º 25, de 08-03-1842, desmembrado do município de Piracicaba. Constituído do distrito sede. Instalado em 22-07-1844.
Elevado à condição e sede do município com a denominação de Limeira, pela Lei Provincial n.º 13, de 18-04-1863.
Pela Lei n.º 645, de 07-08-1899, é criado o distrito de Cordeiro e anexado ao município de Limeira.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 2 distritos: Limeira (ex-Nossa Senhora das Dores de Tatuibi) e Cordeiros.
Assim permanecendo nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920.
Pela Lei n.º 1.931, de 29-10-1923, é criado o distrito de Iracemópolis e anexado ao município de Limeira.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 3 distritos: Limeira, Cordeiros e Iracemápolis.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-944, o distrito de Cordeiro passou a denominar-se Cordeirópolis. O mesmo decreto-lei cria o distrito de Tatu anexando-o ao município de Limeira.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 4 distritos: Limeira, Cordeiros, Iracemápolis e Tatu.
Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, é desmembrado do município de Limeira o distrito de Cordeirópolis (ex-Cordeiros). Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 3 distritos: Limeira, Iracemápolis e Tatu.
Pela Lei Estadual n.º 2.456, de 30-12-1953, é desmembrado do município de Limeira o distrito de Iracemápolis. A Lei Estadual acima citada extingui o distrito de Tatu, sendo seu território anexado ao distrito sede do município de Limeira.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.