A vigilância ao tráfico de ouro através do rio Doce deu origem ao povoado de Coutins, onde, em 1800, foi implantado o quartel militar que fazia a proteção da navegação do rio Doce. Os índios do grupo Botocudos, primeiros donos da terra, resistiam a qualquer colonização branca na área e assim o fizeram até que armas superiores às suas os dizimaram totalmente.
Naquela época toda área da região era coberta pela Mata Atlântica que, aos poucos, e no decorrer de um século, foi devastada dando lugar a povoamentos, pastoreio e agricultura.
O primeiro povoado foi inteiramente destruído por ataques dos índios botocudos. Em 1809, outro povoado foi levantado no mesmo lugar, recebendo o nome de Linhares, em homenagem a Dom Rodrigo de Souza Coutinho, o conde de Linhares. O povoado ficava situado num platô em forma de meia-lua, às margens do Rio Doce. No leste e no oeste do povoado ficavam situados dois quartéis militares para avisar a população de prováveis ataques dos indígenas.
Em 1819 é feita, por ordem de Francisco Alberto Rubim, uma 'vista e perspectiva do povoado de Linhares', e nela vê-se também a primeira Igreja, construída sob o patrocínio de Rubim. O povoado foi construído em volta de uma praça quadrada (atual Praça 22 de Agosto), que guarda até hoje seu traçado original.
Em abril de 1833, o povoado é elevado à condição de vila.
No final do século XIX, a vila de Linhares entra em decadência e o povoado de Colatina, que pertencia ao município de Linhares, conhece rápido crescimento graças à colonização italiana, com o plantio de café e a inauguração dos trilhos da Estrada de Ferro Vitória - Minas. Assim, por Decreto de 1921, foi criado o município de Colatina, englobando a vila e o antigo município de Linhares.
Em 1930, começam a chegar em Linhares os trabalhos de abertura de uma estrada, ligando-a ao sul para Vitória e ao norte para São Mateus. Este fato transformou a situação de Linhares que, em 1943, foi restabelecida a município.

Freguesia criada, com a denominação de Linhares, por Decreto de 26-08-1818.
Elevada à categoria de vila, com a denominação de Linhares, pela Resolução do Conselho do Governo de 02-04-1833. Com sede na povoação de Linhares. Constituído de distrito sede. Instalado em 21-08-1833.
Pela Lei Municipal de 26-12-1895, é criado o distrito de Mutum e anexado à vila de Linhares.
Pela Lei Municipal de 27-01-1905, é criado o distrito de Acioli de Vasconcelos e anexado à vila de Linhares.
Pela Lei Estadual n.º 488, de 22-11-1907, é criado o distrito de Colatina e anexado ao município de Linhares.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município de Linhares aparece constituído de 6 distritos: Linhares, Acioli de Vasconcelos, Regência, Colatina, Mascarenhas e Mutum.
Pela Lei Estadual n.º 1.045, de 09-12-1915, é criado o distrito de Baixo Guandu e anexado à vila de Linhares.
Pela Lei Estadual n.º 1.093, de 05-01-1917, é criado o distrito de Baunilha e anexado à vila de Linhares.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de I-IX-1920, o município de Linhares é constituído de 8 distritos: Linhares, Acioli de Vasconcelos, Regência, Baixo Guandu, Baunilha, Colatina, Masacarenhas, Mutum e Regência.
Pela Lei Estadual n.º 1.307, de 30-12-1921, Linhares passou a denominar-se Colatina.
Elevado à condição de cidade, com a denominação de Colatina, pela Lei Estadual n.º 1.317, de 30-12-1921.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, Linhares figura como distrito no município de Colatina.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Elevado à categoria de município, com a denominação de Linhares, pelo Decreto-lei Estadual n.º 15.177, de 31-12-1943, o distrito é desmembrado de Colatina. Sede no antigo distrito de Linhares. Constituído de 2 distritos: Linhares e Regência.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944 a 1948 o município é constituído de 2 distritos: Linhares e Regência.
Pela Lei Estadual n.º 265, de 22-10-1949, foram criados os distritos de Desengano, Rio Bananal e São Rafael e anexados ao município de Linhares.
Em divisão territorial datada de I-VII-1955, o município é constituído de 5 distritos: Linhares, Desengano, Regência, Rio Bananal e São Rafael. Assim permanecendo em divisão territorial datada de I-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 3.293, de 14-09-1973, é desmembrado do município de Linhares o distrito de Rio Bananal, elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 3.606, de 13-12-1983, é criado o distrito de Bebedouro e anexado ao município de Linhares.
Pela Lei Estadual n.º 3.585, de 10-11-1983, é criado o distrito de Córrego D`água e anexado ao município de Linhares.
Pela Lei Estadual n.º 3.608, de 13-12-1987, é criado o distrito de São Jorge da Barra Seca e anexado ao município de Linhares.
Em divisão territorial datada de 1988 o município é constituído de 7 distritos: Linhares, Bebedouro, Corrego D`Água, Desengano, Regência, São Jorge da Barra Seca e São Rafael.
Pela Lei Estadual n.º 1.093, de 30-03-1994, desmembra do município de Linhares o distrito de Corrego D`Água, elevado à categoria de município com a denominação de Sooretama.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído de 5 distritos: Linhares, Bebedouro, Desengano, Regência e São Rafael. Tendo sido o distrito de São Jorge da Barra Seca transferido para o município de Vila Valério.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 5 distritos: Linhares, Bebedouro, Desengano, Regência e São Rafael.
Pela Lei Ordinária n.º 2.920, de 29-12-2009, são criados os distritos de Rio Quartel, Farias, Pontal do Ipiranga e Povoação e anexados ao município de Farias.
Em divisão territorial datada de 2014 o município é constituído de 9 distritos: Linhares, Bebedouro, Desengano, Farias, Pontal do Ipiranga, Povoação, Regência, Rio Quartel e São Rafael.