Situado na porção norte da Baía de Todos os Santos, Madre de Deus era conhecida como Ilha de Cururupepa por conta do cacique tupinambá que, após anos de resistência, sucumbiu às investidas dos colonizadores portugueses. A ilha foi colonizada por padres jesuítas, que lhe deram o nome de Nossa Senhora da Madre de Deus do Boqueirão.
A povoação ficou vinculada à Freguesia de São Francisco da Barra de Sergipe do Conde (hoje São Francisco do Conde) desde 1669. Em 1947, tornou-se distrito do município de Salvador.
Apenas 100 metros separam a ilha do continente. Com a criação de um terminal marítimo da Petrobras, ao final dos anos de 1950, foi construída uma ponte. O município foi emancipado em 1989 e instalado em 1990.

Distrito criado com a denominação de Madre de Deus do Boqueirão, em 1696.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o distrito de Madre de Deus do Boqueirão, figura no município de São Francisco.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto Estadual n.º 11089, de 30-11-1938, o distrito de Madre de Deus do Boqueirão tomou a denominação simplesmente de Madre de Deus.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o distrito de Madre de Deus (ex-Madre de Deus do Boqueirão), figura no município de São Francisco.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 30-12-1943, retificado pelo Decreto Estadual n.º 12978, de 01-06-1944, o distrito de Madre de Deus tomou a denominação de Suape o município de São Francisco a chamar-se São Francisco do Conde.
Pelo artigo n.º 23, do Ato das Disposições Constitucionais Transitórias, de 02-07-1947, que alterou a respectiva divisão 1944-1948, o distrito de Suape voltou a denominar-se Madre de Deus e seu território foi transferido para o município de Salvador, como simples povoado.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, Madre de Deus, figura no município de Salvador, como povoado.
Distrito criado com a denominação de Madre de Deus, pela Lei Estadual n.º 628, de 30-12-1953, subordinado ao município de Salvador.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito de Madre de Deus, figura no município de Salvador.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Elevado à categoria de município com a denominação de Madre de Deus, pela Lei Estadual n.º 5016, de 13-06-1989, desmembrado do município de Salvador. Sede no antigo distrito de Madre de Deus. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1990.
Em divisão territorial datada de 1993, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.