A região era habitada pelos índios maragogipes. O território integrava a sesmaria do Paraguaçu, doada a Dom Álvaro da Costa em 1557, e transformada em Capitania do Paraguaçu, em 1566.
A presença de ancoradouro natural e a fertilidade do solo, atraíram colonos portugueses que ali se instalaram, desenvolvendo a cultura da cana-de-açúcar e a exploração de madeira da lei, por volta de 1520.
A capela erigida sob a invocação de São Bartolomeu foi elevada à freguesia em 1640, com a denominação de São Bartolomeu do Maragogipe.
Elevada à Vila em 1724, teve o nome simplificado para Maragogipe, de acordo com a denominação dos seus primeiros habitantes.

Freguesia criada como a denominação de São Bartolomeu do Maragogipe, em 1640.
Elevado à categoria de vila por Portaria 16 de fevereiro de 1724. Confirmada pela provisão regia de 09-02-1725 com a denominação de Maragogipe. Sede na antiga povoação de Maragogipe. Constituído de 2 distritos: Maragogipe e São Felipe. Instalada em 1728.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Maragogipe, pela Lei Provincial n.º 389, de 08-05-1850.
Pela Lei Provincial n.º 1.952, de 29-05-1880, é desmembrado do município de Maragogipe o distrito de São Felipe. Elevado à categoria de vila.
Pela Lei Provincial n.º 1.953, de 29-05-1880, é criado o distrito de Caveiras e anexado ao município de Maragogipe.
Pela Lei Provincial n.º 2.077, de 13-08-1880, é criado o distrito de Nagé e anexado ao município de Maragogipe
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município aparece constituído de 4 distritos: Maragogipe, Nagé, Caveiras e Santo Antônio de Capanema.
Assim permanecendo nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920.
Pela Lei Estadual n.º 1.922, de 13-08-1926, é criado o distrito de Coqueiros e anexado ao município de Maragogipe.
Pelo Decreto Estadual n.º 8.311, de 15-02-1933, é criado o distrito de São Roque do Paraguassu, com território desmembrado do distrito de Santo Antônio do Capanema e anexado ao município de Maragogipe.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município aparece constituído de 6 distritos: Maragogipe, Santo Antônio de Capanema, Caveiras, Coqueiros, Nagé e São Roque do Paraguassu.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 10724, de 30-03-1938, o distrito de Coqueiros passou a ser grafado como Coqueiro.
Pelo Decreto Estadual n.º 11.089, de 30-11-1938, o distrito de Caveiras tomou a denominação de Guapira e São Roque do Paraguassu a chamar-se simplesmente São Roque.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 6 distritos: Maragogipe, Capanema, Coqueiro (ex-Coqueiros), Guapira (ex-Caveiras), Nagé, São Roque (ex-São Roque do Paraguassu).
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 31-12-1943, retificado pelo Decreto Estadual n.º 12.978, de 01-06-1944, os distritos de Capanema e São Roque passaram a chamar-se, respectivamente Guaí e São Roque do Paraguaçu.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 6 distritos: Maragogipe, Coqueiro, Guaí (ex-Capanema), Guapira, Nagé e São Roque do Paraguaçu (ex-São Roque).
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município permanece constituído de 6 distritos: Maragogipe, Coqueiros, Guaí, Guapira, Nagé e São Roque do Paraguaçu.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2021.