Marataízes partilha sua origem histórica com o município de Itapemirim, cujo povoamento se iniciou em 1539, quando Pedro da Silveira estabeleceu fazenda perto da foz do rio Itapemirim. Em 1700 chegavam da Bahia, Domingos Freitas Bueno Caxangá, Pedro Silveira e outros, que se ocuparam da cultura da cana-de-açúcar, dando continuidade à construção do povoado.
Em 1771, quando os índios Puris atacaram as Minas do Castelo (atual município de Castelo), seus moradores se refugiaram na foz do rio Itapemirim, fundando, naquele local, a Freguesia de Nossa Senhora do Patrocínio, hoje Barra do Itapemirim.
O Porto da Barra do Itapemirim era a porta de saída de produtos da terra e a entrada dos primeiros colonizadores.
Em 1901, o engenheiro Emílio Stein iluminou sua oficina e o Trapiche com energia elétrica gerada por um dínamo movido a vapor. Foi a primeira usina elétrica do Estado.
Acredita-se que o nome “Marataízes” tem sua origem da língua tupi-guarani, com o significado “água que corre para o mar”, graças à grande quantidade de lagoas que vão de encontro ao mar. Mas é comum ouvirmos diversas lendas indígenas, como a da índia Ísis que ao morrer provocou uma euforia e tristeza na tribo, fazendo com que os demais índios gritassem a frase “Mataram Ísis” e, ainda, a da índia Taís, que recebera como presente de seu pai, chefe da tribo, a praia que habitava, daí, “Mar Taís”. Outra versão é de que o nome se origina de uma função da linguagem e da religião utilizada pelos negros que aqui habitavam e tinham como dialeto a língua “marata”, das tribos africanas “bantos”, e que veneravam a deusa Ísis, protetora das famílias.

Elevado à categoria de município com a denominação de Marataízes, pela Lei Estadual n.° 4.619, de 16-01-1992, desmembrado do município de Itapemirim. Sede no atual distrito de Marataízes. Constituído de distrito sede. Instalado em 01-01-1997.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.
Em divisão territorial datada de 2007, o município é constituído de 2 distritos: Marataízes e Barra do Itapemirim.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2017.