Marau foi durante muito tempo apenas território para tropeio de gado. Depois, a Coroa distribuiu sesmarias para que os tropeiros e os militares se estabelecessem em estâncias. A vinda de alguns imigrantes das mais diversas pátrias fez surgir os primeiros núcleos populacionais, um denominado de Tope e o outro de Marau. Este recebeu as primeiras famílias de imigrantes italianos por volta de 1904.
A vila e a zona rural desenvolveram-se com o trabalho árduo dos colonizadores, descendentes dos imigrantes italianos oriundos das regiões do Vêneto, Lombardia e Trentino, mas foi fundamental o estímulo dos freis capuchinhos, assistentes espirituais dos marauenses a partir de 1934.
O município deve seu nome à trágica história de um cacique bravio, de nome Marau, que, conforme a historiografia, percorria as vastas selvas da Serra Geral em busca de alimento frente a um bando de índios Coroados.

Distrito criado com a denominação de Marau, por Ato Municipal n.º 258, de 10-01-1916, subordinado ao município de Passo Fundo.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de Marau permanece no município de Passo Fundo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1950.
Elevado à categoria de município com a denominação de Marau, pela Lei Estadual n.º 2.550, de 18-12-1954, desmembrado de Passo Fundo e Gauporé. Sede no antigo distrito de Marau. Constituído de 2 distritos: Marau e Maria, desmembrado do município de Gauporé. Instalado em 28-02-1955.
Pela Lei Estadual n.º 3723, de 17-02-1959, Marau adquiriu do município de Soledade distrito de Camargo.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 3 distritos: Marau, Camargo e Maria.
Pela Lei Estadual n.º 184, de 03-06-1961, é criado o distrito de Nicolau Vergueiro e anexado ao município de Marau.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 4 distritos: Marau, Camargo, Maria e Nicolau Vergueiro.
Pela Lei Municipal n.º 700, de 19-12-1975, é criado o distrito de Frei Gentil e anexado ao município de Marau.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 5 distritos: Marau, Camargo, Frei Gentil, Maria e Nicolau Vergueiro.
Pela Lei Estadual n.º 8.620, de 12-05-1988, alterado em seus limites, pela Lei Estadual n.º 9.042, de 08-02-1990, desmembra do município de Marau o distrito de Camargo. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 9.544, de 20-03-1992, desmembra do município de Marau o distrito de Nicolau Vergueiro. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 9.577, de 20-03-1992, desmembra do município de Marau o distrito de Frei Gentil. Elevado à categoria de município com a denominação de Gentil.
Pela Lei Estadual n.º 8.598, de 09-05-1988, alterada em seus limites pela Lei Estadual n.º 9.032, de 08-02-1990, desmembra do município de Marau e Casca o distrito de Maria. Elevado à categoria de município com a denominação de Vila Maria.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.
Pela Lei Municipal n.º 2.501, de 26-12-1996, é criado o distrito de Laranjeiras e anexado ao município de Marau.
Pela Lei Municipal n.º 2.502, de 26-12-1996, é criado o distrito de Veado Pardo e anexado ao município de Marau.
Em divisão territorial datada de 2001, o município é constituído de 3 distritos: Marau, Laranjeiras e Veado Pardo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.