Depois do descobrimento do Brasil pelos portugueses, os franceses começaram a se interessar pelo pau-brasil. Aportaram, então, numa praia perto da mata, onde hoje está situada a Praia do Francês, no atual município de Marechal Deodoro, e passaram a contrabandear a madeira com a ajuda dos índios Caetés.
Com o objetivo de defender a sua nova colônia, a Coroa Portuguesa dividiu o país em 15 lotes, ou Capitanias Hereditárias, que eram entregues a donatários que tinham o direito de guardá-la militarmente, fundar vilas e povoados. Tinham a obrigação, porém, de pagar impostos à Coroa.
Coube a Duarte Coelho Pereira a Capitania de Pernambuco, que continha o território do que hoje é o Estado de Alagoas.
O donatário, resolvendo pôr fim ao contrabando do pau Brasil, combateu os franceses e todos os índios que os ajudaram, fazendo, desta forma, inimizade com os Caetés.
Em 1554, acreditando estar tudo sob controle, Duarte Coelho foi a Portugal, vindo a falecer lá. Quando tomaram conhecimento da morte do donatário, os Caetés começaram a atacar os povoados. Foi num desses ataques que os índios antropófagos mataram e comeram o Bispo D. Pero Fernandes Sardinha, que tinha naufragado no Rio Coruripe.
A Capitania começou a desenvolver-se com o plantio de cana-de-açúcar, o que levou ao aparecimento de muitos engenhos. Em pouco tempo foi necessário reordenar a capitania, dividindo-a em sesmarias.
A Sesmaria de Madalena ficou sob a responsabilidade de Diogo de Melo e Castro, e tinha os seguintes limites: cinco léguas do litoral da Pajuçara, ao Porto do Francês, com sete léguas de frente a fundos para o Sertão e mais quatro léguas da boca do Rio Paraíba.
Mas, não cumprindo as regras de povoamento da sesmaria em cinco anos, o primeiro sesmeiro perdeu a concessão, sendo substituído por Diogo Soares da Cunha. Esse fundou a vila denominada Madalena de Subaúma, deixou-a aos cuidados do Capitão-mor Henriques de Carvalho, e voltou para Portugal. Foi então que seu filho, Gabriel Soares da Cunha, assumiu a chefia do patrimônio, com o título de Alcaide-mor de Madalena.
A vila começou a desenvolver-se onde hoje é o bairro de Taperagua, uma planície em volta ao Rio Sumaúma e a Lagoa Manguaba. Um lugar de visão privilegiada permitia que o inimigo fosse vigiado.
Em 1630, os holandeses invadiram a Capitania de Pernambuco, mas mesmo assim a sesmaria de Madalena de Subaúma crescia, tendo a agricultura como principal fator de desenvolvimento. Muitos engenhos surgiam e já era fabricado e exportado o açúcar da região. Neste cenário, o quarto Donatário da Capitania de Pernambuco, Duarte de Albuquerque Coelho, criou a Vila de Santa Maria Madalena da Lagoa do Sul.
Não tardou para que a Vila de Santa Maria Madalena se tornasse a mais desenvolvida da época. Foi então que passou a abrigar a sede da Comarca de Pernambuco.
Esta comarca teve 17 ouvidores, sendo o último António José Ferreira Batalha, o temido Ouvidor Batalha e, foi graças a sua administração o Rei D. João VI assinou o Decreto Régio que separou politicamente Alagoas de Pernambuco, no dia 16 de Setembro de 1817. A situação econômica da recém criada capitania era destaque, principalmente de duas vilas: a de Alagoas da Lagoa do Sul (atual Marechal Deodoro) e Maceió.
Em 1823, num cenário de lutas para consolidar a independência do Brasil, a vila de Alagoas recebeu o foral de cidade e passou a ser sede da capital da Província, sendo o primeiro Presidente Nuno Eugênio de Lossio e Seiblitz.
Em abril de 1838 Agostinho da Silva Neves assumiu a Província e, no ano seguinte, transferiu o cofre do tesouro para Maceió. Era o início da mudança de capital. Assim, no dia 9 de dezembro de 1839, foi sancionada a Resolução Legislativa n.º 11, transferindo a metrópole para Maceió.
Filho do Coronel Manuel Mendes da Fonseca e pertencente a uma família de tradição militar, o Marechal Manuel Deodoro da Fonseca ingressou na Escola Militar do Rio de Janeiro em 1843, com pouco mais de 15 anos.
Participou ativamente da guerra entre Uruguai e Paraguai, voltando de lá com o título de Coronel.
Em 1884 passou a ser Marechal e cinco anos após, no dia 15 de novembro de 1889, proclamou a República Brasileira. Sendo o primeiro Presidente da República do Brasil, permanecendo no cargo até ao dia 23 de novembro de 1891, quando, já muito doente, passou o cargo para o também alagoano Marechal Floriano Peixoto.
Depois da renúncia de Deodoro, muitas rebeliões assolaram o país. O Congresso exigiu novas eleições para presidente. Mas Floriano foi irredutível. Os militares fizeram diversos manifestos pela volta de Deodoro. Mas enquanto isso, sua saúde piorou gradativamente, até que o Marechal Manuel Deodoro da Fonseca morreu ao no dia 23 de agosto de 1892.

Distrito criado com a denominação de Madalena em 1633.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Madalena por Carta e Lei de 12-04-1636. Sede na povoação de Madalena.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Alagoas por Carta e Lei de 08-03-1823.
Foi capital da antiga Província até ao ano de 1839.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto Estadual n.º 2.550, de 09-11-1939, o município de Alagoas passou a denominar-se Marechal Deodoro.
Pelo Decreto Federal n.º 1.686, de 17-11-1939, o município de Marechal Deodoro passou a chamar-se simplesmente Deodoro,
Pelo Decreto Estadual n.º 2.435, de 30-11-1939, voltou a denominar-se Marechal Deodoro.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído do distrito sede. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.