Em 1549, a comitiva de Tomé de Souza chegou à Bahia e trouxe Garcia de Souza D`Ávila, ou Garcia D`Ávila. Foi ele quem, em 1551, no ponto mais alto do litoral baiano, enseada de Tatuapara, hoje conhecido como Praia do Forte, construiu a fortaleza estratégica da Casa da Torre, ou Castelo Garcia D’Ávila, de grande importância para a colônia que vinha se formando a partir de Salvador.
Da Casa da Torre, fiscalizava-se o movimento de embarcações que se aproximavam do Porto da Bahia. A localização estratégica tornou o castelo fundamental nas lutas pela independência e na defesa territorial do Estado. Acredita-se que foi do posto de observação da Casa da Torre que surgiu o primeiro sistema de comunicação da América, já que eles tiveram que desenvolver uma maneira de comunicar a Salvador, que ficava a 80 km, a presença de uma nau inimiga.
O Castelo foi a sede do maior latifúndio das Américas, com 800.000 Km², da Bahia ao Maranhão, com fazendas de plantio de coco e criação de gado. As obras de construção do Castelo só foram concluídas em 1624, 73 anos depois. Hoje ainda se pode encontrar em Mata de São João as ruínas deste patrimônio arquitetônico e histórico, um exemplar único em estilo arquitetônico medieval nas Américas.
Conta-se que Mata de São João, durante muitos anos, teve o nome de São João da Mata, sendo depois denominada de Mata de São João graças a João Lopo de Mesquita, que devastou matas e abriu estradas entre 1649 e 1659. Os nortistas pregavam: “vamos trabalhar nas matas de seu João”. E então o nome Mata de São João foi registrado oficialmente em 1846, quando o povoado foi elevado à categoria de Vila. As terras que hoje lhe pertencem eram no séc. XVIII parte dos municípios de Água Fria e Espírito Santo de Nova Abrantes, originários de missões jesuítas.
Contam que a cidade é marcada por algumas curiosidades. Foi em Mata de São João por exemplo que foi plantado no séc. XVI um dos cinco primeiros pés de coco-da-baía do Brasil. Além disso, Mata já teve a honra de receber Dom Pedro II e a família real, que veio pela estrada férrea Leste Brasileiro. E foi lá que aconteceu, em 1845, uma das primeiras manifestações do espiritismo no mundo.

Distrito criado com a denominação de Mata de São João em 1761.
Elevado à de vila com a denominação de Mata de São João, pela Lei Provincial n.º 241, de 15-04-1846. Sede na antiga povoação de Mata de São João.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município aparece constituído de 2 distritos: Mata de São João e Assu da Torre.
Pela Lei Municipal n.º 54, de 10-06-1919, aprovada pela Lei Estadual n.º 1329, de 26-07-1919, é criado o distrito de Cipó do Assú e anexado ao município de Mata de São João.
Pela Lei Municipal n.º 66, de 25-06-1920, é criado o distrito de São José da Mata e anexado ao município de São João da Mata.
Nos quadros de apuração do recenseamento geral de 1-IX-1920, o município é constituído de 4 distritos: Mata de São João, Assu da Torre, Cipó do Assue e São José da Mata.
Pelos Decretos Estaduais n.º 7455, de 23-06-1931 e 7479, de 08-07-1931, o município de São João da Mata tomou a denominação simplesmente de Mata.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 4 distritos: Mata (ex-São João da Mata), Assu da Torre, Cipó do Assu e São José da Mata.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto Estadual n.º 11089, de 30-11-1938, o município de Mata voltou a denominar-se Mata de São João, os distritos de Cipó do Assu e São José da Mata passaram a chamar-se respectivamente, Itanagra e Amado Bahia.
No quadro fixado para vigora no período de 1939-1943, o município é constituído de 4 distritos: Mata de São João (ex-Mata), Amado Bahia (ex-São José da Mata), Assu da Torre Itanagra (ex-Cipó Assu)
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 141, de 31-12-1943, confirmado pelo Decreto Estadual n.º 12978, de 01-06-1944, o distrito de Assu da Torre passou a grafar Açu da Torre.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 4 distritos: Mata de São João, Açu da Torre (Assu da Torre), Amado Bahia e Itanagra.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 1767, de 30-07-1962, é desmembrado do município de Mata de São João o distrito de Itanagra. Elevado á categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 3 distritos: Mata de São João, Açu da Torre e Amado Bahia.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2020.