As primeiras referências documentais específicas sobre o atual território de Mauá datam do início do século XVIII. Naquela época, a região que abrigava a área onde hoje se localiza Mauá recebera a denominação indígena de Cassaquera, cujo significado é 'Cercados Velhos'. Já a região vizinha, que ficava na parte alta do território em que se localizam Rio Grande da Serra e Ribeirão Pires, chamava-se Caguassu, cujo significado é 'Mata Grande'.
A região de Cassaquera abrigava um povoamento bastante disperso, cuja existência estava diretamente relacionada ao caminho que ligava a então Vila de São Paulo ao litoral e que, atravessando o território, passava nas vizinhanças do atual leito ferroviário, às margens do rio Tamanduateí. Com o tempo, a localidade tornou-se passagem obrigatória para os povoados de Pilar e São Bernardo. O povoado de Pilar desenvolveu-se ao redor da Capela de Nossa Senhora do Pilar, construída em 1714, no atual Pilar Velho - Ribeirão Pires. Esse povoado também estava à beira de outro caminho que conduzia para a Vila de Mogi das Cruzes através dos campos de Taiaçupeba e Guaió.
Em 1856 foi aprovado o decreto que permitiu a formação de uma companhia para a construção da estrada de ferro Santos/Jundiaí e concedeu ao Barão de Mauá, juntamente com o Marquês de Monte Alegre e o Conselheiro José Antonio Pimenta Bueno (que viria a ser o Marquês de São Vicente) o direito de construir e explorar a ferrovia por 90 anos.
Uma das maiores dificuldades enfrentadas pelos primeiros idealizadores da construção de ferrovias que ligassem São Paulo ao litoral ou, por exemplo, ao Rio de Janeiro, foi a captação de recursos para a empreitada. Por isso, Irineu Evangelista de Souza, o Barão de Mauá, obteve do Imperador D. Pedro II autorização para buscar recursos fora do país. Valendo-se de seu prestígio social, o Barão de Mauá conseguiu que boa parte das ações fosse subscrita por pessoas de seu círculo de relações. Conseguiu também que os governos do Império e da Província de São Paulo oferecessem as garantias exigidas pelos banqueiros ingleses para o empréstimo de capital.
A participação do Barão de Mauá na fase de construção da ferrovia foi também intensa, fato ilustrado pela frequência com que sua presença era exigida durante as obras. Foi por essa razão, aliás, que ele adquiriu, em 1862, uma fazenda localizada no atual município de Mauá. Tal fazenda pertencia ao Capitão João e possuía uma casa grande na qual o Barão teria morado e hoje abriga a Casa da Cultura e Museu Barão de Mauá.
A construção da ferrovia, que começou no porto de Santos e seguiu em direção a São Paulo, foi iniciada em maio de 1860.
A São Paulo Railway Company, organizada em Londres, foi formada para construir a estrada de ferro que ligaria Santos a Jundiaí. A inauguração da estrada de ferro em 16 de fevereiro de 1867 melhorou significativamente o transporte de produtos agrícolas do interior para o Porto de Santos, em especial o café produzido na Província de São Paulo, impulsionando o desenvolvimento local.
O crescimento da então chamada Vila do Pilar motivou a Superintendência da São Paulo Railway Company a instalar uma estação da ferrovia na localidade. Em 1883 foi inaugurada a então Estação do Pilar, toda construída em madeira, que viria a representar importante papel no processo de industrialização do futuro município. Em 1926 a Estação do Pilar passou a chamar-se Estação Mauá.
Desde sua fundação, a Vila do Pilar pertencia a São Bernardo (freguesia de 1812 a 1889 e município a partir de então). Contudo, pela proximidade e pela facilidade de acesso via ferrovia, a localidade ao redor da Estação São Bernardo (mais tarde Santo André) sempre exerceu maior influência sobre Pilar, sobretudo nos aspectos econômicos, comerciais e administrativos.
Em 1938, Mauá foi de fato integrada ao município de Santo André. Em 1943, tanto no então Distrito de Mauá, quanto nos demais distritos de andreenses (Ribeirão Pires, São Bernardo e Paranapiacaba), já se falava do desejo de emancipação. O plebiscito que permitiu a população optar pela autonomia do distrito ocorreu em 22/11/1953.

Distrito criado com a denominação de Mauá, pelo Decreto-lei Estadual n.º 6.780, de 18-10- 1934, subordinado ao município de São Bernardo.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e de 31-XII-1937, o distrito de Mauá figura no município São Bernardo.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 9.775, de 30-11-1938, a sede foi transferida do município de São Bernardo para Santo André, conservando o município esta denominação.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o distrito de Mauá figura no município de Santo André (ex-São Bernardo). (Of. N.º. 1/895, de 24-VIII-1943), pelo DEE de São Paulo dirigido ao Secribge, prot. SG 4611).
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o distrito de Mauá permanece no município de Santo André.
Elevado à categoria de município com a denominação de Mauá, pela Lei Estadual n.º 2.456, de 30-11-1953, desmembrado do município de Santo André. Sede no antigo distrito de Mauá. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1955.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.