Registra a história que o município de Mesquita é oriundo de terras pertencentes ao atual município de Nova Iguaçu que, após a sua reestruturação ficou subdividido em 5 distritos, quais sejam: Iguassú, Pilar, Merity, Marapicu e Jacutinga.
Num destes distritos, ficava localizado o Engenho da Caxueira, que ficava as margens do rio de mesmo nome – atual canal Dona Eugênia – ao pé do Maciço de Gericinó. Nos arredores deste engenho, cresceu um arraial para fazer frente à demanda de tropeiros e carroceiros que por ali passavam e abasteciam-se na cachoeira que havia nos arredores.
Com a expansão do sistema ferroviário, foram implantadas várias estações sendo que uma delas ficou localizada no centro do antigo arraial da Cachoeira, o qual logo mudou de nome para Jerônymo de Mesquita e posteriormente simplificado para Mesquita.
A observação dos primeiros habitantes resultou na transformação do barro das regiões alagadas em tijolos e telhas, servindo de base para a instalação da Companhia Material de Construção Ludolf & Ludolf, junto à margem direita da estação de Mesquita.
Quanto à margem esquerda, mais precisamente ao longo da rua da Cachoeira, algumas pessoas se estabeleciam, mas o destaque estava no entroncamento das vias que ligavam Cachoeira com a Freguesia de Santo Antônio de Jacutinga (atual Prata), e com Maxambomba (atual Nova Iguaçu), onde cada vez mais pessoas fixavam residência.
O desenvolvimento da região deveu-se à implementação da ferrovia e ao declínio da citricultura, o que permitiu o aparecimento de loteamentos, pondo fim aos grandes vazios resultantes da Fazenda da Caxueira e da Companhia Ludolf & Ludolf.
Com a edição da Lei Estadual n.º 3.253, de 25 de setembro de 1999, Mesquita é desmembrado de Nova Iguaçu e instalado em 01 de janeiro de 2001.

Distrito criado com a denominação de Mesquita (ex-povoado), pela Lei Estadual n.º 1.472, de 28-04-1952, subordinado ao município de Nova Iguaçu.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito de Mesquita permanece no município de Nova Iguaçu.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 15-VII-1997.
Elevado à categoria de município com a denominação de Mesquita, pela Lei Estadual n.º 3.253, de 25-09-1999, desmembrado de Nova Iguaçu. Sede no antigo distrito de Mesquita.
Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-2005.
Em divisão territorial datada de 2005, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.