A história de Miracema começa com os garimpos que atraíam imigrantes para o Norte de Goiás, no início do século XX, passando pela exploração da cana-de-açúcar e a navegação fluvial. Em 1929 chegaram os primeiros habitantes, se fixando no local devido à beleza da paisagem.
A região foi denominada Xerente e Bela Vista. Em 1948 o distrito foi desmembrado de Araguacema, com a denominação de Miracema do Norte.
Em 1988, com o desmembramento do Estado de Goiás, originando o Tocantins, Miracema do Norte, hoje Miracema do Tocantins, foi escolhida para sediar a capital provisória do Estado, por ato do presidente da República. Permaneceu nesta condição no período de 1º de janeiro de 1989 até 31 de dezembro do mesmo ano, quando foi instalada, em Palmas, a capital definitiva.

Distrito criado com a denominação de Bela Vista, pela Lei Municipal n.º 2, de 25-11-1920, subordinado ao município de Santa Maria do Araguaia.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o distrito de Bela Vista, figura no município de Santa Maria do Araguaia.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.233, de 31-10-1938, o distrito de Bela Vista tomou a denominação de Miracema.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o distrito de Miracema (ex-Bela Vista), figura no município de Santa Maria do Araguaia.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 8.305, de 31-12-1943, o distrito de Miracema passou a chamar-se Cherente.
Elevado à categoria de município com a denominação de Miracema do Norte, pela Lei Estadual n.º 120, de 25-08-1948, desmembrado do município de Santa Maria do Araguaia. Sede no atual distrito Miracema do Norte (ex-Cherente). Constituído de 2 distritos: Miracema do Norte e Monte Santo, ambos desmembrados do município de Santa Maria do Aragauaia. Instalado em 01-01-1949.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído de 2 distritos: Miracema do Norte e Monte Santo.
Pela Lei n.º 104, de 31-12-1962, é criado o distrito de Miranorte e anexado ao município de e Miracema do Norte.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963, o município é constituído de 3 distritos: Miracema do Norte, Miranorte e Monte Santo.
Pela Lei Estadual n.º 4.820, de 08-11-1963, é desmembrado do município de Miracema do Norte o distrito de Miranorte. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 2 distritos: Miracema do Norte e Monte Santo.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 31-XII-1971.
Pela Lei Estadual n.º 8.001, de 26-11-1975, é criado o distrito de Marianópolis do Norte e anexado ao município de Miracema do Norte.
Pela Lei Estadual n.º 8.003, de 26-11-1975, é criado o distrito de Barrolândia e anexado ao município de Miracema do Norte.
Em divisão territorial datada de 1-I-1979, o município é constituído de 4 distritos: Miracema do Norte, Barrolândia, Marianópolis do Norte e Monte Santo.
Pela Lei Estadual n.º 10.410, de 30-12-1987, é desmembrado do município de Miracema do Norte o distrito de Marianópolis. Elevado à categoria de município.
Pela Lei Estadual n.º 10.442, de 11-01-1988, é desmembrado do município de Miracema do Norte o distrito de Barrolândia. Elevado à categoria de município.
Elevado à condição de Capital provisória do Estado pelo Decreto Federal n.º 97.215, de 13-12-1988, figurando até 31-12-1989.
Em divisão territorial datada de 1988, o município é constituído de 2 distritos: Miracema do Norte e Monte Santo.
Pelo Decreto Legislativo nº 1, de 01-01-1989, Miracema do Norte passou a se chamar Miracema do Tocantis.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1991.
Pela Lei Estadual n.º 682, de 26-05-1994, desmembra do município de Miracema do Tocantins o distrito Monte Santo. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1999, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.