Antes da fundação do povoado de Mogi das Cruzes, o bandeirante Braz Cubas, no ano de 1560, havia se embrenhado pelas matas do território mogiano, às margens do Rio Anhembi, hoje Tietê, à procura de ouro.
Gaspar Vaz abriu o primeiro caminho de acesso de São Paulo a Mogi, dando início ao povoado, que foi elevado à Vila em 17 de agosto de 1611, com o nome de Vila de Sant'Anna de Mogi Mirim. A oficialização ocorreu em 1º de setembro, dia em que se comemora o aniversário da cidade.
Mogi é uma alteração de Boigy que, por sua vez, vem de M'Boigy, o que significa 'Rio das Cobras', denominação que os índios davam a um trecho do Tietê. Quando a Vila foi criada em 1611, devido ao costume de adotar o nome do padroeiro, passou a ser denominada 'Sant'Anna de Mogy Mirim'.
Na língua indígena, Mirim quer dizer pequeno. Provavelmente, uma referência ao riacho Mogi Mirim. A linguagem popular tratou de acrescentar o termo 'cruzes' ao nome oficial da Vila. Era costume dos povoadores sinalizar com cruzes os marcos que indicavam os limites da Vila, de acordo com tese de Dom Duarte Leopoldo e Silva, confirmada pelo historiador e professor Jurandyr Ferraz de Campos.

Elevado à categoria de vila com a denominação de Santana de Mogi das Cruzes, por Provisão de 17-08-1611 ou 03-09-1611. Sede na antiga povoação de Boigi atual Mogi das Cruzes. Constituído do distrito dede. Sua instalação verificou-se no dia 01 de setembro de 1611.
Pela Lei Provincial n.º 17, 28-02-1838, é criado o distrito de Itaquaquecetuba e anexado a vila de Santana de Mogi das Cruzes.
Pela Lei Provincial n.º 4, de 08-06-1852, é criado o distrito de Arujá e anexado a vila de Santana de Mogi das Cruzes.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Mogi das Cruzes, pela Lei Provincial n.º 5, de 13-05-1855.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município de Mogi das Cruzes (ex-Santana de Mogi Mirim) é constituído de 3 distritos: Mogi das Cruzes, Arujá e Itaquaquecetuba.
Pela Lei Estadual n.º 1.674, 03-12-1919, é criado o distrito de Poá, e anexado ao município de Mogi das Cruzes.
Pela Lei Estadual n.º 1.705, de 27-12-1919, é criado o distrito de Suzano e anexado ao município de Mogi das Cruzes.
Pela Lei Estadual n.º 1.758, de 27-12-1920, é criado o distrito de Sabaúna e anexado ao município de Mogi das Cruzes.
Nos quadros de apuração do recenseamento geral de I-IX-1920, o município é constituído de 6 distritos: Mogi das Cruzes, Arujá, Itaquaquecetuba, Poá, Suzano e Sabáuna.
Pela Lei Estadual n.º 1.985, de 13-12-1924, é criado o distrito de Biritibamirim e anexado ao município de Mogi das Cruzes.
Pela Lei Estadual n.º 2.257, de 31-12-1927, é criado o distrito de Taiassupeba e anexado ao município de Mogi das Cruzes.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município de Mogi das Cruzes é Constituído de 8 distritos: Mogi das Cruzes, Arujá, Biritibamirim, Itaquaquecetuba, Poá, Sabaúna, Suzano e Taiassupeba.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto Estadual n.º 9.775, de 30-11-1938, o distrito de Arujá, foi transferido do município de Mogi das Cruzes para o de Santa Isabel. O decreto acima citado cria o distrito de Santo Ângelo anexado ao município de Mogi das Cruzes.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 8 distritos: Mogi das Cruzes, Biritibamirim, Itaquaquecetuba, Poá, Sabaúna, Santo Ângelo, Suzano e Taiassupeba - e é termo único da comarca de Mogi das Cruzes, termo este formado por 2 municípios: Mogi das Cruzes e Guararema.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, o distrito de Santo Ângelo passou a denominar-se Jundiapeba o distrito de Taiassupeba passou a ser grafado Taiaçupeba.
No quadro fixado para vigorar no período de 1944-1948, o município é constituído de 8 distritos: Mogi das Cruzes, Biritibamirim, Itaquaquecetuba, Jundiapeba (ex-Santo Ângelo), Poá, Sabaúna, Suzano e Taiaçupeba (ex-Taiassupeba).
Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, desmembra do município de Mogi das Cruzes os distritos de Poá e Suzano (ex-Susano), elevando-os à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 6 distritos: Mogi das Cruzes, Biritibamirim, Itaquaquecetuba, Jundiapeba, Sabaúna e Taiaçupeba.
Pela Lei Estadual n.º 2.456, de 30-12-1953, o município de Mogi das Cruzes passou a ser grafado Moji das Cruzes. O distrito de Biritibamirim a grafar Biriritba-Mirim. A Lei Estadual, acima citada, desmembra do município de Moji das Cruzes o distrito de Itaquaquecetuba. Elevado à categoria de município. E, ainda é criado o distrito de Brás Cuba e anexado ao município de Moji das Cruzes.
Em divisão territorial datada de 01-VII-1955, o município é constituído de 6 distritos: Moji das Cruzes, Biritiba-Mirim, Brás Cuba, Jundiapeba, Sabaúna, Taiaçupeba.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 8.092, de 28-02-1964, desmembra do município de Moji das Cruzes o distrito de Biritiba-Mirim. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 5 distritos: Moji das Cruzes, Brás Cuba, Jundiapeba, Sabaúna, Taiaçupeba.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.
Pela Lei Estadual n.º 3.198, de 23-12-1981, foram criados os distritos de Biritiba-Ussu e Cezar de Souza e anexados ao município de Moji das Cruzes.
Em divisão territorial datada de 01-VI-1995, o município é constituído de 7 distritos: Moji das Cruzes, Biritiba-Ussu, Brás Cubas, Cezar de Souza, Jundiapeba, Sabaúna e Taiaçupeba.
Pela Lei n.º 4.631, de 02-07-1997, é criado o distrito de Quatinga e anexado ao município de Moji das Cruzes.
Em divisão territorial datada de 1999, o município é constituído de 8 distritos: Moji das Cruzes, Biritiba-Ussu, Brás Cubas, Cezar de Souza, Jundiapeba, Quatinga, Sabaúna e Taiaçupeba.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2003.
Em divisão territorial datada de 2005, o município aparece grafado Mogi das Cruzes é constituído de 8 distritos: distritos: Mogi das Cruzes, Biritiba-Ussu, Brás Cubas, Cezar de Souza, Jundiapeba, Quatinga, Sabaúna e Taiaçupeba.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2009.