Mogi Mirim foi fundada por bandeirantes que buscavam pedras preciosas em Minas Gerais e Goiás. O nome vem do tupi e significa Pequeno Rio das Cobras.
O arraial de Mogi Mirim já possuía bom número de habitantes em 29 de julho de 1747, quando começaram a ser cavados os alicerces da primitiva Igreja Matriz de São José. A elevação da Freguesia de São José de Mogi Mirim a Vila se deu em 22 de outubro de 1769.
A Vila de São José de Mogi Mirim passou a abranger um enorme território, com limites no rio Atibaia e no rio Grande, este na divisa entre São Paulo e Minas Gerais. Com o passar do tempo, foram se formando arraiais e povoados como Franca, Casa Branca, Rio Claro, Mogi Guaçu, Itapira, São João da Boa Vista, Serra Negra, Pinhal e inúmeros outros.
Em 1886, os fazendeiros de Mogi Mirim começaram a angariar o trabalho de imigrantes estrangeiros para suas lavouras de café e algodão. Eram italianos, portugueses, espanhóis e, posteriormente, sírio-libaneses e japoneses.

Distrito criado com a denominação de São José de Mogi-Mirim, por Provisão de 01-11-1751, subordinado a vila de Jundiaí.
Elevado à categoria de município com a denominação de Mogi-Mirim, por Ordem Régia de 11-10-1769, desmembrado da antiga vela de Jundiaí. Sede na antiga povoação de Mogi de Campos. Constituído do distrito sede. Instalado 22-10-1769.
Elevado à condição de cidade com a denominação de Mogi-Mirim, pela Lei Provincial n.º 17, de 03-04-1849.
Pela Lei Estadual n.º 179, de 16-08-1893, é criado o distrito de Posse e anexado ao município de Mogi-Mirim.
Pela Lei Estadual n.º 433, de 05-08-1896, é criado o distrito de Jaguari e anexado ao município de Mogi-Mirim.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município é constituído de 3 distritos: Mogi Mirim (Mogy-Mirim), Posse e Jaguari.
Pela Lei Estadual n.º 1.542, de 30-12-1916, é criado o distrito de Artur Nogueira e anexado ao município de Mogi-Mirim.
Pela Lei Estadual n.º 1.725, 30-12-1919, é criado o distrito de Conchal e anexado ao município de Mogi-Mirim.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município é constituído de 5 distritos: Mogi-Mirim, Artur Nogueira, Conchal, Jaguari e Posse.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 9.775, de 30-11-1938, o distrito de Posse passou a denominar-se Posse de Ressaca.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 5 distritos: Mogi-Mirim, Artur Nogueira, Conchal, Jaguari e Posse de Ressaca (ex-Posse de Ressaca). E é termo da comarca de Mogi Mirim, formada de 1 único termo, Moji Mirim, termo este formado por sua vez de 2 municípios: Mogi-Mirim e Mogi Guassu.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, o município de Mogi-Mirim passou a grafar Mogi Mirim e o distrito de Jaguari a denominar-se Jaguariúna.
No quadro territorial para vigorar em 1944-1948, o município é constituído de 5 distritos: Mogi Mirim (ex-Mogi-Mirim), Artur Nogueira, Conchal, Jaguariúna, (ex-Jaguari) e Posse de Ressaca.
Pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, desmembra do município de Mogi Mirim os distritos de Conchal e Artur Nogueira, elevando-os à categoria de municípios.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 3 distritos: de Mogi Mirim, Jaguariúna e Posse de Ressaca.
Pela Lei Estadual n.º 2.456, de 30-12-1953, desmembra do município de Mogi Mirim os distritos de Jaguariúna e Santo Antônio de Posse (ex-Posse de Ressaca), elevando-os à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-I-1979.
Pela Lei Estadual n.º 3.198, de 23-12-1981, é criado o distrito de Martim Francisco e anexado ao município de Mogi Mirim.
Em divisão territorial datada de 1988, o município aparece grafado Moji Mirim e é constituído de 2 distritos: Moji Mirim e Martim Francisco. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.
Pela Lei Estadual nº 15.443, de 09-06-2014, fica oficializada a grafia do nome da cidade de Mogi Mirim com “G”, por se tratar de topônimo de tradição secular.