A sede do município de Moju está situada à margem direita do rio do mesmo nome, abaixo da saída do canal de lgarapé-Miri, em terrenos doados por Antônio Dornelas de Sousa à Irmandade do Divino Espírito Santo, em julho de 1754.
Quando o bispo Dom Frei Miguel de Bulhões, em visita pastoral, hospedou-se no sítio desse cidadão, correspondendo aos desejos do povo, criou a freguesia sob a invocação do orago da Irmandade existente.
Decaiu o núcleo de povoado, após a sua primitiva criação em freguesia, ao ponto de ser completamente abandonado dos poderes públicos, desaparecendo inteiramente a categoria eclesiástica que lhe fora concedida, entrando esquecido para o período da Independência.
Em 1839 obteve a atual sede municipal a categoria de freguesia novamente, com toda a jurisdição dos rios Acará e Moju.
A Lei n.º 279, de 28 de agosto de 1856, criou o município do Moju.

Distrito criado com a denominação de Moju pela Lei Estadual n.º 14, de 09-09-1839, subordinado ao município de Igarapé-Miri.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Moju pelas Leis Provinciais n.º 279, de 28-08-1856, n.º 441, de 20-08-1864, e n.º 628, de 06-10-1870. Instalada em 05-08-1871.
A Lei Provincial n.º 839, de 19-04-1875, desmembra do município de Moju o distrito de Acará, elevado à categoria de município.
Pela Lei Provincial n.º 1307, de 28-11-1887, a vila é extinta, sendo seu território anexado ao município de Igarapé Miri.
Elevado novamente à categoria de vila com a denominação de Moju pela Lei n.º 1.399, de 05-10-1889.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911 o município é constituído do distrito sede.
Pelo Decreto Estadual n.º 6, de 04-11-1930, o município de Moju é extinto, sendo seu território anexado ao município de Belém.
Pelo Decreto Estadual n.º 78, de 27-12-1930, o distrito de Moju passou a pertencer ao município de Igarapé-Miri.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o distrito de Moju permanece no município de Igarapé-Miri.
Elevado novamente à categoria de município com a denominação de Moju pela Lei Estadual n.º 8, de 31-10-1935.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937 o município aparece constituído de 3 distritos: Moju, Baixo e Cairari.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 2.972, de 31-03-1938, é extinto o distrito de Baixo, sendo seu território anexado ao distrito sede do município de Moju.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960 o município é constituído de 2 distritos: Moju e Cairari. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.