A ocupação da região teve início por volta de 1873, às margens do rio Camanducaia, com a chegada de várias famílias provenientes de Amparo e Bragança Paulista, atraídas pela qualidade das águas do rio e pela fertilidade do solo. Nesta época, por iniciativa de Teodoro de Assis, foi construída a capela do Senhor Bom Jesus em um terreno doado por Lourenço de Godoy. As primeiras casas começaram a ser construídas ao redor da capela pelo capitão José Inácio Teixeira. Com o passar dos anos, o povoado passou a ser conhecido como Bairro da Capelinha e, posteriormente, como Bairro dos Farias.
Em 5 de março de 1887, através da Lei Provincial nº 15, o povoado foi elevado à condição de distrito do município de Amparo com o nome de Bom Jesus de Monte Alegre, em homenagem ao padroeiro e à topografia da região. Melhorias foram implantadas, como subdelegacia de polícia, escola municipal e agência postal.
Em 1890, foi inaugurada em Monte Alegre uma estação da Companhia Mogiana de Estradas de Ferro, propiciando maior desenvolvimento para a região e atraindo novos moradores. Em seguida foram implementados os serviços de luz elétrica e telefone.
Devido à existência de localidades com o mesmo nome, o distrito de Monte Alegre passou a se chamar Ibiti em 30 de novembro de 1944. Em 24 de dezembro de 1948, através da Lei Estadual nº 233, o distrito foi elevado à categoria de município com o nome de Monte Alegre do Sul, desmembrado de Amparo. A instalação ocorreu em 31 de janeiro de 1949.

Distrito criado com a denominação de Bom Jesus do Monte Alegre do Sul, pela Lei Provincial n.º 15, de 05-03-1887, no município de Amparo.
Em divisão administrativa do Brasil, referente ao ano de 1911, o distrito de Monte Alegre do Sul figura no município de Amparo.
Assim permanecendo em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 14.334, de 30-11-1944, o distrito de Monte Alegre do Sul passou a denominar-se Ibiti.
No quadro fixado para vigorar no período de 1934-1948, o distrito de Ibiti figura no município de Amparo.
Elevado à categoria de município com a denominação de Monte Alegre do Sul, pela Lei Estadual n.º 233, de 24-12-1948, desmembrado do município de Amparo. Sede no antigo distrito de Ibiti. Constituído do distrito sede. Instalado em 31-01-1949.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 8.092, de 28-02-1964, é criado o distrito de Mostardas e anexado ao município de Monte Alegre do Sul.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1968, o município é constituído de 2 distritos: Monte Alegre do Sul e Mostardas.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2015.