As terras de Montenegro estavam entre as primeiras a serem desbravadas por portugueses e espanhóis após o descobrimento do Brasil. O rio Caí foi importante rota para mercadores espanhóis que subiam o rio da Prata e portugueses, vindos da Lagoa dos Patos pelo rio Jacuí. Os desbravadores faziam incursões terrestres, com o objetivo de explorar e dominar terras, além de procurar índios para os trabalhos de mineração e engenhos de açúcar nas capitanias do Norte.
Montenegro está na região que os indígenas denominavam Ibiaçá, que significa 'travessia do caminho do rio'. Esta região abrangia desde a ilha de Santa Catarina até a margem esquerda do rio Jacuí. Nela estava incluída a região de Ibiá, que se estendia entre as bacias dos rios Taquari e Caí.
Por volta de 1635 os índios ibiraiaras habitavam a região. Falavam diferentes línguas e tinham costumes diferentes dos Tupis. Eram chamados de bilreiros, por usarem nos lábios botoques semelhantes a bilros. Usavam grandes tacapes, manejados com perícia.
Aproximadamente em 1636 surgiram os bandeirantes paulistas, entre eles Raposo Tavares, e destruíram grande parte das aldeias. Isso obrigou os jesuítas a se retirarem para a margem direita do rio Uruguai.
Em 1680 foi fundada a Colônia de Sacramento, no Uruguai, à margem esquerda do rio de mesmo nome. Atraídos pela riqueza e fartura das terras do continente de São Paulo, os tropeiros, suas famílias e escravos se estabeleceram definitivamente. Criaram as invernadas, que se transformavam em estâncias.
A partir de 1867, Porto de Laranjeiraspassou a denominar-se freguesia de São João do Monte Negro. Em 1873 as 33 vilas existentes no Estado foram, por força da evolução da legislação e das Constituições, se transformando em municípios. Neste mesmo ano é criada oficialmente a Vila de São João do Monte Negro.
A primeira Câmara Municipal de Montenegro foi instituída em 1873, composta por sete vereadores eleitos, tendo como presidente da Intendência José Rodrigues da Rosa.
Em 1913, a então vila de São João do Monte Negro foi elevada à categoria de cidade, já então com a denominação de São João de Montenegro.

Distrito criado com a denominação de São João de Montenegro pela Lei Provincial n.° 630, de 18-10-1867, e pela Lei Municipal de 23-08-1892, subordinado ao município de Triunfo.
Elevado à categoria de vila com a denominação de São João de Montenegro pela Lei Provincial n.º 885, de 05-05-1873, sendo desmembrado do município de Triunfo. Sede na antiga vila de São João de Montenegro. Constituído do distrito sede. Instalado em 04-08-1873.
Pela Lei Provincial n.º 1.112, de 14-05-1877, e pelo Ato Municipal n.º 57, de 01-09-1903, é criado o distrito de São Vendelino e anexado ao município de São João de Montenegro.
Pela Lei Provincial n.º 1.213, de 10-05-1879, é criado o distrito de Bom Princípio e anexado ao município de São João de Montenegro.
Pela Lei Municipal de 23-08-1892 foram criados os distritos de Badenserberg, Barão, Brochier, Estação Maratá, Harmonia e anexados ao município de São João de Montenegro.
Pelo Ato Municipal n.º 15, de 05-01-1900, foram criados os distritos de Campestre e Estação São Salvador e anexados ao município de São João de Montenegro.
Em divisão administrativa de 1911 o município de São João de Montenegro é constituído de 10 distritos: São João de Montenegro, Badenserberg, Barão, Bom Principio, Brochier, Campestre, Estação Marata, Estação São Salvador, Harmonia e São Vendelino.
Elevado à condição de cidade com a denominação de São João de Montenegr, pelo Decreto Estadual n.° 2.026, de 14-10-1913.
Pelo Decreto Estadual n.° 1, de 20-01-1916, o município São João de Montenegro passou a denominar-se Montenegro.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral de 1-IX-1920, o município é constituído de 8 distritos: Montenegro, Barão, Bom Principio, Brochier, Campestre, Estação São Salvador, Harmonia e São Vendelino, não figurando o distrito de Badenserberg.
Pelo Ato Municipal n.º 14, de 09-12-1924, é criado o distrito de Poço das Antas e anexado município de Montenegro.
Pelo Ato Municipal n.º 1, de 25-01-1929, é criado o distrito de Pareci Novo e anexado ao município de Montenegro.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933 o município é constituído de 10 distritos: Montenegro, Bom Principio, Brochier, Campestre, Estação Barão, Estação Maratá, Estação São Salvador, Harmonia, Nova Sardenha, Pareci Novo, Poço das Antas e São Vendelino.
Pelo Decreto n.º 2, de 28-02-1936, o município Montenegro voltou a chamar-se São João de Montenegro.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 11 distritos: Montenegro, Barão, Bom Princípio, Brochier, Estação São Salvador, Harmonia, Maratá, Pareci Novo, Poços das Antas, São Salvador e São Vendelino.
Pelo Decreto Estadual n.º 7.199, de 31-03-1938, o distrito de Estação São Salvador tomou o nome de Natal.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939 a 1943, o município é constituído de 11 distritos: Montenegro, Barão, Bom Princípio, Brochier, Harmonia, Marata, Natal, Pareci Novo, Poços das Antas, São Salvador e São Vendelino.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 720, de 29-12-1944, o distrito de Natal passou a denominar-se Tupandi.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1950, o município é constituído de 11 distritos: Montenegro, Barão, Bom Princípio, Brochier, Harmonia, Maratá, Pareci Novo, Poços das Antas, São Salvador, São Vendelino e Tupandi.
Pela Lei Estadual n.° 2.603, de 28-01-1955, os distritos de Bom Princípio e São Vendelino foram transferidos do município de Montenegro para constituírem o novo município de Caí.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1955 o município é constituído de 9 distritos: Montenegro, Barão, Brochier, Harmonia, Maratá, Pareci Novo, Poços das Antas, São Salvador e Tupandi. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1-VII-1960.
Pela Lei Estadual n.º 1.270, de 03-11-1961, é criado o distrito de Pesqueiro e anexado ao município de Montenegro.
A Lei Estadual n.º 4.577, de 09-10-1963, desmembra do município de Montenegro os distritos de São Salvador do Sul, Barão e Poços das Antas, para constituírem o novo município de Salvador Sul.
Em divisão territorial datada de 31-XII-1963 o município é constituído de 7 distritos: Montenegro, Brochier, Harmonia, Maratá, Pareci Novo, Pesqueiro e Tupandi.
Pela Lei Municipal n.° 1.836, de 17-02-1969, é extinto o distrito de Pesqueiro, sendo seu território anexado ao distrito sede do município de Montenegro.
Em divisão territorial datada de I-I-1979, o município é constituído de 6 distritos: Montenegro, Brochier, Harmonia, Maratá, Pareci Novo e Tupandi.
Pela Lei Estadual n.º 7.653, de 12-05-1982, o distrito de Tupandi foi transferido do município de Montenegro para o de Bom Princípio.
A Lei Estadual n.º 8.556, de 11-04-1988, desmembra do município de Montenegro os distritos Brochier e Maratá, para constituírem o novo município de Brochier.
A Lei Estadual n.º 8.562, de 13-04-1988, desmembra do município de Montenegro o distrito de Harmonia, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1988 o município é constituído de 2 distritos: Montenegro e Pareci Novo.
Pela Lei Estadual n.º 2.810, de 20-03-1992, foram criados os distritos de Costa da Serra, Fortaleza, Pesqueiro, Santos Reis e Vendinha e anexados ao município de Montenegro.
A Lei Estadual n.º 9.620, de 20-03-1992, desmembra do município de Montenegro o distrito de Pareci Novo, elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1999 o município é constituído do distrito sede.
Em divisão territorial datada de 2001 o município é constituído de 6 distritos: Montenegro, Costa Serra, Fortaleza, Pesqueiro, Santos Reis e Vendinha. Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2014.