Em princípios do século XIX, Antônio Corrêa Bueno e seus irmãos, Inácio e Pedro Corrêa Bueno, naturais de Patrocínio, Minas Gerais, chegam às terras do atual município de Morrinhos. Destes, apenas o primeiro atraído pela beleza da região e pela fertilidade do solo, resolveu fixar-se ali, dedicando-se à agricultura e à pecuária, em pequena escala.
Dadas as condições oferecidas pela região, diversas famílias de Minas Gerais e São Paulo para ali se dirigiram, aglomerando-se em volta da igreja, formando o povoado, que recebeu a denominação de Nossa Senhora do Carmo.
Os primeiros padres a se fixarem no local foram Aurélio e Primo Scussolino.
O local recebeu vários nomes ao longo dos anos: Nossa Senhora do Carmo dos Morrinhos, Vila Bela do Paranaíba e Vila Bela de Nossa Senhora do Carmo de Morrinhos.
Em 26 de março 1845, o capitão Gaspar Martins da Veiga doou 600 alqueires ao lugarejo, que se tornou Vila Bela de Nossa Senhora do Carmo de Morrinhos.
A designação se remete a três acidentes geográficos da região: morros do Ovo, da Catraca e da Cruz.

Distrito criado com a denominação de Vila Bela do Parnaíba, pela Lei Provincial n.º 3, de 31-07-1843.
Elevado à categoria de vila com a denominação de Vila Bela do Parnaíba, pela Lei Provincial n.º 2, de 05-10-1857.
Pela Lei n.º 6, de 19-08-1857, é criado o distrito de Caldas Novas, e anexado a Vila de Morrinhos.
Pela Lei Estadual n.º 393, de 05-07-1911, é desmembrado do município de Morrinhos o distrito de Caldas Novas. Elevado à categoria de município.
Pela Lei n.º 6, de 19-08-1859, a vila é extinta, sendo seu território anexado à vila de Pouso Alto.
Elevado novamente à categoria de vila com a denominação de Vila Bela do Parnaíba ou Nossa Senhora do Carmo, pela Lei Provincial n.º 463, de 19-07-1871, desmembrado da vila de Pouso Alto. Instalado em 03-02-1872.
Elevado à condição de cidade e sede municipal com a denominação de Morrinhos, pela Lei Provincial n.º 686, de 29-08-1882. Os atos de criação, supressão e que elevou a vila a cidade teria sido resoluções provinciais.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1911, o município aparece constituído do distrito sede.
Pela Lei Estadual n.º 631, de 12-06-1919, Morrinhos adquiriu do município de Santa Rita da Parnaíba atual Itumbiara o distrito de Bananeiras.
Nos quadros de apuração do Recenseamento Geral 1-IX-1920, o município aparece constituído de 3 distritos: Morrinhos, Bananeiras e Santa Maria do Pontal.
Pelo Decreto Estadual n.º 627, de 21-01-1931, é desmembrado do município de Morrinhos o distrito de Bananeiras. Elevado à categoria de município.
Pelo Decreto Municipal n.º 84, de 01-11-1933, é criado o distrito de Jardim da Luz e anexado ao município de Morrinhos.
Em divisão administrativa referente ao ano de 1933, o município aparece constituído de 3 distritos: Morrinhos, Jardim da Luz e Santa Rita do Pontal.
Em divisões territoriais datadas de 31-XII-1936 e 31-XII-1937, o município é constituído de 2 distritos: Morrinhos, Santa Rita do Pontal. Não figurando o distrito de Jardim da Luz.
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 1.233, de 31-10-1938, o distrito de Santa Rita do Pontal passou a denominar-se Pontalina.
No quadro fixado para vigorar no período de 1939-1943, o município é constituído de 2 distritos: Morrinhos e Pantalina (ex-Santa Rita do Pontal).
Pelo Decreto-lei Estadual n.º 8.305, de 31-12-1943, é desmembrado de Morrinhos o distrito de Pontalina. Elevado à categoria de município.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisões territoriais 2018.