Segundo Justino Antonio Vier, primeiro prefeito de Dois Irmãos, os colonizadores se instalaram em Morro Reuter (Reutersberg em alemão) a partir de 1829. É desse ano o registro da construção da casa do primeiro morador, Mathias Mombach. Autor do livro História de Dois Irmãos – Passado e Presente (1999) Justino Vier cita como um dos marcos no desenvolvimento do incipiente povoado o ano de 1872. Em torno dessa data, os evangélicos de confissão luterana ergueram a primeira igreja e começaram sua igreja-escola. Ainda em 1872, o professor João Wagner abriu a primeira escola particular.
Antes da chegada dos brancos, a região era habita por índios, que viviam da caça, colhendo nas matas frutas e raízes para complementar a alimentação. Na Serra do Nordeste, habitavam pequenos grupos de guaranis desgarrados, remanescentes das Missões Jesuíticas destruídas, a maior parte era de caingangues, chamados de bugres pelos colonos. Com o passar das décadas, os habitantes naturais foram desaparecendo, tanto nos enfrentamentos com os colonizadores quanto dizimados por doenças e pela degradação de que os indígenas foram vítimas em todo o Brasil.
Os imigrantes que vieram povoar Morro Reuter falavam o dialeto da região do Hunsrück no oeste da antiga Prússia. Fugiam da grave crise econômica provocada na Europa pelos cerca de 20 anos de guerra napoleônicas. Após atravessarem o oceano em percursos cheios de imprevistos, os emigrados chegaram à Província do Rio Grande do Sul, o continente de São Pedro, seduzidos por promessas cuja maioria não foi cumprida pelo Império do Brasil: cidadania brasileira, despesas de manutenção por dois anos, terras gratuitas, gado (bois, cavalos, mulas e porcos) conforme o número de pessoas de cada família, mudas e sementes, liberdade de culto, isenção de impostos por 10 anos. Foram obrigados a reiniciar a vida na nova pátria enfrentando todas as adversidades, as dificuldades de adaptação ao ambiente hostil, com animais selvagens, doenças e a resistência dos índios, que se recusavam a conviver pacificamente com os desbravadores brancos.
São escassos os registros escritos sobre as décadas de pioneirismo na região de Morro Reuter. As informações esparsas vêm de depoimentos de descendentes dos primeiros moradores. Por isso, é frágil a explicação para origem do nome da localidade que estava nascendo. Seria para homenagear a família Reuter, uma das pioneiras, que nas primeiras décadas de colonização manteve uma estalagem, parada indispensável para os tropeiros e suas mulas carregadas de mercadorias. Esse lugar de passagem tornou-se referência como local de descanso, no caminho ainda precário, em que havia os morros e os Reuter. Não se tem maior precisão do que essa.
Maltratados pelo governo imperial, os imigrantes estavam condenados ao isolamento o que contribuiu para a manutenção de sua cultura original.
Depois das décadas de luta pela sobrevivência, em que os pioneiros enfrentaram feras e bugres, um dos piores períodos para os moradores das localidades de Morro Reuter foi a Era Vargas, junto com os efeitos da II Guerra Mundial nas colônias alemãs. Antes de Hitler iniciar na Europa as invasões nazistas, Getúlio Vargas lançou a Campanha de Nacionalização do Ensino, que atingiu principalmente as escolas rurais em que o único idioma era o herdado dos imigrantes contra os descendentes de alemães quando o Brasil entrou na guerra para combater a Alemanha.

Distrito criado com a denominação de Morro Reuter, pela Lei Municipal n.º 264, de 24-03-1956, subordinado ao município de São Leopoldo.
Pela Lei Estadual n.º 3.823, 10-09-1959, o distrito de Morro Reuter, foi transferido do município de São Leopoldo, para constituir o novo município de Dois Irmãos.
Em divisão territorial datada de 1-VII-1960, o distrito Morro Reuter, figura no município de Dois Irmãos.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 1988.
Elevado à categoria de município com a denominação de Morro Reuter, pela Lei Estadual n.º 9.583, de 20-03-1992, desmembrado do município de Dois Irmãos. Constituído do distrito sede. Instalado em 01-01-1993.
Em divisão territorial datada de 1995, o município é constituído do distrito sede.
Assim permanecendo em divisão territorial datada de 2007.